More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3238 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  579  1e-164  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 291 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  71.03 
 
 		 291 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  71.63 
 
 		 291 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  70.59 
 
 		 291 aa  420  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  70.24 
 
 		 291 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  67.82 
 
 		 291 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  68.17 
 
 		 291 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  54.98 
 
 		 293 aa  298  8e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  54.3 
 
 		 293 aa  295  5e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 301 aa  266  4e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 311 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 311 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  48.07 
 
 		 311 aa  245  8e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  47.72 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 327 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 291 aa  238  1e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 315 aa  236  4e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 332 aa  235  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  46.1 
 
 		 305 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  46.1 
 
 		 305 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  46.91 
 
 		 346 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  44.88 
 
 		 324 aa  230  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  45.96 
 
 		 678 aa  229  4e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2555  AraC family transcriptional regulator  47.2 
 
 		 311 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0708  AraC family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 311 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0725  AraC family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 311 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 251 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  44.72 
 
 		 306 aa  219  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 		 288 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 289 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 293 aa  202  8e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 289 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  38.97 
 
 		 322 aa  190  2e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5208  AraC family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  37.24 
 
 		 291 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 287 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  38.43 
 
 		 293 aa  178  9e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  35.5 
 
 		 287 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 287 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  35.5 
 
 		 287 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  35.5 
 
 		 287 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  153  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  35.17 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  34.72 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 292 aa  106  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  33.95 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  36.88 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  97.1  3e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 305 aa  95.5  9e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6198  transcriptional regulator, AraC family  33.49 
 
 		 285 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 306 aa  94  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  38.73 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 316 aa  94  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 361 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 299 aa  93.6  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  43.52 
 
 		 180 aa  92  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 303 aa  91.7  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  40.19 
 
 		 270 aa  91.3  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 277 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  39.55 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 277 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  27.97 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  30.66 
 
 		 331 aa  90.5  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 281 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 281 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  29.3 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 311 aa  89.4  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 314 aa  89  8e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  34.39 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  43.81 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 312 aa  88.6  1e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  38.36 
 
 		 312 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 284 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  42.59 
 
 		 293 aa  87.8  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 284 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 299 aa  87.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 		 294 aa  86.7  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 294 aa  85.9  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 353 aa  85.5  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5737  transcriptional regulator, AraC family  42.27 
 
 		 164 aa  85.5  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  46.15 
 
 		 202 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 		 318 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>