More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3736 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3736  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  100 
 
 
240 aa  488  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3067  acetoacetyl-CoA reductase  86.25 
 
 
240 aa  429  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0492  acetoacetyl-CoA reductase  84.17 
 
 
240 aa  424  1e-118  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0747  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  74.17 
 
 
240 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.333065  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2402  acetoacetyl-CoA reductase  74.17 
 
 
240 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2027  acetoacetyl-CoA reductase  73.44 
 
 
241 aa  361  5.0000000000000005e-99  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631295  normal  0.210082 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4345  acetoacetyl CoA reductase; poly-beta-hydroxybutyrate biosynthesis  72.2 
 
 
241 aa  351  7e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.322844  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2467  acetoacetyl-CoA reductase  70.83 
 
 
241 aa  350  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.109628  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3375  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  67.78 
 
 
240 aa  347  8e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3821  acetoacetyl-CoA reductase  66.8 
 
 
241 aa  342  4e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2997  acetoacetyl-CoA reductase  67.08 
 
 
241 aa  340  2e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.685049 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3116  acetoacetyl-CoA reductase  72.08 
 
 
241 aa  338  2.9999999999999998e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.937548  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4149  acetoacetyl-CoA reductase  66.67 
 
 
241 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.738636 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0426  acetoacetyl-CoA reductase  65.98 
 
 
241 aa  328  5.0000000000000004e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.346827 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3107  acetoacetyl-CoA reductase  64.29 
 
 
240 aa  319  1.9999999999999998e-86  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1247  acetoacetyl-CoA reductase  64.58 
 
 
241 aa  319  3e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3061  acetoacetyl-CoA reductase  64.58 
 
 
241 aa  316  2e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.109458  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3689  acetoacetyl-CoA reductase  64.44 
 
 
241 aa  313  9.999999999999999e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0508  acetoacetyl-CoA reductase  64.17 
 
 
241 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.448115  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7613  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  64.17 
 
 
241 aa  309  2e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0792782 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5119  acetoacetyl-CoA reductase  63.45 
 
 
242 aa  310  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.28454  normal  0.417051 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0305  acetoacetyl-CoA reductase  64.29 
 
 
241 aa  310  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.108778  normal  0.261711 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0533  acetoacetyl-CoA reductase  62.24 
 
 
241 aa  306  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3470  acetoacetyl-CoA reductase  62.61 
 
 
242 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.887481  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3778  acetoacetyl-CoA reductase  62.61 
 
 
242 aa  306  3e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576302  normal  0.884276 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3668  acetoacetyl-CoA reductase  62.18 
 
 
242 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.814536  normal  0.461474 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0505  acetoacetyl-CoA reductase  63.45 
 
 
241 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0483754 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1574  acetoacetyl-CoA reductase  59 
 
 
241 aa  296  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.50991  normal  0.311491 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5281  acetoacetyl-CoA reductase  62.61 
 
 
242 aa  294  9e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.815871  normal  0.208516 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5916  acetoacetyl-CoA reductase  62.61 
 
 
242 aa  292  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.256521  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4780  acetoacetyl-CoA reductase  62.61 
 
 
242 aa  292  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.125649  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4599  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  58.58 
 
 
240 aa  287  9e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2255  acetoacetyl-CoA reductase  60.67 
 
 
240 aa  287  9e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4092  acetoacetyl-CoA reductase  57.74 
 
 
240 aa  286  2e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0273  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  58.23 
 
 
242 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1330  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  57.32 
 
 
240 aa  280  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3212  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  56.9 
 
 
240 aa  276  2e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1946  acetoacetyl-CoA reductase  56.07 
 
 
242 aa  270  2e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2753  acetoacetyl-CoA reductase  57.81 
 
 
240 aa  269  2.9999999999999997e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2384  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  55.42 
 
 
241 aa  269  2.9999999999999997e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.503632 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4514  acetoacetyl-CoA reductase  55.65 
 
 
241 aa  268  5e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0354  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  53.97 
 
 
240 aa  267  1e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679576  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3065  acetoacetyl-CoA reductase  51.9 
 
 
247 aa  246  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000577101  normal  0.0493909 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1166  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  52.48 
 
 
247 aa  245  4e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0201131  normal  0.113287 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1515  acetoacetyl-CoA reductase  54.77 
 
