More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3049 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2741  MscS mechanosensitive ion channel  72.92 
 
 		 545 aa  761    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3012  MscS mechanosensitive ion channel  71.86 
 
 		 545 aa  751    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3049  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 542 aa  1089    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0364  MscS Mechanosensitive ion channel  50.74 
 
 		 538 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000549474  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4631  MscS mechanosensitive ion channel  37.38 
 
 		 581 aa  266  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1646  MscS mechanosensitive ion channel  36.91 
 
 		 557 aa  256  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1474  MscS Mechanosensitive ion channel  34.53 
 
 		 559 aa  250  5e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4585  MscS mechanosensitive ion channel  34.66 
 
 		 571 aa  243  5e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.711383 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3258  MscS mechanosensitive ion channel  33.4 
 
 		 600 aa  239  1e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0680122  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0806  MscS mechanosensitive ion channel  34.3 
 
 		 549 aa  237  4e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1723  mechanosensitive ion channel family protein  34.36 
 
 		 545 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242798  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2521  MscS mechanosensitive ion channel  49.78 
 
 		 230 aa  232  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.871653  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4074  MscS mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 		 572 aa  219  1e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2961  MscS Mechanosensitive ion channel  32.03 
 
 		 593 aa  217  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.80043  hitchhiker  0.0000000094968 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3676  MscS Mechanosensitive ion channel  34.65 
 
 		 524 aa  216  8e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3838  MscS Mechanosensitive ion channel  31.72 
 
 		 563 aa  213  7.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0508  MscS Mechanosensitive ion channel  28.78 
 
 		 566 aa  210  6e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3888  MscS Mechanosensitive ion channel  31.61 
 
 		 563 aa  210  6e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.203429 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0997  MscS Mechanosensitive ion channel  28.72 
 
 		 579 aa  193  8e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00010123  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2344  MscS Mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 570 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.809256 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1278  small-conductance mechanosensitive channel-like  33.69 
 
 		 520 aa  184  5.0000000000000004e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2427  MscS mechanosensitive ion channel  29.45 
 
 		 550 aa  182  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  29.1 
 
 		 563 aa  181  4e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.034825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0742  MscS Mechanosensitive ion channel  28.87 
 
 		 563 aa  179  9e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3231  MscS Mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 		 545 aa  168  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.371413 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2865  MscS Mechanosensitive ion channel  27.59 
 
 		 545 aa  167  4e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1050  MscS mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 		 481 aa  166  1.0000000000000001e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1169  MscS Mechanosensitive ion channel  25.4 
 
 		 556 aa  161  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4449  MscS Mechanosensitive ion channel  30.07 
 
 		 546 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0897  MscS Mechanosensitive ion channel  24.8 
 
 		 545 aa  101  3e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  29.72 
 
 		 389 aa  95.9  2e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1572  MscS Mechanosensitive ion channel  26.96 
 
 		 548 aa  93.6  8e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00917582 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  28.44 
 
 		 414 aa  89.7  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1074  MscS mechanosensitive ion channel  27.14 
 
 		 395 aa  89.7  1e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0868741  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1734  MscS mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 		 358 aa  87.4  5e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.288802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3399  MscS mechanosensitive ion channel  27.12 
 
 		 345 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  28.23 
 
 		 385 aa  80.9  0.00000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  28.95 
 
 		 280 aa  79.7  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00593  MscS Mechanosensitive ion channel  26.34 
 
 		 356 aa  79.3  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.863063  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  27.46 
 
 		 435 aa  78.6  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  28.09 
 
 		 400 aa  78.2  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 636 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  30.91 
 
 		 262 aa  75.1  0.000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 636 aa  75.5  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  23.66 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  25.76 
 
 		 408 aa  73.9  0.000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  23.89 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4343  MscS mechanosensitive ion channel  28.7 
 
 		 910 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  25.76 
 
 		 532 aa  72.8  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5378  MscS Mechanosensitive ion channel  26.82 
 
 		 909 aa  73.2  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287309  normal  0.723398 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  26.88 
 
 		 429 aa  71.6  0.00000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  25.24 
 
 		 563 aa  71.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4556  MscS Mechanosensitive ion channel  27.31 
 
 		 883 aa  70.9  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0198839  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  20.61 
 
 		 685 aa  70.9  0.00000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  29.35 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  27.18 
 
 		 561 aa  70.5  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3068  hypothetical protein  26.55 
 
 		 756 aa  69.7  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.36924 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0460  transporter, small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  27.17 
 
 		 280 aa  69.3  0.0000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00313509  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  28.04 
 
 		 298 aa  70.1  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  26.82 
 
 		 321 aa  68.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5300  MscS Mechanosensitive ion channel  27.23 
 
 		 909 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.154619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4833  MscS mechanosensitive ion channel  24.23 
 
 		 947 aa  68.9  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.882104  normal  0.702316 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  30.4 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  25.12 
 
 		 270 aa  68.6  0.0000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  22.02 
 
 		 270 aa  68.6  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3059  MscS mechanosensitive ion channel  27.15 
 
 		 879 aa  68.6  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0365719  normal  0.0542576 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0057  MscS Mechanosensitive ion channel  25.76 
 
 		 421 aa  68.2  0.0000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.185804  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  24.24 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  24.24 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 322 aa  68.2  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2295  mechanosensitive ion channel family protein  24.19 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0592  small conductance mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.311151  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  23.38 
 
 		 275 aa  67.8  0.0000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0547  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 305 aa  67  0.0000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.881892  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0091  MscS mechanosensitive ion channel  27.16 
 
 		 267 aa  67  0.0000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2000  MscS Mechanosensitive ion channel  24.72 
 
 		 302 aa  67  0.0000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.03582 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4873  MscS Mechanosensitive ion channel  24.24 
 
 		 567 aa  67  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3222  MscS mechanosensitive ion channel  27.78 
 
 		 866 aa  67  0.0000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  24.87 
 
 		 428 aa  66.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  29.19 
 
 		 258 aa  66.6  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  29.3 
 
 		 295 aa  65.9  0.000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5331  mechanosensitive ion channel family protein  29.12 
 
 		 293 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0115523  hitchhiker  0.00000270411 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  23.72 
 
 		 273 aa  65.5  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0013  mechanosensitive ion channel family protein  28.47 
 
 		 682 aa  65.5  0.000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  26.09 
 
 		 460 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  26.83 
 
 		 267 aa  65.9  0.000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5604  mechanosensitive ion channel family protein  29.12 
 
 		 293 aa  65.9  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  23.38 
 
 		 275 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 451 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  24.09 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0730  MscS mechanosensitive ion channel  27.4 
 
 		 267 aa  65.1  0.000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.506108  normal  0.245277 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  25.57 
 
 		 276 aa  65.1  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0435  MscS mechanosensitive ion channel  29.74 
 
 		 288 aa  65.5  0.000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  22.61 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  25.22 
 
 		 460 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  0.0000133571 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  23.88 
 
 		 273 aa  64.7  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  25.12 
 
 		 275 aa  64.7  0.000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2522  hypothetical protein  27.34 
 
 		 326 aa  64.7  0.000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00109923  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  27.22 
 
 		 299 aa  64.3  0.000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4017  MscS mechanosensitive ion channel  26.69 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>