More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4316 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
267 aa  528  1e-149  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.55 
 
 
258 aa  335  7e-91  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
261 aa  253  3e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
249 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
248 aa  175  5e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.35089 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.4 
 
 
254 aa  167  1e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.56 
 
 
252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  39.27 
 
 
247 aa  158  9e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
246 aa  155  7e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
248 aa  154  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.36 
 
 
244 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  36.99 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
242 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
244 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
244 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
231 aa  148  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
231 aa  148  1.0000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
259 aa  145  9e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  36.4 
 
 
1270 aa  144  2e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
249 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
264 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
252 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
247 aa  142  7e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
255 aa  140  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.92 
 
 
251 aa  141  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
247 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.55 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  35.89 
 
 
252 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
254 aa  139  4.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
256 aa  138  8.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565969  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
252 aa  137  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
247 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  36.73 
 
 
239 aa  136  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.66 
 
 
243 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
240 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.07 
 
 
239 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
248 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
247 aa  133  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  35.1 
 
 
239 aa  133  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
256 aa  133  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292404 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
240 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
243 aa  132  5e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  36.25 
 
 
246 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4862  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.3 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000522303  unclonable  0.000000385865 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000261149  unclonable  0.000000000503217 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000309791  hitchhiker  0.00252207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155421  hitchhiker  0.00000000000159857 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
245 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
253 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3138  short chain dehydrogenase  33.75 
 
 
260 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0721208  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
243 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0971  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.29 
 
 
248 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
252 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
258 aa  130  3e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3699  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.321093  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.138701 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
246 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.37 
 
 
230 aa  127  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2067  short chain dehydrogenase  32.22 
 
 
260 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0224014 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.94 
 
 
258 aa  127  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
246 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10492  short-chain type oxidoreductase  40 
 
 
251 aa  126  3e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3288  short chain dehydrogenase  34.58 
 
 
260 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0233742  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
254 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
241 aa  126  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0557  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
254 aa  125  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000797066  normal  0.366163 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
317 aa  126  5e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  34.41 
 
 
247 aa  125  5e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
241 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0802  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
259 aa  125  8.000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3982  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
260 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  32.92 
 
 
260 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 
259 aa  125  9e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  33.06 
 
 
252 aa  124  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.67 
 
 
247 aa  124  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
249 aa  124  2e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1263  short chain dehydrogenase  33.18 
 
 
270 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3017  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
260 aa  123  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
246 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
244 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
254 aa  123  3e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2127  Serine 3-dehydrogenase  36.44 
 
 
255 aa  123  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.247906  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
254 aa  123  3e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
252 aa  123  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0602  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
254 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0114024  normal  0.546802 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  33.64 
 
 
261 aa  123  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
237 aa  122  5e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
250 aa  122  6e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.241835 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  35.54 
 
 
245 aa  122  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
248 aa  122  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
245 aa  122  8e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
239 aa  122  8e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
254 aa  122  8e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00671569  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>