More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3934 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3934  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
261 aa  508  1e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0703421 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.29 
 
 
293 aa  336  1.9999999999999998e-91  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.663558  normal  0.058004 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
280 aa  196  5.000000000000001e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.64 
 
 
254 aa  187  2e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
227 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0180181  normal  0.277757 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1729  short chain dehydrogenase  39.06 
 
 
227 aa  123  4e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
245 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6051  short chain dehydrogenase  38.79 
 
 
221 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0202908  normal  0.993323 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0854  short chain dehydrogenase  38.63 
 
 
225 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0159157 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
225 aa  113  3e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0974  short chain dehydrogenase  37.29 
 
 
230 aa  110  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0177058  normal  0.671199 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
251 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39280  short chain dehydrogenase  39.5 
 
 
230 aa  109  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7025  short chain dehydrogenase  39.66 
 
 
229 aa  109  6e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 
242 aa  108  7.000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.03 
 
 
240 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00293136  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.94 
 
 
246 aa  106  4e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.63 
 
 
230 aa  105  8e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
249 aa  104  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.48 
 
 
246 aa  104  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.44 
 
 
232 aa  104  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.91873  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
258 aa  103  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
238 aa  103  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 
233 aa  103  3e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5631  putative short-chain dehydrogenase  29.88 
 
 
253 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  32.11 
 
 
247 aa  103  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
260 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
248 aa  103  3e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64840  putative short-chain dehydrogenase  29.88 
 
 
253 aa  102  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000142595  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.11 
 
 
241 aa  101  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.116852  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
252 aa  101  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
247 aa  101  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
281 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
272 aa  101  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25540  short-chain alcohol dehydrogenase  35.43 
 
 
255 aa  101  1e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.67 
 
 
254 aa  100  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
261 aa  97.1  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
261 aa  97.4  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0122  oxidoreductase  29.67 
 
 
253 aa  97.4  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.49595  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00230  short-chain alcohol dehydrogenase  40.43 
 
 
223 aa  97.4  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0397  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
254 aa  97.8  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00949223 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
245 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
249 aa  96.7  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.731962 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 
250 aa  95.9  6e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.241835 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
252 aa  95.9  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0691773  normal  0.0221679 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.62 
 
 
231 aa  95.5  7e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.484115 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.27 
 
 
271 aa  95.5  8e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
249 aa  95.1  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4285  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.38 
 
 
249 aa  95.1  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4862  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.29 
 
 
254 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000522303  unclonable  0.000000385865 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 
254 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000261149  unclonable  0.000000000503217 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.7 
 
 
267 aa  94.7  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  30.36 
 
 
246 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3589  hypothetical protein  30.96 
 
 
242 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00166037  normal  0.283325 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
250 aa  95.1  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
239 aa  94.7  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4914  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  29.46 
 
 
254 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 
255 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155421  hitchhiker  0.00000000000159857 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09940  short-chain alcohol dehydrogenase  32.03 
 
 
264 aa  94  2e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.920602  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.09 
 
 
248 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
247 aa  94  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 
250 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
267 aa  93.2  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.71 
 
 
248 aa  93.6  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
245 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00179  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G11240)  32.99 
 
 
313 aa  93.2  4e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.983253  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0557  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
254 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000797066  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003017  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  32.84 
 
 
248 aa  93.2  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00557089  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 
273 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0602  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
254 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0114024  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
248 aa  92.8  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.96 
 
 
238 aa  92.8  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2396  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
321 aa  92.8  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.13478  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4387  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
247 aa  92.4  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
255 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000309791  hitchhiker  0.00252207 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  34 
 
 
286 aa  92.4  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00618  conserved hypothetical protein  32.49 
 
 
268 aa  92.4  7e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.767704 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3415  short chain dehydrogenase  36.76 
 
 
268 aa  92.4  7e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.560569  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.86 
 
 
244 aa  92  8e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.88 
 
 
275 aa  92  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
254 aa  92  8e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
254 aa  91.3  1e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
281 aa  91.3  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0554  ribitol 2-dehydrogenase  29.39 
 
 
241 aa  91.3  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.39 
 
 
248 aa  91.7  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.31881  normal  0.311726 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
254 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.7 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.772329 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3917  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.54 
 
 
260 aa  91.3  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.283072  normal  0.0412818 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
250 aa  90.5  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.908331 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.7 
 
 
255 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.746696  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02915  serine 3-dehydrogenase  31.71 
 
 
251 aa  90.9  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
261 aa  90.9  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.197864  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0955  short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  35.54 
 
 
245 aa  91.3  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.7 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal  0.189586 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.13 
 
 
255 aa  90.9  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 
258 aa  90.5  3e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
249 aa  90.1  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>