157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1509 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_1371  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  76.57 
 
 
433 aa  668    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1509  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  100 
 
 
433 aa  884    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2215  hypothetical protein  37.25 
 
 
459 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.221067  normal  0.771798 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  39.15 
 
 
441 aa  281  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2950  hypothetical protein  35.37 
 
 
445 aa  260  4e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0734  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  36.03 
 
 
496 aa  249  5e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0810  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.55 
 
 
480 aa  249  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347911  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0717  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  36.03 
 
 
490 aa  249  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.482708  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3930  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  36.78 
 
 
480 aa  248  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282648  normal  0.013766 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0838  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  36.32 
 
 
480 aa  246  4e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0355  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  36.32 
 
 
520 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541877  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2176  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  33.89 
 
 
450 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2546  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  36.92 
 
 
475 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3881  hypothetical protein  35.28 
 
 
494 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2784  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.82 
 
 
446 aa  239  5e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  34.35 
 
 
497 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2417  hypothetical protein  35.71 
 
 
508 aa  233  5e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2081  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  34.48 
 
 
450 aa  231  2e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309573  normal  0.855747 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1255  hypothetical protein  31.68 
 
 
446 aa  231  3e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.329867 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  36.19 
 
 
479 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  36.19 
 
 
505 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  36.19 
 
 
479 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1892  hypothetical protein  36.19 
 
 
505 aa  229  6e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  36.19 
 
 
499 aa  229  7e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1803  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.16 
 
 
459 aa  228  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.26222 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  35.96 
 
 
499 aa  228  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  35.73 
 
 
723 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1202  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.1 
 
 
445 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.85 
 
 
445 aa  223  6e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1250  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.68 
 
 
445 aa  222  9e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.05664  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3507  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.28 
 
 
456 aa  220  5e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4606  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.96 
 
 
451 aa  218  1e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3547  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.49 
 
 
456 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0810507 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3645  putative TRAP-type uncharacterized transport system, periplasmic component protein  34.99 
 
 
451 aa  218  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.746605  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11470  hypothetical protein  32.73 
 
 
445 aa  214  1.9999999999999998e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0935266  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0726  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  32.04 
 
 
470 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.999189  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1418  hypothetical protein  32.42 
 
 
444 aa  211  3e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5501  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  31.92 
 
 
446 aa  210  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.321454  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14230  hypothetical protein  30.14 
 
 
451 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.620399 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2064  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  34.4 
 
 
457 aa  202  8e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.174076 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1263  hypothetical protein  29.84 
 
 
451 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236927  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4077  putative TRAP transporter solute receptor, TAXI family  29.37 
 
 
447 aa  196  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0347504  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3678  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  34.27 
 
 
464 aa  195  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1105  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.38 
 
 
459 aa  192  7e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2712  putative TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic ligand binding protein  29.53 
 
 
460 aa  190  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.784472  normal  0.536784 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.61 
 
 
446 aa  96.7  8e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.12 
 
 
318 aa  88.6  2e-16  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.01 
 
 
454 aa  84  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.83 
 
 
325 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  28 
 
 
324 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  28 
 
 
324 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0725  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  27.1 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  29.7 
 
 
330 aa  76.3  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  26.73 
 
 
324 aa  75.9  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0177  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.3 
 
 
326 aa  75.1  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1764  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.1 
 
 
323 aa  74.7  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.513988  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  25.63 
 
 
328 aa  73.2  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.9 
 
 
333 aa  72.4  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.22 
 
 
346 aa  72.8  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.56 
 
 
318 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.1 
 
 
349 aa  71.6  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  26.07 
 
 
322 aa  70.9  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  25.74 
 
 
322 aa  69.3  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.85 
 
 
327 aa  69.3  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2671  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.33 
 
 
325 aa  68.9  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.66 
 
 
327 aa  67.8  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1252  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.46 
 
 
323 aa  67  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0250918  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2159  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.18 
 
 
317 aa  66.6  0.0000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.239874  normal  0.13141 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.92 
 
 
317 aa  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.745912 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0468  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.64 
 
 
316 aa  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.28 
 
 
453 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1556  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.1 
 
 
328 aa  65.5  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.51 
 
 
329 aa  64.7  0.000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0649  DNA primase  24.67 
 
 
313 aa  64.7  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0664  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.05 
 
 
333 aa  64.3  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.613063  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1346  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  24.56 
 
 
316 aa  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.331988  hitchhiker  0.00000684502 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.5 
 
 
315 aa  64.3  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3295  KDPG and KHG aldolase  32.72 
 
 
349 aa  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.122481  normal  0.808807 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2004  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.83 
 
 
338 aa  63.9  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.373091  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  25.99 
 
 
316 aa  63.5  0.000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0356  hypothetical protein  25.41 
 
 
324 aa  63.2  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.097907  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.15 
 
 
651 aa  63.2  0.000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4560  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.8 
 
 
317 aa  63.2  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3299  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  27.19 
 
 
348 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.783922  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4032  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.19 
 
 
348 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0151449  normal  0.772934 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1635  TAXI family TRAP transporter solute receptor  23.83 
 
 
315 aa  61.6  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0832335  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2283  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.86 
 
 
320 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  25.97 
 
 
319 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  25.65 
 
 
319 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.79 
 
 
318 aa  60.1  0.00000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0137  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.55 
 
 
350 aa  60.1  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.507077  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.57 
 
 
306 aa  60.1  0.00000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2594  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.4 
 
 
310 aa  59.7  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.37 
 
 
319 aa  59.3  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.29 
 
 
329 aa  59.3  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1924  putative TRAP transporter solute receptor  31.76 
 
 
350 aa  58.9  0.0000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00617183  hitchhiker  0.0000000000275167 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3381  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.71 
 
 
318 aa  58.9  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0114  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.76 
 
 
332 aa  58.9  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  25.17 
 
 
310 aa  58.9  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  23.33 
 
 
323 aa  58.9  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>