More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1189 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1189  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
268 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.148832  normal  0.242571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4240  NAD-dependent epimerase/dehydratase  95.15 
 
 
268 aa  534  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1205  NAD-dependent epimerase/dehydratase  94.03 
 
 
268 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1171  NAD-dependent epimerase/dehydratase  94.03 
 
 
268 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.132955  normal  0.0662114 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.31 
 
 
275 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1053  hypothetical protein  77.82 
 
 
275 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0902  hypothetical protein  77.44 
 
 
275 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.16717  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3452  NAD-dependent epimerase/dehydratase  78.03 
 
 
274 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.212771 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1726  NAD-dependent epimerase/dehydratase  72.35 
 
 
277 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000145035  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  68.89 
 
 
282 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.272239 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2590  NAD-dependent epimerase/dehydratase  69.58 
 
 
279 aa  391  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00118194  normal  0.0268185 
 
 
-
 
NC_003296  RS05364  hypothetical protein  68.94 
 
 
282 aa  365  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.024551 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.42 
 
 
281 aa  358  6e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0155912  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4581  NAD-dependent epimerase/dehydratase  66.42 
 
 
281 aa  358  6e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.993557  normal  0.56488 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1115  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.07 
 
 
272 aa  334  7.999999999999999e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.452944 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.94 
 
 
269 aa  317  9e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0687674  normal  0.997243 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1591  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.96 
 
 
269 aa  309  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.223189  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5164  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.43 
 
 
277 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1800  hypothetical protein  54.68 
 
 
280 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388037  hitchhiker  0.000742601 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4866  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.55 
 
 
280 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.314841  normal  0.126778 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3405  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.2 
 
 
265 aa  302  4.0000000000000003e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.3673  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2474  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 
267 aa  301  7.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2716  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.3 
 
 
278 aa  301  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.92 
 
 
278 aa  298  8e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3453  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.92 
 
 
278 aa  298  9e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.1806  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5673  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.61 
 
 
277 aa  296  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.92 
 
 
278 aa  296  2e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.92 
 
 
278 aa  296  3e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0191  hypothetical protein  63.53 
 
 
311 aa  296  3e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3373  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.09 
 
 
266 aa  289  4e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1238  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.81 
 
 
273 aa  289  4e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3319  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.36 
 
 
261 aa  270  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5888  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.11 
 
 
268 aa  245  4.9999999999999997e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.08 
 
 
276 aa  221  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00512968 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1807  hypothetical protein  41.8 
 
 
278 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0111312 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.02 
 
 
273 aa  209  3e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41974  normal  0.0188791 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4856  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.19 
 
 
278 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.188052  normal  0.482057 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.74 
 
 
274 aa  208  8e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1085  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.56 
 
 
267 aa  207  1e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00605708  decreased coverage  0.00179082 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5402  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.96 
 
 
271 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.725302  normal  0.780103 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7512  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
273 aa  206  3e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3497  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  41.25 
 
 
275 aa  206  4e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0172625 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2417  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.77 
 
 
279 aa  204  9e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2833  putative UDP-glucose 4-epimerase  46.52 
 
 
244 aa  201  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.471833  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5154  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.29 
 
 
274 aa  200  1.9999999999999998e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.0433393 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0612  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.85 
 
 
295 aa  199  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.477522  normal  0.0234327 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1140  hypothetical protein  43.3 
 
 
267 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.298631  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5694  hypothetical protein  44.35 
 
 
255 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.704204  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.67 
 
 
276 aa  192  5e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00756202  normal  0.114208 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4379  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.89 
 
 
274 aa  189  4e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.601592  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.62 
 
 
261 aa  188  1e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.273887  normal  0.388948 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5445  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.28 
 
 
276 aa  185  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620195 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.08 
 
 
278 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.791383 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02700  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  36.43 
 
 
270 aa  161  8.000000000000001e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.262568  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0483  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.17 
 
 
278 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00129402  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1431  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.02 
 
 
272 aa  159  5e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.662077  normal  0.637306 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.12 
 
 
277 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.479563  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36890  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  37.65 
 
 
273 aa  149  4e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.578301 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2093  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.14 
 
 
277 aa  149  5e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357423 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2002  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.12 
 
 
560 aa  139  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19740  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  35.86 
 
 
263 aa  126  3e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.193802  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0576  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.73 
 
 
255 aa  123  4e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1140  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  36.02 
 
 
252 aa  123  4e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.71 
 
 
257 aa  122  5e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  decreased coverage  0.00160839 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0435  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.69 
 
 
249 aa  120  3e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2247  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.57 
 
 
247 aa  120  3e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0125  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.07 
 
 
249 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.99 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00691112  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3141  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.2 
 
 
252 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.13414  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1729  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.46 
 
 
298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.603916 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2457  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.17 
 
 
299 aa  102  8e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0249  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
303 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4212  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.5 
 
 
283 aa  93.6  3e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.35 
 
 
256 aa  89.7  5e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.243124  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.76 
 
 
256 aa  87.4  2e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.58 
 
 
309 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0833  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.37 
 
 
302 aa  78.2  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.52 
 
 
310 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0938  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
302 aa  76.6  0.0000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.4 
 
 
375 aa  75.9  0.0000000000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.688935  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2607  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.26 
 
 
283 aa  75.5  0.0000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00262717  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
310 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
310 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
310 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.35 
 
 
313 aa  73.6  0.000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.93 
 
 
283 aa  73.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0393697  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
314 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.28 
 
 
306 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  30.34 
 
 
309 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
309 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.27 
 
 
314 aa  70.5  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8562  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.28 
 
 
303 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141265  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.6 
 
 
312 aa  68.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.38 
 
 
304 aa  68.9  0.00000000008  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.76 
 
 
312 aa  68.9  0.00000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.73 
 
 
312 aa  68.9  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.6 
 
 
315 aa  68.6  0.00000000009  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.113189  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.26 
 
 
308 aa  68.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>