More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2201 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_2201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
264 aa  523  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796111  normal  0.121922 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2183  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.84 
 
 
267 aa  355  3.9999999999999996e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159949  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.68 
 
 
270 aa  324  7e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.5 
 
 
260 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.5 
 
 
260 aa  310  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.06 
 
 
254 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_003296  RS02008  oxidoreductase protein  67.44 
 
 
257 aa  301  5.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.77 
 
 
258 aa  300  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.73 
 
 
255 aa  295  5e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.69 
 
 
264 aa  292  5e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  59.92 
 
 
257 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.38 
 
 
257 aa  284  8e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.68 
 
 
266 aa  282  4.0000000000000003e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.54 
 
 
259 aa  281  7.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.77 
 
 
254 aa  270  2e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2681  putative oxidoreductase  58.89 
 
 
253 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.22 
 
 
244 aa  229  4e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
253 aa  225  7e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
249 aa  220  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128748  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.36 
 
 
261 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.83 
 
 
245 aa  210  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242279  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.34 
 
 
249 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246853  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
252 aa  194  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.2 
 
 
253 aa  187  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.85 
 
 
257 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.52 
 
 
253 aa  176  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00870136  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
285 aa  176  4e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
257 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
257 aa  175  7e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.86266  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.63 
 
 
277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
261 aa  172  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.15 
 
 
261 aa  172  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
233 aa  172  5e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.54 
 
 
261 aa  172  5e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  40.38 
 
 
255 aa  172  5e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
251 aa  171  9e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
233 aa  171  2e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 
256 aa  170  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.67 
 
 
259 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.67 
 
 
259 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.6 
 
 
261 aa  169  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
276 aa  167  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
260 aa  167  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
233 aa  167  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
253 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
233 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.929403  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.48 
 
 
233 aa  166  4e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.38 
 
 
257 aa  165  8e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.5 
 
 
261 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.35 
 
 
261 aa  165  9e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1936  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.47 
 
 
245 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000245701  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.47 
 
 
270 aa  163  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
234 aa  162  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0991034  normal  0.658106 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.75 
 
 
247 aa  162  5.0000000000000005e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.74 
 
 
256 aa  162  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.67 
 
 
257 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.92 
 
 
248 aa  161  8.000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
266 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
254 aa  160  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.96 
 
 
260 aa  160  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2311  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.35 
 
 
261 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.146201  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
254 aa  161  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
257 aa  161  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.136415  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.66 
 
 
247 aa  160  2e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
252 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.55845  normal  0.496669 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.61 
 
 
254 aa  159  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
270 aa  159  4e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2206  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
254 aa  159  6e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0824665  hitchhiker  0.00853535 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.67 
 
 
256 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
259 aa  157  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.43 
 
 
261 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.91 
 
 
247 aa  157  2e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.84 
 
 
258 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2308  putative 3-oxoacyl-ACP reductase  40.87 
 
 
252 aa  157  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.76 
 
 
258 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3473  short chain dehydrogenase  35.77 
 
 
259 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.639698 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40 
 
 
252 aa  155  4e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.1 
 
 
258 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2140  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.46 
 
 
261 aa  155  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.84 
 
 
258 aa  156  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.84 
 
 
246 aa  155  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1817  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.46 
 
 
261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.181531  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.02 
 
 
257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
292 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01006  short-chain alcohol dehydrogenase-like protein  37.89 
 
 
255 aa  155  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.92 
 
 
256 aa  155  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 
258 aa  155  9e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.82 
 
 
246 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.31 
 
 
256 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.16 
 
 
250 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.16 
 
 
250 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.05 
 
 
261 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
248 aa  153  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
256 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.07 
 
 
258 aa  153  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.69 
 
 
250 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16790  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  39.68 
 
 
253 aa  153  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.821391 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
257 aa  153  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.711608  normal  0.149897 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.83 
 
 
292 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.53 
 
 
256 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>