More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4471 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
270 aa  538  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.68 
 
 
264 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796111  normal  0.121922 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2183  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.52 
 
 
267 aa  298  6e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159949  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 
255 aa  291  1e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59 
 
 
260 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59 
 
 
260 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.18 
 
 
254 aa  282  4.0000000000000003e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
264 aa  271  8.000000000000001e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_003296  RS02008  oxidoreductase protein  62.84 
 
 
257 aa  270  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.89 
 
 
258 aa  261  1e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
266 aa  256  4e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.31 
 
 
254 aa  255  6e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.46 
 
 
257 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  55.6 
 
 
257 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.79 
 
 
259 aa  246  3e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.08 
 
 
249 aa  228  8e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128748  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.48 
 
 
244 aa  226  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.06 
 
 
253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2681  putative oxidoreductase  51.56 
 
 
253 aa  215  7e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.3 
 
 
261 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.17 
 
 
252 aa  202  6e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.33 
 
 
245 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242279  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  45.11 
 
 
277 aa  199  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.9 
 
 
249 aa  198  9e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246853  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.47 
 
 
257 aa  195  6e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40 
 
 
259 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40 
 
 
259 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.02 
 
 
253 aa  186  3e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.86 
 
 
258 aa  185  8e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.83 
 
 
253 aa  182  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41 
 
 
259 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.92 
 
 
258 aa  182  6e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.66 
 
 
285 aa  182  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.86 
 
 
261 aa  182  7e-45  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.84 
 
 
258 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.53 
 
 
258 aa  178  9e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.46 
 
 
259 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.46 
 
 
259 aa  177  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.47 
 
 
256 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.69 
 
 
288 aa  175  7e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.74 
 
 
257 aa  175  8e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.86266  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.74 
 
 
257 aa  174  9e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.85 
 
 
292 aa  174  9e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.6 
 
 
260 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.6 
 
 
260 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.91 
 
 
248 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
292 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.46 
 
 
257 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.32 
 
 
266 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.58 
 
 
270 aa  171  9e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.25 
 
 
248 aa  171  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.53 
 
 
260 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1586  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.31 
 
 
261 aa  170  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0571917  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.84 
 
 
256 aa  171  2e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.61 
 
 
256 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.38 
 
 
256 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.15 
 
 
256 aa  169  3e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.93 
 
 
258 aa  170  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40 
 
 
256 aa  169  4e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.61 
 
 
256 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.78 
 
 
253 aa  169  4e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00870136  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.47 
 
 
255 aa  169  4e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
276 aa  169  6e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.31 
 
 
257 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.3 
 
 
256 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.39 
 
 
260 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.16 
 
 
247 aa  167  1e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.07 
 
 
259 aa  167  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41 
 
 
256 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  39.23 
 
 
260 aa  167  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39 
 
 
260 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.46 
 
 
261 aa  167  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.35 
 
 
258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.21 
 
 
258 aa  166  5e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.08 
 
 
256 aa  166  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.31 
 
 
261 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 
266 aa  165  8e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.38 
 
 
257 aa  165  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.41 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.41 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1507  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.64 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0183743 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0932  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.5 
 
 
260 aa  164  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.733087  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.54 
 
 
272 aa  163  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2857  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.26 
 
 
265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.520091  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2343  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.61 
 
 
262 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.24 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.55845  normal  0.496669 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.53 
 
 
256 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
260 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.39 
 
 
260 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1436  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.88 
 
 
257 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00798692 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2854  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.93 
 
 
264 aa  162  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110395  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.46 
 
 
257 aa  162  7e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.59 
 
 
261 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.52 
 
 
256 aa  161  9e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39 
 
 
261 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0575  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.02 
 
 
258 aa  161  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.25 
 
 
246 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.15 
 
 
256 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>