More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1948 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1948  thymidylate kinase  100 
 
 		 260 aa  521  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.98603 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2519  thymidylate kinase  85.2 
 
 		 225 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.061194  hitchhiker  0.00330244 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2255  thymidylate kinase  64.73 
 
 		 215 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1987  thymidylate kinase  64.29 
 
 		 217 aa  280  2e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3388  thymidylate kinase  68.02 
 
 		 228 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159825  normal  0.0629111 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1717  thymidylate kinase  63.84 
 
 		 217 aa  277  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.351649  normal  0.313232 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3412  thymidylate kinase  61.5 
 
 		 221 aa  270  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2858  thymidylate kinase  61.23 
 
 		 220 aa  255  5e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1005  dTMP kinase  61.14 
 
 		 226 aa  248  8e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1860  thymidylate kinase / thymidylate synthase  58.82 
 
 		 215 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.913356  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0883  dTMP kinase  47.32 
 
 		 211 aa  203  3e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0966  dTMP kinase  47.98 
 
 		 214 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1878  dTMP kinase  52.04 
 
 		 226 aa  200  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.04271 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1784  thymidylate kinase  46.82 
 
 		 205 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378428  normal  0.509643 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1466  thymidylate kinase  46.36 
 
 		 205 aa  189  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.0122014 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1043  thymidylate kinase  50 
 
 		 206 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1939  thymidylate kinase  50.95 
 
 		 206 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622457  normal  0.256999 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1425  thymidylate kinase  45.45 
 
 		 205 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.578696  normal  0.216838 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5193  thymidylate kinase  49.52 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.207302 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1802  thymidylate kinase  47.75 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0698629  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1381  thymidylate kinase  47.75 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1830  thymidylate kinase  47.75 
 
 		 206 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2263  thymidylate kinase  50.48 
 
 		 206 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0386042  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1828  thymidylate kinase  47.47 
 
 		 200 aa  185  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179808  normal  0.0308742 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6186  thymidylate kinase  47.3 
 
 		 206 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1916  thymidylate kinase  47.3 
 
 		 206 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0727621 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1893  thymidylate kinase  47.3 
 
 		 206 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.430132  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1434  thymidylate kinase  49.76 
 
 		 203 aa  183  3e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2197  thymidylate kinase  45.62 
 
 		 204 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.677728 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2154  thymidylate kinase  48.33 
 
 		 206 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.511195  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1425  thymidylate kinase  48.1 
 
 		 206 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.248175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2443  thymidylate kinase  48.1 
 
 		 206 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3388  thymidylate kinase  48.1 
 
 		 206 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.830309  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1916  thymidylate kinase  48.1 
 
 		 206 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1189  thymidylate kinase  48.1 
 
 		 206 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2281  thymidylate kinase  48.1 
 
 		 206 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2320  thymidylate kinase  48.1 
 
 		 206 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1500  thymidylate kinase  42.92 
 
 		 203 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.243976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3795  thymidylate kinase  48.37 
 
 		 210 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.398765  normal  0.441646 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1495  thymidylate kinase  47.44 
 
 		 210 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1387  thymidylate kinase  45.16 
 
 		 205 aa  170  2e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0198768  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4152  thymidylate kinase  46.51 
 
 		 210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.898638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1530  thymidylate kinase  47.2 
 
 		 207 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14970  thymidylate kinase  47.12 
 
 		 211 aa  161  9e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1652  thymidylate kinase  47.83 
 
 		 210 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.401857  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1633  thymidylate kinase  45.12 
 
 		 210 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1634  thymidylate kinase  42.86 
 
 		 208 aa  160  2e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.60217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3827  thymidylate kinase  44.69 
 
 		 210 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.058171  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1416  thymidylate kinase  43.46 
 
 		 217 aa  160  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845977 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1543  thymidylate kinase  44.23 
 
 		 204 aa  159  4e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145095  normal  0.0739271 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0155  thymidylate kinase  41.92 
 
