More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_2060 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_2060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
264 aa  521  1e-147  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.719452  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  75.38 
 
 
264 aa  393  1e-108  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.785349  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.76 
 
 
264 aa  390  1e-107  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.221391  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.48 
 
 
259 aa  371  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.882339 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.42 
 
 
259 aa  331  7.000000000000001e-90  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.214725  hitchhiker  0.00511053 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.13 
 
 
264 aa  269  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.90584  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.58 
 
 
264 aa  268  5.9999999999999995e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.36792  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.3 
 
 
264 aa  267  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46890  putative short-chain dehydrogenase  56.44 
 
 
264 aa  265  7e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000947706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.47 
 
 
263 aa  264  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.978544 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4076  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.41 
 
 
264 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142044  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.29 
 
 
263 aa  262  4e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0549693 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5043  putative short-chain dehydrogenase  52.85 
 
 
264 aa  261  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.239817  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.72 
 
 
262 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.95 
 
 
264 aa  260  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.53126  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
262 aa  260  2e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.29 
 
 
263 aa  258  8e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.299439 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4504  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 
264 aa  257  1e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371562  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.71 
 
 
264 aa  257  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.94 
 
 
264 aa  256  2e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0782028  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.18 
 
 
265 aa  256  4e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.57 
 
 
278 aa  255  6e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1733  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.85 
 
 
264 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.71 
 
 
264 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.126254 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4319  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.71 
 
 
264 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.070024  normal  0.514561 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
263 aa  252  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.09 
 
 
264 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2321  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.79 
 
 
264 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0737567  normal  0.413876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.47 
 
 
264 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.461844 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.43 
 
 
263 aa  251  6e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.188706  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2852  putative short-chain dehydrogenase/reductase  49.43 
 
 
264 aa  251  7e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2301  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.57 
 
 
264 aa  249  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1694  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  51.33 
 
 
341 aa  249  2e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.636471  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1069  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.57 
 
 
264 aa  248  6e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.304353  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.76 
 
 
265 aa  248  9e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1399  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.19 
 
 
264 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.753199  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0132  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.19 
 
 
264 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.383327  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0516  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.19 
 
 
264 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0986  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.19 
 
 
264 aa  247  1e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1482  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  50.19 
 
 
264 aa  247  1e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.81 
 
 
265 aa  246  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
263 aa  246  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  0.939609 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3138  oxidoreductase protein  49.81 
 
 
262 aa  246  3e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.11 
 
 
264 aa  246  3e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
279 aa  245  6e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.528126  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4040  putative short-chain dehydrogenase  56.82 
 
 
264 aa  244  8e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.95 
 
 
264 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.643515  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.57 
 
 
263 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.144815  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.95 
 
 
264 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.665847 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
263 aa  242  5e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1425  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  45.83 
 
 
264 aa  242  5e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.200341  normal  0.111213 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.95 
 
 
264 aa  241  6e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.804002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.57 
 
 
264 aa  241  7e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0734919  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
264 aa  241  7e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0585429 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3522  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.56 
 
 
265 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.284678  normal  0.417137 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2852  putative oxidoreductase protein  50.38 
 
 
264 aa  240  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.91402  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.7 
 
 
264 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3784  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.86 
 
 
264 aa  235  5.0000000000000005e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0333055  hitchhiker  0.00262398 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
264 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.83567  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.29 
 
 
263 aa  231  9e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
264 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000274382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.06 
 
 
262 aa  227  1e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280477 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12520  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  47.91 
 
 
263 aa  224  1e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3090  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.83 
 
 
264 aa  223  3e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0951235  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.21 
 
 
263 aa  222  6e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3407  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  45.83 
 
 
264 aa  221  8e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3420  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  45.83 
 
 
264 aa  220  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.638189  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3188  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.45 
 
 
264 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3440  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.45 
 
 
264 aa  219  3e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2029  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.05 
 
 
265 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3169  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.08 
 
 
264 aa  217  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6757  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.95 
 
 
264 aa  217  2e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.16 
 
 
263 aa  216  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192712  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
264 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000288198  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.7 
 
 
264 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.06 
 
 
262 aa  209  5e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000526189  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
260 aa  195  6e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00860975  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.56 
 
 
268 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5113  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41 
 
 
187 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
257 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0969  putative short-chain alcohol dehydrogenase  35.61 
 
 
259 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00190431  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
266 aa  136  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.471953 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  35.23 
 
 
257 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.08 
 
 
261 aa  136  4e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 
248 aa  135  8e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
266 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.30636 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
259 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.77 
 
 
259 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.6 
 
 
258 aa  132  7.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
252 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.270996  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
270 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.542454 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.25 
 
 
259 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
294 aa  130  3e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.25 
 
 
258 aa  129  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.43 
 
 
256 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2157  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
252 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.166791  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
266 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.197141 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>