More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_3908 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
272 aa  531  1e-150  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  76.84 
 
 
272 aa  393  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1302  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.2 
 
 
258 aa  245  4.9999999999999997e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.12307  hitchhiker  0.00977234 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.57 
 
 
260 aa  217  2e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
244 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000123251 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
258 aa  149  6e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.703839 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  39.15 
 
 
275 aa  143  3e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  35.9 
 
 
272 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
338 aa  141  9.999999999999999e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  40.5 
 
 
283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
252 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
317 aa  139  7e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  36.7 
 
 
344 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.05 
 
 
266 aa  137  2e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
268 aa  136  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3727  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
258 aa  135  5e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.358068  hitchhiker  0.00171141 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 
264 aa  135  8e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.18 
 
 
314 aa  134  9.999999999999999e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
272 aa  134  9.999999999999999e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  41.53 
 
 
274 aa  134  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
273 aa  134  1.9999999999999998e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11068  oxidoreductase  43.24 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.205536 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 
248 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  40.86 
 
 
282 aa  133  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
277 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
282 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
288 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  42.41 
 
 
303 aa  132  7.999999999999999e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.81 
 
 
244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  39.21 
 
 
271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4667  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
234 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  38.04 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  41.49 
 
 
286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1418  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.47 
 
 
334 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000382267 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  39.59 
 
 
279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 
272 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
233 aa  130  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
267 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
305 aa  130  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.623354  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.12 
 
 
230 aa  129  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 
272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333155 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
276 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
238 aa  129  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 
248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  45.41 
 
 
278 aa  129  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.25 
 
 
264 aa  129  6e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.132419  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 
256 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
282 aa  128  8.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
280 aa  128  8.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.16 
 
 
276 aa  128  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.39 
 
 
244 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2188  thiamine pyrophosphate protein central region  40.46 
 
 
847 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.941679 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3735  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 
281 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  38.59 
 
 
283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  37.36 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2139  short chain dehydrogenase  40.84 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.980351 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1902  short chain dehydrogenase  32.28 
 
 
269 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0327948  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  39.78 
 
 
280 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 
269 aa  127  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.91 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
272 aa  126  5e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.12 
 
 
285 aa  125  6e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
238 aa  125  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12680  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
278 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.24 
 
 
253 aa  125  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.38 
 
 
270 aa  125  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3889  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.59 
 
 
264 aa  125  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.674087  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
271 aa  125  7e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5076  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
339 aa  125  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.5503 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
248 aa  125  7e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.43 
 
 
267 aa  125  8.000000000000001e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
281 aa  125  9e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  38.59 
 
 
283 aa  125  1e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.79 
 
 
279 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.02 
 
 
257 aa  124  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.58 
 
 
272 aa  124  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.78 
 
 
253 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
271 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.89 
 
 
275 aa  124  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.91 
 
 
265 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.162957 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
276 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
291 aa  124  1e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  41.18 
 
 
268 aa  124  1e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4228  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.85 
 
 
254 aa  124  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.47 
 
 
278 aa  124  2e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
280 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4299  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
291 aa  123  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.56 
 
 
249 aa  124  2e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
269 aa  124  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  36.81 
 
 
284 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
282 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.556145  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>