More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3264 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
243 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.138701 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.21 
 
 
241 aa  351  7e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.15 
 
 
246 aa  340  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.94 
 
 
243 aa  334  9e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  65.7 
 
 
243 aa  331  7.000000000000001e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.29 
 
 
243 aa  324  8.000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.67 
 
 
239 aa  322  4e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.14 
 
 
239 aa  311  3.9999999999999997e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  63.29 
 
 
239 aa  311  5.999999999999999e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  62.87 
 
 
239 aa  308  6.999999999999999e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  62.03 
 
 
239 aa  304  8.000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.29 
 
 
239 aa  300  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  57.81 
 
 
239 aa  276  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1571  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  50.42 
 
 
243 aa  248  4e-65  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.16 
 
 
241 aa  243  1.9999999999999999e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0250  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.54 
 
 
240 aa  217  2e-55  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.183431  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0256  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.41 
 
 
239 aa  214  7e-55  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
242 aa  214  9.999999999999999e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.162516  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
248 aa  176  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.5 
 
 
248 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
252 aa  162  6e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  42.74 
 
 
246 aa  160  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
253 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
247 aa  159  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
240 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
244 aa  155  7e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
252 aa  154  9e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
246 aa  154  9e-37  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  39.27 
 
 
252 aa  153  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
244 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
247 aa  153  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
244 aa  152  4e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
264 aa  152  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
246 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 
254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
249 aa  151  8e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
244 aa  150  1e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.14 
 
 
237 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
244 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  38.06 
 
 
255 aa  149  3e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
244 aa  149  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.27 
 
 
317 aa  149  4e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  38.68 
 
 
247 aa  149  5e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
246 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
246 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
259 aa  148  6e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
248 aa  148  9e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
247 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
267 aa  146  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
261 aa  145  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
252 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.44 
 
 
245 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
249 aa  142  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  35.89 
 
 
258 aa  142  6e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  36.55 
 
 
1367 aa  139  3e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.42 
 
 
247 aa  139  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
255 aa  139  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
242 aa  139  3.9999999999999997e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.48 
 
 
258 aa  139  4.999999999999999e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.66 
 
 
279 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
256 aa  137  1e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
245 aa  136  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8710  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  41.8 
 
 
258 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.92 
 
 
253 aa  135  4e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
244 aa  135  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
252 aa  136  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
245 aa  135  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  43.39 
 
 
286 aa  135  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.93 
 
 
253 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.8 
 
 
280 aa  134  9e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  36.17 
 
 
1270 aa  134  9.999999999999999e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
257 aa  134  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.81 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
231 aa  134  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
231 aa  134  9.999999999999999e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
247 aa  132  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
247 aa  132  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
255 aa  132  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
246 aa  132  5e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
246 aa  132  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  33.47 
 
 
257 aa  131  7.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  33.47 
 
 
257 aa  130  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.07 
 
 
246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.18 
 
 
246 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
244 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0943  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.79 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
249 aa  130  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
250 aa  129  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
251 aa  129  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
257 aa  129  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
272 aa  129  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
267 aa  129  4.0000000000000003e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  37.24 
 
 
286 aa  129  6e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
258 aa  128  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 
233 aa  127  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
223 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.209414  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>