More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02008 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS02008  oxidoreductase protein  100 
 
 
257 aa  502  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.16 
 
 
260 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.16 
 
 
260 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.4 
 
 
254 aa  322  3e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.44 
 
 
264 aa  304  9.000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796111  normal  0.121922 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.32 
 
 
255 aa  300  2e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.96 
 
 
266 aa  293  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.49 
 
 
258 aa  290  1e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 
264 aa  290  2e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.84 
 
 
270 aa  284  8e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2183  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.95 
 
 
267 aa  277  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159949  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.38 
 
 
257 aa  270  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.26 
 
 
259 aa  266  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  57.42 
 
 
257 aa  264  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.76 
 
 
254 aa  263  2e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2681  putative oxidoreductase  57.83 
 
 
253 aa  238  5e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
244 aa  238  5e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.34 
 
 
245 aa  228  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242279  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.95 
 
 
249 aa  225  6e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128748  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
253 aa  222  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.34 
 
 
261 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.57 
 
 
249 aa  214  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246853  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 
252 aa  203  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 
252 aa  187  1e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.55845  normal  0.496669 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.42 
 
 
285 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.95 
 
 
253 aa  178  7e-44  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00870136  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
253 aa  178  8e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3283  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.64 
 
 
253 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.51 
 
 
257 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.86266  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.51 
 
 
257 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.28 
 
 
257 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.88 
 
 
252 aa  172  5e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.47 
 
 
246 aa  170  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.14 
 
 
277 aa  168  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.41 
 
 
258 aa  167  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.73 
 
 
261 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
253 aa  167  2e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3132  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
261 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.91 
 
 
256 aa  164  9e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
256 aa  164  2.0000000000000002e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
256 aa  162  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
257 aa  162  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  42.52 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
233 aa  162  6e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
233 aa  162  7e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.61 
 
 
245 aa  160  1e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1671  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.47 
 
 
246 aa  160  1e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
254 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.14 
 
 
256 aa  160  1e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
259 aa  161  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1817  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.14 
 
 
261 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.181531  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2140  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.14 
 
 
261 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
251 aa  160  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
256 aa  160  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.75 
 
 
256 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.09 
 
 
247 aa  160  3e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0987  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.8 
 
 
250 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.348394  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.38 
 
 
256 aa  159  3e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
254 aa  159  4e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
247 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.31 
 
 
255 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.31 
 
 
259 aa  158  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.58 
 
 
254 aa  159  6e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.39 
 
 
257 aa  158  8e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0137  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
260 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0600475  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0620  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
260 aa  158  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.822121  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0588  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
260 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.194347  normal  0.0391008 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.95 
 
 
258 aa  157  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
262 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.69 
 
 
256 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
259 aa  156  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  42.8 
 
 
260 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.67 
 
 
246 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
259 aa  156  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.69 
 
 
245 aa  156  3e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
262 aa  156  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.89 
 
 
246 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.89 
 
 
265 aa  156  4e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.08 
 
 
260 aa  156  4e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
262 aa  156  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
246 aa  156  4e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
246 aa  156  4e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.39 
 
 
260 aa  155  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.84 
 
 
246 aa  155  4e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
248 aa  156  4e-37  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.08 
 
 
260 aa  156  4e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.62 
 
 
258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
250 aa  155  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
250 aa  155  6e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  38.74 
 
 
255 aa  155  6e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  39.29 
 
 
260 aa  155  7e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
246 aa  155  7e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
260 aa  155  7e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
246 aa  155  8e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.71 
 
 
256 aa  155  8e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.25 
 
 
246 aa  155  8e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.52 
 
 
257 aa  155  8e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3684  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
256 aa  155  9e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1089  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
244 aa  155  9e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.319271  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.04 
 
 
259 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>