More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4082 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4082  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  100 
 
 
244 aa  498  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.858342  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3821  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  97.54 
 
 
244 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00400497 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.92 
 
 
244 aa  418  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0960196  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.74 
 
 
244 aa  417  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5888  putative short-chain dehydrogenase  81.63 
 
 
245 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68040  putative short-chain dehydrogenase  80.41 
 
 
245 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.915385  normal  0.0126935 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  79.92 
 
 
244 aa  409  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.67 
 
 
251 aa  327  8e-89  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.347308 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.88 
 
 
243 aa  323  1e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.198401  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.27 
 
 
263 aa  321  5e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.52 
 
 
251 aa  322  5e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.437087  decreased coverage  0.00119468 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.93 
 
 
243 aa  321  7e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0711669 
 
 
-
 
NC_004310  BR0116  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.86 
 
 
268 aa  321  8e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.05 
 
 
264 aa  320  9.000000000000001e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145907  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0113  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  62.86 
 
 
268 aa  320  9.999999999999999e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0686594  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.34 
 
 
243 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0621  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.64 
 
 
263 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.167858  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.22 
 
 
262 aa  319  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2462  short-chain dehydrogenase  62.4 
 
 
251 aa  318  7e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0325  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  63.11 
 
 
243 aa  317  9e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1067  Short-chain alcohol dehydrogenase  63.52 
 
 
258 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.71076  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.49 
 
 
240 aa  315  4e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0328303  normal  0.0791888 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.7 
 
 
250 aa  314  7e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97771  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.7 
 
 
250 aa  314  7e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.307403 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.86 
 
 
256 aa  314  9.999999999999999e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.262642  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.66 
 
 
249 aa  313  1.9999999999999998e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449608  normal  0.117901 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.7 
 
 
251 aa  312  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.4 
 
 
258 aa  311  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1204  Short-chain dehydrogenase/reductase  61.73 
 
 
258 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.18 
 
 
239 aa  310  9e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.76 
 
 
273 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0956  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.18 
 
 
290 aa  302  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.37 
 
 
312 aa  297  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.78 
 
 
306 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.487588 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.25 
 
 
265 aa  296  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0113148 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5935  FixR protein  56.56 
 
 
282 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.415665  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.54 
 
 
242 aa  221  9e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.36 
 
 
268 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3752  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.58 
 
 
268 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
261 aa  141  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.32 
 
 
266 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
260 aa  135  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
262 aa  135  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
239 aa  131  9e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.88 
 
 
278 aa  130  1.0000000000000001e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.96 
 
 
250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6018  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.52 
 
 
247 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3865  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.52 
 
 
277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
262 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
262 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.14 
 
 
232 aa  125  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000037264  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
255 aa  125  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0755029  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
245 aa  125  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.795595  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
245 aa  125  5e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.1 
 
 
246 aa  125  6e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.1 
 
 
246 aa  124  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3241  glucose-1-dehydrogenase  37.3 
 
 
248 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
262 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1318  glucose-1-dehydrogenase  36.9 
 
 
248 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.573048  normal  0.212962 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1622  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.19 
 
 
256 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.598933  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
253 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
240 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0723888  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3860  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.01 
 
 
249 aa  122  4e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.840744  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
250 aa  122  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0259595  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
262 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
256 aa  122  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0339  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
265 aa  122  6e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  34.15 
 
 
259 aa  122  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.38 
 
 
246 aa  121  8e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1852  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.76 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.454003  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2032  glucose-1-dehydrogenase  35.97 
 
 
248 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.569693  normal  0.784384 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1259  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.54 
 
 
245 aa  120  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1924  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
238 aa  121  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.588945  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
258 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0396  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.07 
 
 
265 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  36.95 
 
 
267 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235885 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.12 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.86 
 
 
247 aa  119  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.2 
 
 
247 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
269 aa  120  3e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1629  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.27 
 
 
247 aa  119  3e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000722378  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
246 aa  119  3e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.61 
 
 
249 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.596689 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.150046 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1003  glucose-1-dehydrogenase  36.29 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.239438  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
257 aa  119  3.9999999999999996e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
256 aa  119  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2191  glucose-1-dehydrogenase  35.09 
 
 
253 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1665  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.29 
 
 
247 aa  118  7e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.139434  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
246 aa  118  7e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
274 aa  118  7e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1835  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.15 
 
 
247 aa  118  7e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0909527  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
239 aa  118  7.999999999999999e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2285  acetoacetyl-CoA reductase  34.98 
 
 
255 aa  118  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00853533 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>