More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2858 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2858  thymidylate kinase  100 
 
 		 220 aa  434  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1948  thymidylate kinase  61.61 
 
 		 260 aa  278  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.98603 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2519  thymidylate kinase  62.5 
 
 		 225 aa  277  7e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.061194  hitchhiker  0.00330244 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1987  thymidylate kinase  64.49 
 
 		 217 aa  270  9e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1717  thymidylate kinase  64.49 
 
 		 217 aa  270  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.351649  normal  0.313232 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2255  thymidylate kinase  66.04 
 
 		 215 aa  268  5e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3388  thymidylate kinase  66.98 
 
 		 228 aa  264  7e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.159825  normal  0.0629111 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3412  thymidylate kinase  64.76 
 
 		 221 aa  263  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1005  dTMP kinase  66.2 
 
 		 226 aa  259  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1860  thymidylate kinase / thymidylate synthase  65.7 
 
 		 215 aa  259  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.913356  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1878  dTMP kinase  62.8 
 
 		 226 aa  229  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.04271 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1784  thymidylate kinase  55.98 
 
 		 205 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378428  normal  0.509643 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1939  thymidylate kinase  55.07 
 
 		 206 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622457  normal  0.256999 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0966  dTMP kinase  53.27 
 
 		 214 aa  208  4e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5193  thymidylate kinase  52.83 
 
 		 206 aa  207  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.207302 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1802  thymidylate kinase  52.83 
 
 		 206 aa  207  9e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0698629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1830  thymidylate kinase  52.83 
 
 		 206 aa  207  9e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2263  thymidylate kinase  53.62 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0386042  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1381  thymidylate kinase  52.36 
 
 		 206 aa  206  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1916  thymidylate kinase  52.36 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0727621 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1500  thymidylate kinase  54.27 
 
 		 203 aa  206  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.243976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6186  thymidylate kinase  52.36 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1893  thymidylate kinase  52.36 
 
 		 206 aa  206  3e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.430132  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1434  thymidylate kinase  55.12 
 
 		 203 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1828  thymidylate kinase  56.92 
 
 		 200 aa  203  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179808  normal  0.0308742 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1043  thymidylate kinase  51.42 
 
 		 206 aa  201  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.625825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1425  thymidylate kinase  53.14 
 
 		 205 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.578696  normal  0.216838 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2154  thymidylate kinase  51.89 
 
 		 206 aa  199  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.511195  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1425  thymidylate kinase  50.94 
 
 		 206 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.248175  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3388  thymidylate kinase  50.94 
 
 		 206 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.830309  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1916  thymidylate kinase  50.94 
 
 		 206 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2281  thymidylate kinase  50.94 
 
 		 206 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617741  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1189  thymidylate kinase  50.94 
 
 		 206 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2443  thymidylate kinase  50.94 
 
 		 206 aa  198  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.770966  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2320  thymidylate kinase  50.94 
 
 		 206 aa  198  5e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1466  thymidylate kinase  52.66 
 
 		 205 aa  196  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.110191  normal  0.0122014 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0883  dTMP kinase  50.25 
 
 		 211 aa  194  6e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2197  thymidylate kinase  50 
 
 		 204 aa  188  5e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.677728 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1387  thymidylate kinase  48.78 
 
 		 205 aa  188  5e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0198768  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1652  thymidylate kinase  50.49 
 
 		 210 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.401857  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1495  thymidylate kinase  49.51 
 
 		 210 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845785  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14970  thymidylate kinase  48.8 
 
 		 211 aa  176  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4152  thymidylate kinase  48.54 
 
 		 210 aa  176  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.898638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1634  thymidylate kinase  46.89 
 
 		 208 aa  174  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.60217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3827  thymidylate kinase  48.54 
 
 		 210 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.058171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3795  thymidylate kinase  48.54 
 
 		 210 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.398765  normal  0.441646 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1543  thymidylate kinase  46.73 
 
 		 204 aa  169  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.145095  normal  0.0739271 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1416  thymidylate kinase  45.75 
 
 		 217 aa  169  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.845977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1530  thymidylate kinase  47.8 
 
