More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0226 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0226  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 355 aa  727    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.586057  normal  0.327461 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0392  LacI family transcription regulator  67.68 
 
 		 330 aa  459  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0318668 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3237  LacI family transcription regulator  53.33 
 
 		 343 aa  361  1e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3960  LacI family transcription regulator  44.64 
 
 		 340 aa  272  5.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.292064 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1435  LacI family transcription regulator  39.21 
 
 		 339 aa  249  7e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02412  transcriptional regulator  40.18 
 
 		 343 aa  245  8e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0967  LacI family transcription regulator  43.2 
 
 		 352 aa  239  4e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0978  LacI family transcription regulator  37.31 
 
 		 339 aa  239  5e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1823  LacI family transcription regulator  39.04 
 
 		 341 aa  235  7e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.288921  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1820  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.76 
 
 		 345 aa  233  6e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4088  LacI family transcription regulator  36.75 
 
 		 337 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2960  transcriptional regulator, LacI family  38.3 
 
 		 337 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.430193 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3504  transcriptional regulator, LacI family protein  37.58 
 
 		 340 aa  229  5e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0875897  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1655  LacI family transcription regulator  40.77 
 
 		 366 aa  228  9e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.677065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1772  transcriptional regulator, LacI family protein  40 
 
 		 345 aa  226  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.297999  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1870  LacI family transcription regulator  40.3 
 
 		 342 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00075643 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2252  LacI family transcription regulator  39.22 
 
 		 346 aa  226  6e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305473 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2244  LacI family transcription regulator  38.92 
 
 		 351 aa  220  3e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1769  LacI family transcription regulator  39.39 
 
 		 346 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1847  LacI family transcription regulator  39.39 
 
 		 346 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1880  LacI family transcription regulator  41.74 
 
 		 344 aa  218  1e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.606893  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2737  LacI family transcription regulator  38.51 
 
 		 337 aa  218  1e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.771788 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0597  LacI family transcription regulator  39.47 
 
 		 344 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.10797  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2196  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 340 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0908748  hitchhiker  0.000488625 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2002  transcriptional regulator, LacI family  39.09 
 
 		 348 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000460258 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1887  LacI family transcription regulator  38.99 
 
 		 344 aa  216  5e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.587669  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2461  LacI family transcription regulator  39.09 
 
 		 351 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0661891  normal  0.518687 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2345  alanine racemase  39.09 
 
 		 351 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2356  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.09 
 
 		 348 aa  216  5.9999999999999996e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0591  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0167634 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1032  transcriptional regulator, LacI family  38.55 
 
 		 376 aa  203  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0974  putative sugar-binding protein  35.61 
 
 		 340 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01891  putative sugar-binding protein  35.94 
 
 		 343 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0103851  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1320  LacI family transcription regulator  37.91 
 
 		 342 aa  191  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.593334  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0303  LacI family transcription regulator  36.04 
 
 		 335 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2185  LacI family transcription regulator  35.28 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0938  LacI family transcription regulator  35.59 
 
 		 340 aa  175  9e-43  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0104625  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0809  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 344 aa  170  3e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.119427 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  29.7 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.73 
 
 		 335 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  33.63 
 
 		 335 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.67 
 
 		 336 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.93 
 
 		 335 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  34.13 
 
 		 332 aa  162  8.000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  29.67 
 
 		 338 aa  162  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13170  transcriptional regulator  34.96 
 
 		 359 aa  159  8e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.362617  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  33.54 
 
 		 351 aa  159  8e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.06 
 
 		 328 aa  159  1e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.21 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.21 
 
 		 333 aa  158  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.23 
 
 		 336 aa  157  4e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 335 aa  156  4e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 342 aa  155  8e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.23 
 
 		 356 aa  155  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.21 
 
 		 356 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0325  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  28.02 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4568  transcriptional regulator, LacI family  34.09 
 
 		 357 aa  153  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 328 aa  153  5e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  32.33 
 
 		 339 aa  153  5e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1125  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000107829 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1878  transcriptional regulator, LacI family  35.44 
 
 		 351 aa  152  7e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0941149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  33.33 
 
 		 334 aa  152  8e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  32.27 
 
 		 349 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  28.06 
 
 		 386 aa  151  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  31.16 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  32.42 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  31.63 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  30.06 
 
 		 331 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.56 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2841  transcriptional regulator, LacI family  35.33 
 
 		 345 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.595775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 		 348 aa  149  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2155  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.677334  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08380  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 351 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.689367  normal  0.241125 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  31.18 
 
 		 391 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.05 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.05 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3984  LacI family transcription regulator  31.55 
 
 		 339 aa  148  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.125023  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.05 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.05 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.05 
 
 		 341 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 344 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  29.82 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  29.46 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.45 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  31.45 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.45 
 
 		 343 aa  146  6e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.45 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  31.45 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.45 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.45 
 
 		 341 aa  146  6e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 339 aa  146  6e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.45 
 
 		 343 aa  146  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.45 
 
 		 330 aa  145  8.000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  31 
 
 		 340 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.93 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03890  transcriptional regulator, LacI family  31.56 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.229438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>