More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0676 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  502  1e-141  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.48 
 
 
255 aa  287  1e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.42 
 
 
252 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  49.41 
 
 
247 aa  229  3e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
259 aa  209  4e-53  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.83 
 
 
249 aa  206  3e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.09 
 
 
254 aa  192  4e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.41 
 
 
248 aa  191  7e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
246 aa  190  2e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
247 aa  185  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
252 aa  181  9.000000000000001e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8710  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  50.78 
 
 
258 aa  179  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
248 aa  179  2.9999999999999997e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
264 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
242 aa  175  6e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  39.13 
 
 
252 aa  175  7e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
253 aa  171  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
261 aa  171  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
252 aa  168  7e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
248 aa  165  5.9999999999999996e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
267 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  41.25 
 
 
246 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
245 aa  160  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.87 
 
 
247 aa  160  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
246 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
244 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.84 
 
 
317 aa  159  3e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
246 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
246 aa  158  8e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
246 aa  158  9e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.59 
 
 
244 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
240 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
254 aa  156  3e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
244 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
249 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
244 aa  155  8e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  34 
 
 
257 aa  154  9e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  34 
 
 
257 aa  154  1e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00179  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G11240)  37.5 
 
 
313 aa  154  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.983253  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
245 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
244 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
244 aa  152  7e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  35.6 
 
 
247 aa  152  7e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
245 aa  151  8e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
246 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  36.9 
 
 
245 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
248 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.96 
 
 
230 aa  149  3e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
238 aa  149  4e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
231 aa  149  4e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
231 aa  149  4e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
258 aa  148  8e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
241 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.34 
 
 
241 aa  147  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
237 aa  147  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.68 
 
 
239 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
254 aa  146  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
256 aa  146  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5631  putative short-chain dehydrogenase  38.21 
 
 
253 aa  145  5e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
244 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
244 aa  145  6e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  37.6 
 
 
1270 aa  144  1e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  38.11 
 
 
239 aa  144  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  37.3 
 
 
239 aa  144  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.29 
 
 
238 aa  144  1e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.21 
 
 
252 aa  143  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
248 aa  143  2e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
250 aa  143  3e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
257 aa  142  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
245 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64840  putative short-chain dehydrogenase  36.99 
 
 
253 aa  142  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000142595  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1991  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
242 aa  142  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.82 
 
 
247 aa  141  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00618  conserved hypothetical protein  35.5 
 
 
268 aa  141  9.999999999999999e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.767704 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.03 
 
 
233 aa  140  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0602  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0114024  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3704  ribitol 2-dehydrogenase  35.74 
 
 
242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0194179  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  33.07 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
230 aa  140  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
244 aa  139  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  34.65 
 
 
255 aa  139  3e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
249 aa  139  3e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
242 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.432228  normal  0.172145 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6256  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.88898  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
252 aa  139  4.999999999999999e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
248 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.04 
 
 
239 aa  137  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.6 
 
 
257 aa  137  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0955  short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  39.02 
 
 
245 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
247 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2582  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
248 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445367  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.68 
 
 
258 aa  137  1e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3894  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
248 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  34.02 
 
 
252 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
248 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
248 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.295991  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>