More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3215 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
238 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000415229  normal  0.0198269 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2507  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  98.74 
 
 
238 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.65 
 
 
238 aa  332  5e-90  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2089  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.65 
 
 
238 aa  295  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.425137  normal  0.30388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.09 
 
 
239 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.712696  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.5 
 
 
233 aa  262  3e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.143238  normal  0.918847 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
231 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.9 
 
 
229 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 
230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1617  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
229 aa  117  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2391  oxidoreductase-like  36.11 
 
 
206 aa  102  4e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.569722  hitchhiker  0.00384612 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.94 
 
 
244 aa  72.4  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.46714  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 
235 aa  72.4  0.000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
238 aa  71.2  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
281 aa  69.3  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
535 aa  68.6  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.61705 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.42 
 
 
259 aa  67.8  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0536617  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.88 
 
 
275 aa  67.4  0.0000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.16 
 
 
268 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.91 
 
 
228 aa  66.2  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.164626 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.72 
 
 
239 aa  65.1  0.0000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.8 
 
 
268 aa  64.7  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.86 
 
 
238 aa  64.7  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.57 
 
 
266 aa  63.9  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.69 
 
 
240 aa  63.5  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  28.26 
 
 
219 aa  63.2  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.04 
 
 
272 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.605078  normal  0.514892 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.1 
 
 
266 aa  62.4  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
242 aa  62  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
242 aa  62  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
242 aa  62  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
242 aa  62  0.000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
242 aa  62  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4217  2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase  31.52 
 
 
268 aa  62  0.000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
239 aa  62  0.000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.02 
 
 
238 aa  61.6  0.000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
239 aa  62  0.000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
239 aa  62  0.000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.42 
 
 
256 aa  61.6  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.936397  normal  0.224474 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
239 aa  62  0.000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2711  short chain dehydrogenase  30.65 
 
 
268 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.75 
 
 
239 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
233 aa  61.2  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1164  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.14 
 
 
238 aa  61.2  0.00000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.581079 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.76 
 
 
241 aa  61.6  0.00000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3041  short chain dehydrogenase  30.3 
 
 
268 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.631041  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.05 
 
 
262 aa  59.7  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.66 
 
 
223 aa  59.7  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21780  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.27 
 
 
242 aa  59.3  0.00000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.38 
 
 
286 aa  59.3  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.252629  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.2 
 
 
213 aa  59.3  0.00000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3934  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 
261 aa  59.3  0.00000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0703421 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.34 
 
 
248 aa  58.9  0.00000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2026  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.11 
 
 
227 aa  58.5  0.00000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.293852 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1671  Short-chain alcohol dehydrogenase  24.17 
 
 
260 aa  58.2  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.321944  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06941  short-chain dehydrogenase/reductase  25.62 
 
 
237 aa  58.2  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.492424  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.26 
 
 
279 aa  57.8  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_006680  CNK02860  2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH), putative  24.78 
 
 
273 aa  57.8  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.41 
 
 
248 aa  57  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.31881  normal  0.311726 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.8 
 
 
234 aa  57  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.06 
 
 
242 aa  57  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  26.52 
 
 
221 aa  57.4  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2074  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.39 
 
 
238 aa  57.4  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2307  short chain dehydrogenase  32.31 
 
 
253 aa  57  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2037  short chain dehydrogenase  32.14 
 
 
253 aa  56.6  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.317524  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3352  short chain dehydrogenase  33 
 
 
262 aa  57  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.589811  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.33 
 
 
223 aa  57  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.209414  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1926  short chain dehydrogenase  32.31 
 
 
253 aa  57  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.641553  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0854  short chain dehydrogenase  33.52 
 
 
225 aa  57  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0159157 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.46 
 
 
257 aa  57  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0818  short chain dehydrogenase  28.5 
 
 
242 aa  56.6  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10030  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  26.69 
 
 
250 aa  56.6  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.21 
 
 
273 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.27 
 
 
251 aa  56.2  0.0000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  25.23 
 
 
251 aa  56.6  0.0000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18610  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
263 aa  56.2  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.56588  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.94 
 
 
253 aa  56.2  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15900  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.34 
 
 
241 aa  56.2  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.166031  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.34 
 
 
269 aa  56.2  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3311  short chain dehydrogenase  30.15 
 
 
268 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0701949  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.48 
 
 
242 aa  55.8  0.0000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.88 
 
 
230 aa  56.2  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4202  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.56 
 
 
344 aa  55.8  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.75 
 
 
250 aa  55.8  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.13 
 
 
248 aa  55.8  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245208  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1769  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.98 
 
 
245 aa  55.8  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.56 
 
 
256 aa  55.5  0.0000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.227726  hitchhiker  0.00265893 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2571  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  26.47 
 
 
239 aa  55.5  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0716578  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  27.72 
 
 
268 aa  55.5  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
239 aa  55.5  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3021  short chain dehydrogenase  29.15 
 
 
268 aa  55.5  0.0000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  25.53 
 
 
221 aa  55.5  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.67 
 
 
269 aa  55.5  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.98 
 
 
257 aa  55.1  0.0000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0072  short-chain dehydrogenase/reductase  25.21 
 
 
237 aa  54.7  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2263  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.07 
 
 
249 aa  54.7  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412485  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5627  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.56 
 
 
282 aa  54.7  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.193827 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.95 
 
 
256 aa  54.7  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.65 
 
 
239 aa  54.7  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
265 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>