More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3138 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc3138  oxidoreductase protein  100 
 
 
262 aa  525  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.5 
 
 
262 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.11 
 
 
278 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.99 
 
 
262 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2852  putative oxidoreductase protein  66.54 
 
 
264 aa  344  8e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.91402  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.15 
 
 
263 aa  327  9e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.54 
 
 
263 aa  310  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.978544 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.88 
 
 
279 aa  310  2e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.528126  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.15 
 
 
263 aa  308  4e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0549693 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1425  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  55.73 
 
 
264 aa  299  4e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.200341  normal  0.111213 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3784  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.69 
 
 
264 aa  298  5e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0333055  hitchhiker  0.00262398 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.62 
 
 
263 aa  298  9e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.299439 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4076  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.54 
 
 
264 aa  295  6e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142044  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2321  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.02 
 
 
264 aa  294  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0737567  normal  0.413876 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1482  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.56 
 
 
264 aa  291  7e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1399  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.56 
 
 
264 aa  291  7e-78  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.753199  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0516  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.56 
 
 
264 aa  291  7e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0132  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.56 
 
 
264 aa  291  7e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.383327  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.02 
 
 
265 aa  290  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1069  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.17 
 
 
264 aa  290  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.304353  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.94 
 
 
265 aa  289  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0986  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.79 
 
 
264 aa  289  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2301  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  58.17 
 
 
264 aa  289  4e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.94 
 
 
265 aa  287  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5043  putative short-chain dehydrogenase  56.87 
 
 
264 aa  287  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.239817  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.49 
 
 
264 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.126254 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1733  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.02 
 
 
264 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.25 
 
 
264 aa  285  5e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.53126  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.34 
 
 
263 aa  284  1.0000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4319  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.34 
 
 
264 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.070024  normal  0.514561 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1694  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.79 
 
 
341 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.636471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46890  putative short-chain dehydrogenase  56.49 
 
 
264 aa  281  7.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000947706 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.25 
 
 
264 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.90584  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.77 
 
 
262 aa  277  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280477 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.47 
 
 
264 aa  276  2e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.11 
 
 
264 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0734919  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.73 
 
 
264 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.643515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.73 
 
 
264 aa  275  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.665847 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.82 
 
 
264 aa  275  5e-73  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.36792  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.73 
 
 
264 aa  275  6e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.804002 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.41 
 
 
263 aa  275  7e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4504  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.33 
 
 
264 aa  275  8e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371562  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.17 
 
 
264 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.73 
 
 
264 aa  273  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.73 
 
 
264 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.461844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.53 
 
 
264 aa  270  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.05 
 
 
263 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  0.939609 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.31 
 
 
264 aa  268  7e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0782028  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.26 
 
 
264 aa  266  2e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0585429 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3522  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.05 
 
 
265 aa  265  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.284678  normal  0.417137 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4040  putative short-chain dehydrogenase  56.11 
 
 
264 aa  264  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.46 
 
 
264 aa  264  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.87 
 
 
264 aa  263  2e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.221391  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  52.49 
 
 
264 aa  263  2e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.785349  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
264 aa  259  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.83567  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
263 aa  258  9e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.144815  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
262 aa  258  9e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000526189  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
264 aa  257  1e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
264 aa  256  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2852  putative short-chain dehydrogenase/reductase  50.76 
 
 
264 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.44 
 
 
263 aa  253  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6757  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.67 
 
 
264 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3169  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.48 
 
 
264 aa  250  2e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000352781  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3188  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.11 
 
 
264 aa  248  5e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3440  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.11 
 
 
264 aa  248  5e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3407  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  48.11 
 
 
264 aa  248  8e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3420  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  47.73 
 
 
264 aa  248  9e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.638189  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
263 aa  247  1e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192712  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.78 
 
 
263 aa  246  2e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.188706  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3090  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.73 
 
 
264 aa  246  3e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0951235  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
264 aa  246  3e-64  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.719452  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.76 
 
 
264 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000274382 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12520  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  51.74 
 
 
263 aa  242  5e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2029  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.91 
 
 
265 aa  237  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.11 
 
 
259 aa  236  2e-61  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.214725  hitchhiker  0.00511053 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.11 
 
 
259 aa  236  3e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.882339 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.09 
 
 
260 aa  231  7.000000000000001e-60  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00860975  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.32 
 
 
264 aa  231  1e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000288198  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5113  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  48.99 
 
 
187 aa  186  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
263 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0501605 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
266 aa  153  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.30636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
265 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.542454 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
266 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.798057  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.58 
 
 
266 aa  150  3e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.471953 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
267 aa  146  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0190565  normal  0.0181736 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
262 aa  145  6e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0923  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
263 aa  144  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.148481  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
268 aa  142  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
268 aa  142  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.53 
 
 
268 aa  141  8e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
262 aa  141  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.88 
 
 
288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.26 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.62458 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
248 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2392  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
255 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.432373 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.5 
 
 
258 aa  138  8.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
253 aa  137  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
279 aa  137  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.270996  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.43 
 
 
256 aa  138  1e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>