 
249 aa  238  6.999999999999999e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0732362  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00406  acetoacetyl-CoA reductase  54.55 
 
 
246 aa  237  1e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5756  acetoacetyl-CoA reductase  52.07 
 
 
249 aa  237  1e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.788384  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2750  acetoacetyl-CoA reductase  54.55 
 
 
246 aa  236  2e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.826289  normal  0.454733 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1310  acetoacetyl-CoA reductase  51.65 
 
 
248 aa  232  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.331099  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3123  acetoacetyl-CoA reductase  49.39 
 
 
246 aa  230  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3915  acetoacetyl-CoA reductase  48.98 
 
 
252 aa  227  1e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0544  acetoacetyl-CoA reductase  48.56 
 
 
247 aa  227  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3865  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  49.38 
 
 
277 aa  227  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1333  acetoacetyl-CoA reductase  49.17 
 
 
248 aa  227  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.58717  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1609  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  48.16 
 
 
246 aa  226  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.481338 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1519  acetoacetyl-CoA reductase  50.62 
 
 
247 aa  226  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.004615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2771  acetoacetyl-CoA reductase  48.97 
 
 
264 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6555  acetoacetyl-CoA reductase  50.21 
 
 
247 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.660753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2157  acetoacetyl-CoA reductase  48.97 
 
 
264 aa  226  2e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.722529  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2205  acetoacetyl-CoA reductase  48.36 
 
 
248 aa  226  3e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000734439  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2823  acetoacetyl-CoA reductase  48.97 
 
 
247 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1131  acetoacetyl-CoA reductase  48.96 
 
 
248 aa  224  7e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.735079  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2690  acetoacetyl-CoA reductase  48.56 
 
 
247 aa  224  9e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0685514  normal  0.204101 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1025  acetoacetyl-CoA reductase  49.59 
 
 
248 aa  224  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0631  acetoacetyl-CoA reductase  47.56 
 
 
246 aa  223  2e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6018  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  48.15 
 
 
247 aa  222  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1845  acetyacetyl-CoA reductase  49.37 
 
 
246 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.142964 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3122  acetoacetyl-CoA reductase  49.79 
 
 
246 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.868541  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5123  acetoacetyl-CoA reductase  46.5 
 
 
248 aa  220  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1914  acetyacetyl-CoA reductase  49.37 
 
 
246 aa  218  5e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.263338  normal  0.044907 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4127  acetoacetyl-CoA reductase  47.74 
 
 
247 aa  218  6e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2422  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
271 aa  218  7e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2341  acetyacetyl-CoA reductase  48.12 
 
 
246 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.25299  normal  0.0840076 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2486  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  47.93 
 
 
248 aa  218  8.999999999999998e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.38654  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2625  acetoacetyl-CoA reductase  47.74 
 
 
248 aa  217  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1485  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  217  1e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.050583  normal  0.0314041 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1349  acetyacetyl-CoA reductase  47.7 
 
 
246 aa  216  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.640594  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4545  acetoacetyl-CoA reductase  46.25 
 
 
248 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00570408 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1358  acetyacetyl-CoA reductase  47.28 
 
 
246 aa  216  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4412  acetoacetyl-CoA reductase  46.25 
 
 
248 aa  217  2e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.785302 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1585  acetyacetyl-CoA reductase  48.54 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.633023  normal  0.0323128 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0181  acetoacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0243891 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1813  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.486438 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6290  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1700  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1727  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.337687  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1789  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1320  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0653328  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1809  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0410945  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2329  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
248 aa  215  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0663628  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2164  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  215  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.456725  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1080  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.597092  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0087  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  215  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2201  acetyacetyl-CoA reductase  48.95 
 
 
246 aa  215  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0378854  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0971  acetyacetyl-CoA reductase  48.54 
 
 
246 aa  216  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.438237  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5090  acetyacetyl-CoA reductase  48.54 
 
 
246 aa  215  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.682377  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0461  acetoacetyl-CoA reductase  47.72 
 
 
248 aa  215  5e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.957228  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5895  acetoacetyl-CoA reductase  47.72 
 
 
248 aa  214  7e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.210588 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2257  acetyacetyl-CoA reductase  48.54 
 
 
260 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0153797  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2601  acetoacetyl-CoA reductase  46.89 
 
 
248 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>