More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2242 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
249 aa  500  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246853  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.88 
 
 
244 aa  314  9e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
266 aa  236  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
260 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.6 
 
 
260 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
264 aa  230  1e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.36 
 
 
254 aa  228  6e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
270 aa  227  2e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_003296  RS02008  oxidoreductase protein  52.8 
 
 
257 aa  222  4e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2681  putative oxidoreductase  51.57 
 
 
253 aa  219  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
264 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796111  normal  0.121922 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.78 
 
 
255 aa  207  1e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.41 
 
 
258 aa  204  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
254 aa  202  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
261 aa  202  5e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.63 
 
 
245 aa  200  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242279  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
253 aa  199  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2183  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.97 
 
 
267 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159949  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  48.62 
 
 
257 aa  198  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
257 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
259 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
249 aa  182  3e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128748  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.72 
 
 
252 aa  159  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.55845  normal  0.496669 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
252 aa  158  8e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
261 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32556  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3283  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.54 
 
 
253 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.84 
 
 
255 aa  155  5.0000000000000005e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
258 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
260 aa  152  4e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000302146 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.74 
 
 
277 aa  151  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.7 
 
 
257 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.16 
 
 
285 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.7 
 
 
257 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.86266  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.97 
 
 
253 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
257 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11580  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.39 
 
 
248 aa  146  2.0000000000000003e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.95 
 
 
258 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2793  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
259 aa  146  3e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0794985  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3736  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.66 
 
 
240 aa  146  3e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.14 
 
 
247 aa  145  4.0000000000000006e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2301  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
240 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00343552  hitchhiker  0.00100829 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.03 
 
 
253 aa  145  5e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00870136  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2571  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.44 
 
 
239 aa  145  5e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0716578  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2860  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.55 
 
 
258 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0187623  normal  0.981149 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.44 
 
 
253 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
264 aa  144  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1221  ketoacyl reductase  36.92 
 
 
261 aa  143  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.432142  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.84 
 
 
256 aa  143  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3067  acetoacetyl-CoA reductase  36.07 
 
 
240 aa  142  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0492  acetoacetyl-CoA reductase  34.84 
 
 
240 aa  142  4e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.73 
 
 
256 aa  142  4e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
272 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.72 
 
 
260 aa  142  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4481  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36 
 
 
265 aa  142  5e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.643643  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.43 
 
 
258 aa  142  7e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3132  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.11 
 
 
258 aa  141  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0908587  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.86 
 
 
261 aa  140  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  36.8 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.86 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.43 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
266 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.87 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4084  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.43 
 
 
262 aa  139  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
261 aa  139  3e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0761637  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3689  acetoacetyl-CoA reductase  35.8 
 
 
241 aa  139  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.95 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.03 
 
 
261 aa  139  3.9999999999999997e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1576  putative D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase (BDH) oxidoreductase protein  36.61 
 
 
260 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
292 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1247  acetoacetyl-CoA reductase  36.21 
 
 
241 aa  138  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
233 aa  139  6e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.27 
 
 
256 aa  139  6e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
292 aa  139  6e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
292 aa  138  7e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
247 aa  138  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.73 
 
 
266 aa  138  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2180  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.39 
 
 
234 aa  138  7.999999999999999e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.76 
 
 
275 aa  138  7.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.2 
 
 
259 aa  138  8.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4364  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.33 
 
 
256 aa  138  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.125066 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
243 aa  138  8.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7613  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.57 
 
 
241 aa  137  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3773  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.04 
 
 
258 aa  137  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
251 aa  137  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1872  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.21 
 
 
241 aa  137  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.105262 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
233 aa  138  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4051  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.04 
 
 
258 aa  137  1e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2467  acetoacetyl-CoA reductase  37.45 
 
 
241 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.109628  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4157  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.04 
 
 
258 aa  137  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.212799  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36 
 
 
259 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.73 
 
 
258 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.54 
 
 
261 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.65 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.1 
 
 
239 aa  136  3.0000000000000003e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3061  acetoacetyl-CoA reductase  34.98 
 
 
241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109458  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2496  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.39 
 
 
235 aa  136  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.65 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.73 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1779  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase, putative  32.93 
 
 
263 aa  136  4e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.695225  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>