More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1069 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 251 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0959  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 		 262 aa  349  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1119  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  68.27 
 
 		 262 aa  341  7e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.97 
 
 		 260 aa  340  1e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 		 250 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0471693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.05 
 
 		 250 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2737  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  63.05 
 
 		 250 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.420132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.35 
 
 		 250 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 		 264 aa  261  6e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 		 260 aa  206  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 		 238 aa  190  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.371699  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.17 
 
 		 252 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.576341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.63 
 
 		 275 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.03 
 
 		 266 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 		 238 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 		 266 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.857449 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.61 
 
 		 249 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.377805  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 		 240 aa  180  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1311  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 		 266 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.978372 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 		 266 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 		 266 aa  179  4e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.62 
 
 		 266 aa  178  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3066  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.32 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0813  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.53 
 
 		 253 aa  175  7e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  39.24 
 
 		 239 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1490  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 		 239 aa  171  7.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.59 
 
 		 266 aa  171  9e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 		 238 aa  170  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.434652  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 		 239 aa  169  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2469  TonB-dependent receptor  40 
 
 		 265 aa  168  8e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 		 245 aa  167  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00978147  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.51 
 
 		 251 aa  163  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 		 249 aa  159  4e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 		 240 aa  156  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 		 239 aa  154  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 		 256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 		 277 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 		 256 aa  150  2e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 		 277 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 		 258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 		 254 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0637  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368636  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01815  short chain dehydrogenase  36.89 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0496  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 		 251 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.661007 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003864  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  35.66 
 
 		 241 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.013707  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 		 257 aa  142  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 		 259 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 		 258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 		 260 aa  135  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.166977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 		 260 aa  136  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 		 300 aa  132  5e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 		 265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.218017  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 		 254 aa  125  6e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 263 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195504 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 		 240 aa  123  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 		 260 aa  123  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.271159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0779  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.89 
 
 		 232 aa  121  9e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0946861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4451  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.56 
 
 		 232 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.928751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0230  hypothetical protein  36.48 
 
 		 261 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.599536 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0738  hypothetical protein  31.05 
 
 		 232 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 		 245 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.19024  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6102  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 		 264 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0605001  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 		 260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  34.44 
 
 		 260 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 		 256 aa  112  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 		 258 aa  111  9e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 		 242 aa  110  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3968  short chain dehydrogenase  38.02 
 
 		 269 aa  109  5e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0231224  normal  0.018096 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1087  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  34.71 
 
 		 245 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.3765  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 		 245 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0379321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.36 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.980517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 		 255 aa  105  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  31.73 
 
 		 264 aa  105  8e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.71 
 
 		 230 aa  105  9e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 		 257 aa  104  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.15 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.15 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  32.77 
 
 		 259 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  32.77 
 
 		 259 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  32.77 
 
 		 259 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  32.77 
 
 		 259 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  34.9 
 
 		 266 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  32.77 
 
 		 259 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.34 
 
 		 264 aa  103  3e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1902  short chain dehydrogenase  38.42 
 
 		 269 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0327948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  31.4 
 
 		 251 aa  103  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  32.34 
 
 		 259 aa  101  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  31.36 
 
 		 261 aa  101  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 256 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  30.32 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.36 
 
 		 233 aa  100  3e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 		 261 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 		 265 aa  100  3e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2823  short chain dehydrogenase  35.98 
 
 		 292 aa  99.8  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00207351  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.09 
 
 		 267 aa  99.4  6e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>