 		 207 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.609014 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1633  thymidylate kinase  47.57 
 
 		 210 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1829  dTMP kinase  44.76 
 
 		 218 aa  165  5.9999999999999996e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2199  thymidylate kinase  50.26 
 
 		 210 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25740  thymidylate kinase  49.74 
 
 		 210 aa  157  8e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.602436 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2501  thymidylate kinase  43.96 
 
 		 205 aa  157  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0156  thymidylate kinase  38.28 
 
 		 206 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1606  thymidylate kinase  45.79 
 
 		 212 aa  154  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0524778  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2503  thymidylate kinase  48.79 
 
 		 233 aa  153  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.33464  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0042  thymidylate kinase  41.51 
 
 		 207 aa  153  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000722791 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2699  thymidylate kinase  41.98 
 
 		 208 aa  151  5.9999999999999996e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.741794  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1996  thymidylate kinase  43.96 
 
 		 208 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0843  dTMP kinase  45.11 
 
 		 232 aa  149  4e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.224695 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2318  thymidylate kinase  39.64 
 
 		 217 aa  149  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0629646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0155  thymidylate kinase  41.98 
 
 		 225 aa  148  7e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2461  thymidylate kinase  41.95 
 
 		 202 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.645027 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3153  dTMP kinase  38.89 
 
 		 213 aa  146  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133636  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0575  thymidylate kinase  43.26 
 
 		 224 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000589197 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0059  dTMP kinase  37.31 
 
 		 207 aa  146  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.804352  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1983  thymidylate kinase  41.86 
 
 		 210 aa  146  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0145  thymidylate kinase  43.4 
 
 		 225 aa  145  5e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289209 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1913  thymidylate kinase  45.08 
 
 		 214 aa  145  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.325881  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0126  dTMP kinase  43.19 
 
 		 208 aa  145  6e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000990938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1588  dTMP kinase  45.08 
 
 		 214 aa  145  6e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0735324 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0877  dTMP kinase  46.27 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0121  thymidylate kinase  42.18 
 
 		 213 aa  144  2e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.505241  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1962  thymidylate kinase  37.02 
 
 		 211 aa  142  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0101939  normal  0.909912 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0970  dTMP kinase  44.04 
 
 		 210 aa  142  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8399  thymidylate kinase  40.28 
 
 		 901 aa  142  5e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3227  thymidylate kinase  36.41 
 
 		 217 aa  140  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000111751  normal  0.0445017 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1460  dTMP kinase  40.72 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0551  thymidylate kinase  42.53 
 
 		 217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0718  thymidylate kinase  39.34 
 
 		 219 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.881728  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2202  dTMP kinase  42.53 
 
 		 217 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1665  dTMP kinase  36.84 
 
 		 219 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32590  thymidylate kinase  40.76 
 
 		 215 aa  139  3e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.226657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20380  dTMP kinase  38.73 
 
 		 207 aa  138  7.999999999999999e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1275  thymidylate kinase  39.61 
 
 		 206 aa  138  7.999999999999999e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0526  thymidylate kinase  38.43 
 
 		 209 aa  138  7.999999999999999e-32  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1236  dTMP kinase  42.65 
 
 		 217 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.97692 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2267  dTMP kinase  37.38 
 
 		 212 aa  137  8.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.799684  normal  0.27429 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1575  thymidylate kinase  35.35 
 
 		 211 aa  137  1e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1165  dTMP kinase  42.13 
 
 		 214 aa  137  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0024  thymidylate kinase  36.79 
 
 		 214 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1577  thymidylate kinase  38.14 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0174932  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1029  dTMP kinase  38.28 
 
 		 217 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6923  thymidylate kinase  41.98 
 
 		 225 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0717  thymidylate kinase  40.72 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0608  thymidylate kinase  38.14 
 
 		 223 aa  136  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00959948  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6278  dTMP kinase  41.79 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0332677  normal  0.266186 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2229  thymidylate kinase  38.43 
 
 		 213 aa  135  5e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.558567  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0006  dTMP kinase  43.11 
 
 		 215 aa  135  5e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00242626  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>