 		 225 aa  155  7e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0145  thymidylate kinase  41.74 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289209 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1829  dTMP kinase  41.59 
 
 		 218 aa  152  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0156  thymidylate kinase  38.43 
 
 		 206 aa  152  5e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2501  thymidylate kinase  43.26 
 
 		 205 aa  152  5.9999999999999996e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0126  dTMP kinase  41.67 
 
 		 208 aa  151  1e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000990938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2503  thymidylate kinase  46.15 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.33464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25740  thymidylate kinase  44.29 
 
 		 210 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.602436 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1606  thymidylate kinase  43.3 
 
 		 212 aa  149  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0524778  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8399  thymidylate kinase  41.78 
 
 		 901 aa  150  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2199  thymidylate kinase  43.84 
 
 		 210 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2461  thymidylate kinase  42.79 
 
 		 202 aa  149  6e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1665  dTMP kinase  38.25 
 
 		 219 aa  148  8e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2699  thymidylate kinase  41.94 
 
 		 208 aa  148  9e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.741794  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0843  dTMP kinase  42.36 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.224695 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3153  dTMP kinase  41.31 
 
 		 213 aa  142  7e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133636  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1946  dTMP kinase  38.77 
 
 		 212 aa  142  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.30449  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1983  thymidylate kinase  40.27 
 
 		 210 aa  141  8e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0059  dTMP kinase  36.61 
 
 		 207 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.804352  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2783  thymidylate kinase  39.22 
 
 		 686 aa  137  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.855806  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3327  dTMP kinase  38.57 
 
 		 216 aa  138  1e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1691  thymidylate kinase  38.91 
 
 		 216 aa  137  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.38478e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0040  dTMP kinase  37.44 
 
 		 210 aa  138  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2229  thymidylate kinase  39.04 
 
 		 213 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.558567  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0718  thymidylate kinase  38.1 
 
 		 219 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.881728  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0575  thymidylate kinase  41.4 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000589197 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1581  thymidylate kinase  37.95 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1588  dTMP kinase  40.87 
 
 		 214 aa  135  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0735324 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1913  thymidylate kinase  40.87 
 
 		 214 aa  135  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.325881  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3024  thymidylate kinase  34.09 
 
 		 209 aa  135  5e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0877  dTMP kinase  40.79 
 
 		 221 aa  135  5e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01581  thymidylate kinase  33.33 
 
 		 210 aa  135  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.978183  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1577  thymidylate kinase  38.36 
 
 		 223 aa  135  6.0000000000000005e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0174932  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0158  thymidylate kinase  38.94 
 
 		 220 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1996  thymidylate kinase  40.69 
 
 		 208 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0132  thymidylate kinase  33.48 
 
 		 212 aa  135  7.000000000000001e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0424228  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0608  thymidylate kinase  38.36 
 
 		 223 aa  135  7.000000000000001e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00959948  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1508  dTMP kinase  41.28 
 
 		 240 aa  135  8e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.376965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0121  thymidylate kinase  41.18 
 
 		 213 aa  135  9e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.505241  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1165  dTMP kinase  38.86 
 
 		 214 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl676  thymidylate kinase  36.04 
 
 		 211 aa  134  9.999999999999999e-31  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1310  thymidylate kinase  37.12 
 
 		 214 aa  134  9.999999999999999e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0010  thymidylate kinase  32.74 
 
 		 213 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.852172  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1029  dTMP kinase  34.82 
 
 		 217 aa  133  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01471  thymidylate kinase  32.89 
 
 		 212 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.702638  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6923  thymidylate kinase  43.41 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0526  thymidylate kinase  38.16 
 
 		 209 aa  133  1.9999999999999998e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32590  thymidylate kinase  41.18 
 
 		 215 aa  133  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.226657  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1575  thymidylate kinase  37.96 
 
 		 211 aa  132  5e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01491  thymidylate kinase  33.77 
 
 		 212 aa  132  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>