More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1481 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 240 aa  489  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.04 
 
 		 239 aa  352  2e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.17 
 
 		 238 aa  279  3e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.52 
 
 		 240 aa  251  5.000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.44 
 
 		 253 aa  234  7e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.67 
 
 		 275 aa  232  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 		 266 aa  231  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  51.06 
 
 		 251 aa  229  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.97 
 
 		 266 aa  228  5e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.42 
 
 		 266 aa  225  4e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  48.54 
 
 		 241 aa  226  4e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.56 
 
 		 266 aa  225  4e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.42 
 
 		 266 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 		 266 aa  224  1e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 		 266 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.15 
 
 		 266 aa  220  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  49.79 
 
 		 241 aa  219  3e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  46.22 
 
 		 241 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.9 
 
 		 238 aa  207  8e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.09 
 
 		 249 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.9 
 
 		 239 aa  194  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  42.8 
 
 		 239 aa  192  3e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.23 
 
 		 239 aa  183  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.57 
 
 		 264 aa  180  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 		 260 aa  172  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 		 262 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  42.74 
 
 		 262 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 		 245 aa  163  3e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 		 254 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 249 aa  160  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 		 260 aa  157  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 		 251 aa  156  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 		 250 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.8 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  41.18 
 
 		 265 aa  148  9e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.26 
 
 		 250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 		 252 aa  139  4.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 		 259 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  35.87 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 		 265 aa  126  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 256 aa  124  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 		 260 aa  122  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 258 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 		 277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 		 277 aa  118  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 		 260 aa  118  9e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 		 260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.76 
 
 		 242 aa  116  3e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 		 264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.17 
 
 		 271 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 		 251 aa  111  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.6 
 
 		 300 aa  111  9e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 		 254 aa  108  1e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.58 
 
 		 263 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  33.61 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  33.61 
 
 		 261 aa  107  2e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  32.77 
 
 		 245 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 		 245 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  32.23 
 
 		 261 aa  102  6e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.95 
 
 		 243 aa  101  9e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.9 
 
 		 245 aa  100  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  31.56 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 		 250 aa  99.4  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 		 267 aa  97.8  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  30.28 
 
 		 289 aa  97.1  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  30.77 
 
 		 254 aa  97.1  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 		 255 aa  97.4  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.87 
 
 		 240 aa  95.9  5e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 		 271 aa  95.9  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 		 251 aa  95.5  6e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 		 267 aa  95.5  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  30.99 
 
 		 264 aa  95.1  9e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2034  short chain dehydrogenase  31.18 
 
 		 290 aa  95.1  9e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 		 255 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.841301 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 		 249 aa  93.6  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.78 
 
 		 245 aa  94  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0938  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4065  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.03 
 
 		 252 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372477  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0911  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 		 242 aa  93.2  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0749  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 		 261 aa  92.8  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.83 
 
 		 245 aa  92.4  5e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  30.8 
 
 		 256 aa  92.4  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  29.49 
 
 		 259 aa  92.4  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  28.29 
 
 		 291 aa  92  7e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  29.27 
 
 		 260 aa  92  8e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  31.4 
 
 		 261 aa  92  8e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  33.15 
 
 		 248 aa  92  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  27.53 
 
 		 249 aa  91.7  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  28.51 
 
 		 265 aa  91.3  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 		 251 aa  90.9  1e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  31.77 
 
 		 261 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  32.98 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1791  short chain dehydrogenase  34.74 
 
 		 285 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 		 260 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>