More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1897 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
233 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.143238  normal  0.918847 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.18 
 
 
238 aa  300  1e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2507  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.34 
 
 
238 aa  291  8e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.5 
 
 
238 aa  285  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000415229  normal  0.0198269 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.44 
 
 
239 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.712696  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2089  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.87 
 
 
238 aa  275  6e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.425137  normal  0.30388 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
229 aa  125  8.000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1617  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
229 aa  122  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
231 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
230 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2391  oxidoreductase-like  35.91 
 
 
206 aa  99  6e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.569722  hitchhiker  0.00384612 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 
244 aa  69.7  0.00000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.46714  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2423  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 
262 aa  64.3  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.312267  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1111  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.75 
 
 
226 aa  61.2  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0320  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.26 
 
 
240 aa  60.1  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 
247 aa  58.9  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.07 
 
 
281 aa  58.9  0.00000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.68 
 
 
262 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.19 
 
 
226 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.27 
 
 
293 aa  56.6  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.95 
 
 
259 aa  56.2  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0536617  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.89 
 
 
269 aa  56.2  0.0000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0854  short chain dehydrogenase  30.05 
 
 
225 aa  55.8  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0159157 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.53 
 
 
235 aa  55.5  0.0000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3138  oxidoreductase protein  28.99 
 
 
262 aa  54.3  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.58 
 
 
225 aa  54.7  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1164  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (3-ketoacyl-acyl carrier protein reductase)  26.88 
 
 
239 aa  55.1  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.115217  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.88 
 
 
268 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.67 
 
 
239 aa  54.7  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.89 
 
 
535 aa  55.1  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.61705 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21780  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.07 
 
 
242 aa  54.3  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6051  short chain dehydrogenase  30.81 
 
 
221 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0202908  normal  0.993323 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.12 
 
 
275 aa  53.5  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
233 aa  54.3  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.27 
 
 
239 aa  54.3  0.000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.95 
 
 
224 aa  54.3  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1872  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  23.71 
 
 
241 aa  53.9  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.105262 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4082  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  25.94 
 
 
244 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.858342  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.51 
 
 
262 aa  53.1  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.37 
 
 
229 aa  53.5  0.000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.67 
 
 
256 aa  52.8  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.227726  hitchhiker  0.00265893 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.86 
 
 
281 aa  53.1  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  26.92 
 
 
219 aa  52.8  0.000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3821  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.52 
 
 
244 aa  52.4  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00400497 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2119  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  23.4 
 
 
241 aa  52.8  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0243149  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.26 
 
 
228 aa  52.8  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.164626 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.93 
 
 
272 aa  52.4  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.605078  normal  0.514892 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.81 
 
 
234 aa  52.4  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.221746  normal  0.0212463 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4217  2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase  29.41 
 
 
268 aa  52.4  0.000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.54 
 
 
268 aa  52.4  0.000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.42 
 
 
240 aa  51.6  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.73 
 
 
251 aa  52  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.85 
 
 
258 aa  51.2  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3934  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 
261 aa  51.6  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0703421 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.16 
 
 
253 aa  51.6  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.34 
 
 
241 aa  51.2  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.362756  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.03 
 
 
273 aa  50.8  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1209  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  25 
 
 
253 aa  50.4  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.37 
 
 
262 aa  50.8  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.93 
 
 
248 aa  50.8  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.264822 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.74 
 
 
261 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000362575 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.51 
 
 
261 aa  50.4  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.198957  normal  0.373488 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3887  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  22.92 
 
 
241 aa  50.8  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.4 
 
 
231 aa  50.8  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.37 
 
 
271 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.1246  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.98 
 
 
260 aa  50.8  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  26.74 
 
 
256 aa  50.8  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.89 
 
 
265 aa  50.4  0.00002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0206025  normal  0.910086 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.31 
 
 
260 aa  50.4  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1820  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.89 
 
 
243 aa  50.4  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2066  short chain dehydrogenase  26.49 
 
 
251 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.919137 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
225 aa  50.1  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.22 
 
 
278 aa  50.1  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.27 
 
 
225 aa  50.1  0.00003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.452035  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2058  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.5 
 
 
246 aa  49.7  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.14 
 
 
255 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11512  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase fabG1  23.4 
 
 
247 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.298688 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.51 
 
 
253 aa  50.4  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2752  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  22.65 
 
 
255 aa  50.1  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.204437 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.48 
 
 
251 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  23.71 
 
 
238 aa  49.7  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.22 
 
 
237 aa  49.7  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2760  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.38 
 
 
241 aa  49.7  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1820  short chain dehydrogenase  27.13 
 
 
267 aa  49.7  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.187339 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1598  2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase  26.47 
 
 
267 aa  49.7  0.00004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2167  short chain dehydrogenase  30 
 
 
253 aa  49.7  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.18591  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3335  hypothetical protein  26.55 
 
 
249 aa  49.3  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.255614 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.26 
 
 
238 aa  49.3  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.04 
 
 
257 aa  49.3  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.12 
 
 
240 aa  49.3  0.00005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.22 
 
 
262 aa  49.3  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.74 
 
 
246 aa  48.9  0.00006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1769  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  23.53 
 
 
245 aa  49.3  0.00006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.02 
 
 
242 aa  48.9  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.02 
 
 
242 aa  48.9  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0423  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.74 
 
 
242 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.581113  normal  0.315949 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.02 
 
 
242 aa  48.9  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18610  short chain dehydrogenase  31.28 
 
 
263 aa  48.9  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.56588  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01893  short chain dehydrogenase  26.77 
 
 
248 aa  48.9  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000187394  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3041  short chain dehydrogenase  28.33 
 
 
268 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.631041  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>