More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1306 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_1306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
239 aa  487  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1204  Short-chain dehydrogenase/reductase  98.33 
 
 
258 aa  480  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.05 
 
 
262 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.768597 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1388  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.63 
 
 
258 aa  450  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2462  short-chain dehydrogenase  87.87 
 
 
251 aa  445  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0621  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.68 
 
 
263 aa  424  1e-118  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.167858  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0764  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  84.52 
 
 
264 aa  425  1e-118  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.145907  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2477  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.24 
 
 
249 aa  387  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449608  normal  0.117901 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.18 
 
 
251 aa  383  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.347308 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.52 
 
 
251 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.52 
 
 
251 aa  370  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.437087  decreased coverage  0.00119468 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.69 
 
 
240 aa  372  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0328303  normal  0.0791888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.86 
 
 
250 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.307403 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.86 
 
 
250 aa  367  1e-100  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.97771  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0113  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  73.86 
 
 
268 aa  362  2e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0686594  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0116  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  73.44 
 
 
268 aa  360  8e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.61 
 
 
263 aa  358  4e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.61 
 
 
256 aa  348  6e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.262642  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.2 
 
 
243 aa  343  2e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.198401  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.95 
 
 
243 aa  332  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0711669 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.36 
 
 
243 aa  332  4e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0325  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  66.95 
 
 
243 aa  331  5e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.992211 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1067  Short-chain alcohol dehydrogenase  66.53 
 
 
258 aa  327  8e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.71076  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5888  putative short-chain dehydrogenase  65.69 
 
 
245 aa  321  5e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4476  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.58 
 
 
306 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.487588 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68040  putative short-chain dehydrogenase  65.27 
 
 
245 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.915385  normal  0.0126935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.5 
 
 
273 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5935  FixR protein  62.5 
 
 
282 aa  316  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.415665  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4082  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  63.18 
 
 
244 aa  310  9e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.858342  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.76 
 
 
265 aa  310  1e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0113148 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.34 
 
 
244 aa  310  2e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.18 
 
 
244 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.76 
 
 
244 aa  308  4e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0960196  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3821  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.92 
 
 
244 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00400497 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0956  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.25 
 
 
290 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.25 
 
 
312 aa  306  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  51.05 
 
 
242 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
261 aa  122  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
260 aa  121  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.47 
 
 
266 aa  121  9e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
262 aa  121  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
262 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2285  acetoacetyl-CoA reductase  33.2 
 
 
255 aa  117  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00853533 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 
278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0620  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.2 
 
 
250 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.890979 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6018  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.13 
 
 
247 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
240 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.54 
 
 
274 aa  112  5e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
250 aa  112  6e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
240 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.819971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
240 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0050  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
245 aa  111  9e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.795595  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
245 aa  111  9e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
239 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.13 
 
 
268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  29.72 
 
 
252 aa  109  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1629  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.58 
 
 
247 aa  109  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000722378  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
246 aa  109  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
262 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1574  acetoacetyl-CoA reductase  31.3 
 
 
241 aa  110  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50991  normal  0.311491 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 
269 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3149  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
240 aa  108  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4822  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
253 aa  109  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.237012  normal  0.451819 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1052  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.75 
 
 
249 aa  108  7.000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.595942 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
246 aa  108  7.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235885 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0638  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  31.97 
 
 
249 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.326259 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
239 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.920793 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1600  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.73 
 
 
248 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766796  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
239 aa  107  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
240 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0723888  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2692  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.68 
 
 
272 aa  107  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.108602 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.05 
 
 
247 aa  107  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1719  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.17 
 
 
249 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.85 
 
 
246 aa  107  2e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
262 aa  107  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.79 
 
 
247 aa  107  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
251 aa  107  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.154844 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1622  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.92 
 
 
256 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.598933  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
241 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1918  short chain dehydrogenase  32.52 
 
 
252 aa  107  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.633362  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0999  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.95 
 
 
249 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 
239 aa  107  2e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.58 
 
 
243 aa  107  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0160173  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0981  2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase, putative  33.33 
 
 
249 aa  106  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0918  putative 2-deoxy-d-gluconate 3-dehydrogenase  33.33 
 
 
249 aa  106  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.311873  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
255 aa  106  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.15322  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.73 
 
 
274 aa  106  3e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0720968  normal  0.127644 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1074  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.92 
 
 
249 aa  106  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3267  putative short chain dehydrogenase/reductase  31.05 
 
 
249 aa  106  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.779259 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3752  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32 
 
 
268 aa  106  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0609  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
232 aa  105  5e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000037264  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.85 
 
 
246 aa  105  5e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0830  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.33 
 
 
249 aa  105  6e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1003  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.56 
 
 
249 aa  105  6e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2905  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.77 
 
 
249 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.901799  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2851  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.77 
 
 
249 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238755  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2790  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.77 
 
 
249 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.570924  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2477  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.77 
 
 
249 aa  105  7e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10130  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
238 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000206354  normal  0.858478 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>