More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1510 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
258 aa  510  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.63 
 
 
254 aa  321  8e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.14 
 
 
260 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.14 
 
 
260 aa  320  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.77 
 
 
264 aa  312  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796111  normal  0.121922 
 
 
-
 
NC_003296  RS02008  oxidoreductase protein  67.45 
 
 
257 aa  297  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2183  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.18 
 
 
267 aa  292  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159949  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.18 
 
 
264 aa  291  9e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.4 
 
 
270 aa  284  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.59 
 
 
266 aa  279  3e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.96 
 
 
255 aa  276  2e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.78 
 
 
259 aa  265  4e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  57.75 
 
 
257 aa  259  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.1 
 
 
254 aa  259  3e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.98 
 
 
257 aa  258  7e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2681  putative oxidoreductase  57.26 
 
 
253 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.594459 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
244 aa  232  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.59 
 
 
253 aa  226  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0978902  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
249 aa  220  1.9999999999999999e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128748  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.21 
 
 
245 aa  215  5e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242279  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2242  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.02 
 
 
249 aa  207  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.246853  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.59 
 
 
261 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
252 aa  193  2e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
233 aa  181  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 
257 aa  179  4e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
253 aa  179  4e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
251 aa  179  4e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.49 
 
 
257 aa  178  8e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.256611  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.49 
 
 
257 aa  178  9e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.86266  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
233 aa  177  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.981974  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.67 
 
 
285 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7095  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
252 aa  176  3e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2469  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  42.35 
 
 
261 aa  173  1.9999999999999998e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.61 
 
 
259 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.61 
 
 
259 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
248 aa  173  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
233 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.929403  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
233 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3750  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
233 aa  172  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.8736  normal  0.785854 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2816  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  41.73 
 
 
257 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.7 
 
 
277 aa  171  9e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
247 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.513657  normal  0.265032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.5 
 
 
247 aa  171  1e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
256 aa  169  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.94 
 
 
257 aa  169  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.66 
 
 
276 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3724  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
247 aa  169  4e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  43.14 
 
 
248 aa  168  6e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.66 
 
 
253 aa  168  8e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00870136  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
253 aa  167  1e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4937  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
247 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5025  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
247 aa  168  1e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
246 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.45 
 
 
256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.48 
 
 
256 aa  166  4e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
248 aa  166  5e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000465819 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
247 aa  165  6.9999999999999995e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
246 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
247 aa  163  2.0000000000000002e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.74 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1185  2-hydroxycyclohexanecarboxyl-CoA dehydrogenase  43.4 
 
 
255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.938573 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1051  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.94 
 
 
245 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305162  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.11168  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
246 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
246 aa  162  6e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
246 aa  162  6e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.29 
 
 
246 aa  162  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2140  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.8 
 
 
261 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 
234 aa  162  6e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.283479  normal  0.582134 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1817  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  43.8 
 
 
261 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.181531  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
254 aa  162  6e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.98 
 
 
259 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23650  Acetoacetl-CoA reductase in PHB biosynthesis  39.37 
 
 
247 aa  161  8.000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1221  ketoacyl reductase  40.94 
 
 
261 aa  161  9e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.432142  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 
268 aa  160  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.552464 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.08 
 
 
246 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1342  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.13 
 
 
257 aa  161  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
282 aa  161  1e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40.93 
 
 
259 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2255  acetoacetyl-CoA reductase  40.48 
 
 
240 aa  160  2e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.77 
 
 
258 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.18 
 
 
246 aa  159  4e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1807  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.29 
 
 
261 aa  159  4e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1906  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.19 
 
 
244 aa  159  4e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000158661  hitchhiker  0.0000072353 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1120  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.18 
 
 
249 aa  159  5e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.97 
 
 
258 aa  159  5e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.131703  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1101  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.18 
 
 
258 aa  159  5e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.845922 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
247 aa  159  5e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3941  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.78 
 
 
258 aa  158  6e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4137  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.18 
 
 
258 aa  159  6e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.531787  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.53 
 
 
246 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4500  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.51 
 
 
258 aa  159  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0782266 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4249  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.78 
 
 
258 aa  158  6e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0745  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase NodG  39.76 
 
 
245 aa  159  6e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.451524  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
292 aa  159  6e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>