More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_4186 on replicon NC_008757
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008757  Pnap_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 546 aa  1127    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.296115 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6778  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.41 
 
 		 539 aa  591  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.485614  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4459  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.68 
 
 		 560 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0573714  hitchhiker  0.00237498 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6848  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.04 
 
 		 556 aa  586  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.90225 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3792  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.95 
 
 		 535 aa  585  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2513  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.22 
 
 		 571 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0138495  normal  0.356512 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1614  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  53.62 
 
 		 547 aa  572  1.0000000000000001e-162  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3313  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.73 
 
 		 576 aa  568  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.53 
 
 		 534 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.917916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3601  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.14 
 
 		 572 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1846  glucose-methanol-choline oxidoreductase  53.53 
 
 		 547 aa  570  1e-161  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3919  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.24 
 
 		 572 aa  570  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.326511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3637  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.91 
 
 		 576 aa  567  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.67419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5337  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.06 
 
 		 600 aa  567  1e-160  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.231686 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3506  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.77 
 
 		 575 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.145411  normal  0.0815254 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0123  putative alcohol dehydrogenase oxidoreductase protein  54.18 
 
 		 574 aa  560  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0203  glucose-methanol-choline oxidoreductase:GMC oxidoreductase  52.59 
 
 		 559 aa  559  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5414  choline dehydrogenase, a flavoprotein  53.66 
 
 		 534 aa  559  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.269281 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1882  glucose-methanol-choline oxidoreductase  55.34 
 
 		 534 aa  557  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1213  putative alcohol dehydrogenase (acceptor)  53.57 
 
 		 534 aa  558  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0477  Choline dehydrogenase  54.12 
 
 		 531 aa  551  1e-156  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1502  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.84 
 
 		 535 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3717  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.12 
 
 		 531 aa  551  1e-155  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.975922 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0670  GMC family oxidoreductase  49.81 
 
 		 534 aa  541  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1199  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.8 
 
 		 530 aa  544  1e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3067  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.71 
 
 		 546 aa  535  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.766547 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0194  GMC family oxidoreductase  52.24 
 
 		 548 aa  531  1e-150  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3762  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.84 
 
 		 552 aa  532  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0174  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.28 
 
 		 552 aa  529  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0572  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.72 
 
 		 531 aa  525  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0931268  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2941  GMC family oxidoreductase  52.61 
 
 		 547 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.44858  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3275  GMC family oxidoreductase  52.61 
 
 		 547 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.183424  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0411  GMC family oxidoreductase  52.61 
 
 		 547 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0228  GMC family oxidoreductase  52.61 
 
 		 547 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2148  GMC family oxidoreductase  52.61 
 
 		 613 aa  523  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3406  GMC family oxidoreductase  52.61 
 
 		 547 aa  522  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0216  GMC family oxidoreductase  52.61 
 
 		 547 aa  522  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0487725  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3089  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.57 
 
 		 546 aa  520  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.203231  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.57 
 
 		 546 aa  521  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.943392 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2981  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.76 
 
 		 546 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3070  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.39 
 
 		 546 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.606173  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2456  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.39 
 
 		 546 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101134  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3115  glucose-methanol-choline oxidoreductase  51.59 
 
 		 546 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4749  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  50 
 
 		 546 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769541  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2716  putative GMC oxidoreductase  49.09 
 
 		 562 aa  512  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5015  choline dehydrogenase, a flavoprotein  50.28 
 
 		 557 aa  512  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00654928  normal  0.219358 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0159  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.73 
 
 		 560 aa  506  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3826  glucose-methanol-choline oxidoreductase:Beta-lactamase-like:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  48.26 
 
 		 1290 aa  502  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2331  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.65 
 
 		 528 aa  496  1e-139  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.745478 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5443  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.16 
 
 		 542 aa  490  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.078996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.69 
 
 		 563 aa  480  1e-134  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0279119  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3651  choline dehydrogenase  48.15 
 
 		 553 aa  478  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3434  GMC family oxidoreductase  46.18 
 
 		 539 aa  473  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0437  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.58 
 
 		 532 aa  474  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.253187  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3744  choline dehydrogenase  48.04 
 
 		 554 aa  466  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0339169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.88 
 
 		 541 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0882717  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01161  hypothetical alcohol dehydrogenase  45.05 
 
 		 550 aa  466  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5304  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.53 
 
 		 546 aa  466  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2644  choline dehydrogenase  45.9 
 
 		 574 aa  464  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.3131  normal  0.995844 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2781  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.67 
 
 		 538 aa  456  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0926901  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4961  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.62 
 
 		 529 aa  453  1.0000000000000001e-126  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4282  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.01 
 
 		 541 aa  455  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0936618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2190  choline dehydrogenase, a flavoprotein  44.65 
 
 		 541 aa  450  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6015  choline dehydrogenase  46.01 
 
 		 570 aa  450  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.386009  normal  0.639563 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3836  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.64 
 
 		 552 aa  442  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0996  alcohol dehydrogenase  44.71 
 
 		 559 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10850  putative dehydrogenase  44.26 
 
 		 559 aa  436  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000000000202363  normal  0.801894 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5947  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.32 
 
 		 550 aa  437  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3540  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.2 
 
 		 544 aa  431  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3840  choline dehydrogenase  43.6 
 
 		 561 aa  429  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3214  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.83 
 
 		 544 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4377  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.32 
 
 		 551 aa  425  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4519  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.24 
 
 		 542 aa  425  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0149458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.68 
 
 		 536 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6414  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.98 
 
 		 569 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.981458 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3521  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.92 
 
 		 555 aa  422  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.597773 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3345  putative choline dehydrogenase lipoprotein oxidoreductase  44.26 
 
 		 544 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0062  GMC oxidoreductase  44.65 
 
 		 556 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0100  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.87 
 
 		 561 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0061  GMC oxidoreductase  44.65 
 
 		 556 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0102  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.93 
 
 		 518 aa  419  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0278  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein  44.65 
 
 		 556 aa  419  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914416  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1315  choline dehydrogenase  42.62 
 
 		 561 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1351  choline dehydrogenase  42.62 
 
 		 561 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1348  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.61 
 
 		 555 aa  421  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3035  choline dehydrogenase  42.62 
 
 		 561 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.82163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1325  choline dehydrogenase  42.62 
 
 		 561 aa  422  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1635  glucose-methanol-choline oxidoreductase  42.21 
 
 		 534 aa  419  1e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.643208  normal  0.915824 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6126  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.98 
 
 		 569 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939433 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3995  GMC family oxidoreductase  44.69 
 
 		 561 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.530618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4010  choline dehydrogenase  41.67 
 
 		 561 aa  418  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0405578  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3372  glucose-methanol-choline oxidoreductase:FAD dependent oxidoreductase:GMC oxidoreductase  44.61 
 
 		 539 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2005  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.81 
 
 		 551 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0082  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.87 
 
 		 578 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0054  GMC oxidoreductase  44.09 
 
 		 556 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.810146  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2973  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.68 
 
 		 578 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2587  choline dehydrogenase  41.15 
 
 		 556 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.676646  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1610  oxidoreductase, GMC family protein  44.69 
 
 		 561 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0084  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.78 
 
 		 561 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0073  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.78 
 
 		 561 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>