More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1205 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
261 aa  499  1e-140  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.19 
 
 
264 aa  248  1e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.79 
 
 
266 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.2 
 
 
260 aa  238  8e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.2 
 
 
260 aa  238  8e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2681  putative oxidoreductase  56.3 
 
 
253 aa  234  7e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.91 
 
 
255 aa  227  2e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.54 
 
 
264 aa  226  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796111  normal  0.121922 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.9 
 
 
254 aa  222  4e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.68 
 
 
270 aa  218  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_003296  RS02008  oxidoreductase protein  52.34 
 
 
257 aa  217  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 
253 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51 
 
 
259 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.41 
 
 
254 aa  214  9.999999999999999e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
257 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  48 
 
 
257 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2183  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.33 
 
 
267 aa  207  1e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159949  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
249 aa  203  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246853  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.97 
 
 
244 aa  202  3e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
258 aa  191  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
249 aa  190  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128748  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
245 aa  180  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242279  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.5 
 
 
252 aa  172  5e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
252 aa  165  8e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.55845  normal  0.496669 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.8 
 
 
261 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
247 aa  160  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.6 
 
 
261 aa  157  1e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.2 
 
 
261 aa  158  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
292 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.2 
 
 
261 aa  158  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.58 
 
 
258 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
292 aa  156  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
292 aa  156  3e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.98 
 
 
258 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
250 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.25 
 
 
262 aa  153  2e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3773  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.25 
 
 
258 aa  154  2e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.86 
 
 
250 aa  153  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.3 
 
 
256 aa  153  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32556  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
253 aa  152  4e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.68 
 
 
277 aa  152  4e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.86 
 
 
258 aa  152  5e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.86 
 
 
258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.86 
 
 
258 aa  152  8e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3859  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.9 
 
 
259 aa  151  8.999999999999999e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.86 
 
 
258 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.46 
 
 
258 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
246 aa  150  3e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.46 
 
 
258 aa  150  3e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  38.4 
 
 
256 aa  149  4e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
256 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
251 aa  149  4e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.5 
 
 
257 aa  148  8e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.19 
 
 
261 aa  148  8e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.65 
 
 
258 aa  148  8e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.131703  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.4 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
253 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0299033  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.85 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  40.47 
 
 
258 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4276  short chain dehydrogenase  42 
 
 
265 aa  146  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.222257  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.68 
 
 
261 aa  146  3e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0761637  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.61 
 
 
261 aa  146  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0546  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.76 
 
 
258 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00346829 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
255 aa  146  3e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
266 aa  146  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  37.5 
 
 
260 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.29 
 
 
262 aa  145  8.000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.68 
 
 
260 aa  145  8.000000000000001e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0142  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
255 aa  145  8.000000000000001e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.74 
 
 
260 aa  145  9e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.7 
 
 
247 aa  145  9e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  36.47 
 
 
249 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1221  ketoacyl reductase  40.23 
 
 
261 aa  144  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.432142  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.82 
 
 
258 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
257 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
251 aa  144  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.893367  normal  0.273767 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
274 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4032  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
268 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4334  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
268 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.2 
 
 
257 aa  144  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1091  acetoin reductase  35.94 
 
 
268 aa  144  1e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.67 
 
 
285 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
269 aa  144  2e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.86 
 
 
259 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.86 
 
 
259 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3817  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
247 aa  144  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000217117  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.66 
 
 
262 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
246 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.93 
 
 
253 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00870136  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3689  acetoacetyl-CoA reductase  38.31 
 
 
241 aa  143  3e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.94 
 
 
266 aa  143  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.2 
 
 
256 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  39.08 
 
 
254 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.13 
 
 
261 aa  142  4e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
255 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38 
 
 
256 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>