More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2029 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2029  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
265 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3522  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.57 
 
 
265 aa  381  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.284678  normal  0.417137 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46890  putative short-chain dehydrogenase  62.88 
 
 
264 aa  333  1e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000947706 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4076  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.6 
 
 
264 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142044  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.2 
 
 
264 aa  322  3e-87  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.36792  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4504  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.61 
 
 
264 aa  317  1e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.371562  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4040  putative short-chain dehydrogenase  62.12 
 
 
264 aa  311  9e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.71 
 
 
264 aa  308  5e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.90584  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1399  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.85 
 
 
264 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.753199  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0132  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.85 
 
 
264 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.383327  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0516  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.85 
 
 
264 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1482  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.85 
 
 
264 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2852  putative short-chain dehydrogenase/reductase  54.17 
 
 
264 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1069  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.47 
 
 
264 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.304353  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0986  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.47 
 
 
264 aa  302  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.99 
 
 
263 aa  301  9e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2301  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  59.47 
 
 
264 aa  301  9e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.23 
 
 
264 aa  301  9e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.461844 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.85 
 
 
264 aa  300  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
264 aa  299  2e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.126254 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1694  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  57.95 
 
 
341 aa  298  6e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.636471  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.55 
 
 
264 aa  298  6e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.53126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5043  putative short-chain dehydrogenase  53.41 
 
 
264 aa  298  8e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.239817  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.08 
 
 
264 aa  297  1e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0585429 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.79 
 
 
264 aa  297  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.75 
 
 
263 aa  296  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.622858  normal  0.939609 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2321  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.79 
 
 
264 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0737567  normal  0.413876 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4319  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.44 
 
 
264 aa  293  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.070024  normal  0.514561 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.92 
 
 
264 aa  294  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000274382 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1733  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.95 
 
 
264 aa  293  3e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.23 
 
 
264 aa  289  4e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.82 
 
 
264 aa  288  9e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.643515  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.82 
 
 
264 aa  288  9e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.665847 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.82 
 
 
264 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.804002 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.65 
 
 
264 aa  285  4e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0734919  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.58 
 
 
265 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.75 
 
 
264 aa  281  6.000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.31 
 
 
263 aa  279  4e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0549693 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1831  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.99 
 
 
263 aa  278  5e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.144815  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.92 
 
 
263 aa  278  5e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.978544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3784  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.82 
 
 
264 aa  277  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0333055  hitchhiker  0.00262398 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.52 
 
 
263 aa  277  2e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.299439 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.39 
 
 
264 aa  271  7e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0782028  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2852  putative oxidoreductase protein  51.15 
 
 
264 aa  267  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.91402  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.29 
 
 
262 aa  266  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1425  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  46.77 
 
 
264 aa  265  5e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.200341  normal  0.111213 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.15 
 
 
278 aa  262  3e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.76 
 
 
262 aa  263  3e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280477 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.31 
 
 
263 aa  262  4e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.35539  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5753  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
264 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.83567  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.91 
 
 
263 aa  260  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6757  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.24 
 
 
264 aa  259  3e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.76 
 
 
265 aa  256  2e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.17 
 
 
263 aa  255  4e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.188706  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.85 
 
 
262 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3138  oxidoreductase protein  51.91 
 
 
262 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
279 aa  251  6e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.528126  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0924  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.38 
 
 
265 aa  248  8e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.434942 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
264 aa  247  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367589  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.11 
 
 
263 aa  246  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 
264 aa  245  6e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.53 
 
 
264 aa  243  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.43 
 
 
264 aa  240  2e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.221391  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14190  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  49.25 
 
 
264 aa  236  4e-61  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.785349  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.35 
 
 
263 aa  233  2.0000000000000002e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.192712  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3188  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.97 
 
 
264 aa  233  3e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3440  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.97 
 
 
264 aa  233  3e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3169  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.59 
 
 
264 aa  229  2e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000352781  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2060  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.62 
 
 
264 aa  230  2e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.719452  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3407  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  42.59 
 
 
264 aa  228  6e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3420  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  42.59 
 
 
264 aa  228  8e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.638189  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3090  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.21 
 
 
264 aa  226  3e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0951235  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12520  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  47.91 
 
 
263 aa  223  2e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
259 aa  224  2e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.882339 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
259 aa  219  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.214725  hitchhiker  0.00511053 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.51 
 
 
262 aa  218  6e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000526189  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
264 aa  216  2e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000288198  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
260 aa  195  6e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00860975  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5113  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.34 
 
 
187 aa  175  8e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
266 aa  152  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.798057  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
263 aa  148  7e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0501605 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.83 
 
 
268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
265 aa  143  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.542454 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
266 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.30636 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
266 aa  134  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.471953 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.99 
 
 
268 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.62458 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
279 aa  129  7.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.270996  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3257  putative 3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  32.18 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0566153  normal  0.418945 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
257 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4447  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
268 aa  122  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
268 aa  122  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1769  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.09 
 
 
245 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 
263 aa  119  6e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1051  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.87 
 
 
245 aa  119  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.305162  normal  0.0955164 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
262 aa  117  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1273  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.355177  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.460679  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.32 
 
 
294 aa  117  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>