70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0608 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0608  permease component protein  100 
 
 		 425 aa  848    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4227  protein of unknown function DUF214  67.13 
 
 		 435 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0571689 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3903  protein of unknown function DUF214  67.44 
 
 		 420 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.171972 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6458  hypothetical protein  60.45 
 
 		 443 aa  480  1e-134  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.450145 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1292  hypothetical protein  55.84 
 
 		 420 aa  384  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3917  hypothetical protein  48.93 
 
 		 472 aa  364  2e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.578149  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4111  protein of unknown function DUF214  48.35 
 
 		 449 aa  352  7e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.962193  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3618  protein of unknown function DUF214  25.45 
 
 		 414 aa  133  5e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.198201  normal  0.648782 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0541  hypothetical protein  27.51 
 
 		 421 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11290  putative permease  27.71 
 
 		 421 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1147  hypothetical protein  30.56 
 
 		 400 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0506  hypothetical protein  28.27 
 
 		 421 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0682613  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1965  protein of unknown function DUF214  30.37 
 
 		 449 aa  124  2e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.103284  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1446  protein of unknown function DUF214  26.2 
 
 		 398 aa  123  7e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.577785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0551  hypothetical protein  27.27 
 
 		 421 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.706049 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3159  protein of unknown function DUF214  31.2 
 
 		 399 aa  120  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3303  hypothetical protein  31.2 
 
 		 399 aa  121  3e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.49953 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5027  hypothetical protein  26.1 
 
 		 421 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.685434 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0307  hypothetical protein  25.48 
 
 		 410 aa  117  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.682528  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0559  hypothetical protein  26.56 
 
 		 421 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.641992 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0704  hypothetical protein  27.36 
 
 		 423 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1037  putative lipoprotein  27.48 
 
 		 421 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.967071  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1679  hypothetical protein  30.26 
 
 		 400 aa  110  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4471  hypothetical protein  26.33 
 
 		 421 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03782  putative permease  23.6 
 
 		 446 aa  110  5e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0681  permease, putative  26.1 
 
 		 421 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1971  putative ABC transport system permease protein  22.93 
 
 		 414 aa  106  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1563  protein of unknown function DUF214  28.19 
 
 		 420 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0426  predicted permease  24.41 
 
 		 419 aa  102  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2157  protein of unknown function DUF214  26.76 
 
 		 417 aa  102  1e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.710607 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3865  hypothetical protein  25.64 
 
 		 421 aa  102  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5020  protein of unknown function DUF214  28.28 
 
 		 418 aa  101  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2132  hypothetical protein  25.3 
 
 		 421 aa  102  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00772  hypothetical protein  25.54 
 
 		 419 aa  99.8  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001701  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  25.06 
 
 		 419 aa  97.4  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3557  hypothetical protein  26.59 
 
 		 425 aa  97.1  6e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.159864 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2811  hypothetical protein  29.38 
 
 		 422 aa  96.3  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.597769  normal  0.679954 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06630  ABC efflux transporter, permease protein  27.14 
 
 		 421 aa  95.1  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.949424  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1812  putative permease  24.63 
 
 		 412 aa  93.6  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.971161  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3394  hypothetical protein  24.88 
 
 		 421 aa  92.8  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.453261  normal  0.276031 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1199  hypothetical protein  28.67 
 
 		 468 aa  92  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0215661  normal  0.10586 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1825  hypothetical protein  25.13 
 
 		 424 aa  81.6  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3493  protein of unknown function DUF214  25.99 
 
 		 431 aa  73.2  0.000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3432  hypothetical protein  23.77 
 
 		 425 aa  71.6  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3108  hypothetical protein  27.02 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000183101  normal  0.613969 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2173  hypothetical protein  25.28 
 
 		 393 aa  56.6  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1637  protein of unknown function DUF214  31.39 
 
 		 411 aa  53.1  0.000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1958  protein of unknown function DUF214  33.08 
 
 		 413 aa  51.2  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.8831  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3466  hypothetical protein  32.98 
 
 		 399 aa  50.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0998  protein of unknown function DUF214  23.2 
 
 		 410 aa  50.1  0.00008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000122855 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1780  protein of unknown function DUF214  32.17 
 
 		 413 aa  49.3  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0399  ABC transporter related  27.81 
 
 		 1090 aa  49.3  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.961547 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0774  protein of unknown function DUF214  28.92 
 
 		 1143 aa  48.9  0.0002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.66929  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1942  protein of unknown function DUF214  30.83 
 
 		 443 aa  47.8  0.0004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2216  hypothetical protein  28.11 
 
 		 388 aa  47.8  0.0004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0990  ABC transporter efflux protein  28.1 
 
 		 411 aa  47.4  0.0005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0048907  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0494  hypothetical protein  25.45 
 
 		 399 aa  47  0.0006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.355429  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1506  ABC efflux pump, inner membrane subunit  27.97 
 
 		 412 aa  45.8  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.746473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0166  hypothetical protein  25.06 
 
 		 395 aa  46.2  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0269  protein of unknown function DUF214  25.17 
 
 		 430 aa  45.8  0.001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.36794 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1639  hypothetical protein  21.98 
 
 		 415 aa  44.7  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2757  ABC efflux pump, inner membrane subunit  21.27 
 
 		 413 aa  44.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01070  ABC-type antimicrobial peptide transport system, ATPase component  28.57 
 
 		 1207 aa  44.3  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2109  lipoprotein releasing system transmembrane protein LolC  25.49 
 
 		 416 aa  44.3  0.004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0377  ABC transporter related  29.93 
 
 		 1130 aa  44.3  0.005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.339238  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3314  ABC transporter related protein  31.03 
 
 		 643 aa  43.9  0.005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0507  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  27.07 
 
 		 427 aa  43.9  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1904  hypothetical protein  25.49 
 
 		 416 aa  43.9  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.745747  hitchhiker  0.00175073 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003048  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  29.27 
 
 		 400 aa  43.1  0.008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2006  hypothetical protein  21.11 
 
 		 395 aa  43.1  0.01  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.151013  normal  0.929725 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>