More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2896 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
240 aa  485  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.13 
 
 
244 aa  352  4e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.43 
 
 
246 aa  348  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.75 
 
 
244 aa  343  1e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.13 
 
 
245 aa  329  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.11 
 
 
244 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.11 
 
 
244 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.87 
 
 
245 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.45 
 
 
244 aa  308  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.11 
 
 
247 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.87 
 
 
244 aa  306  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.87 
 
 
244 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.71 
 
 
245 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.82 
 
 
244 aa  298  5e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.82 
 
 
240 aa  276  2e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  58.82 
 
 
245 aa  271  6e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.59 
 
 
247 aa  259  2e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.59 
 
 
247 aa  259  2e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.59 
 
 
247 aa  259  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.63 
 
 
255 aa  256  2e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.78 
 
 
248 aa  255  4e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.92 
 
 
248 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.33 
 
 
252 aa  253  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.7 
 
 
237 aa  252  5.000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.72 
 
 
252 aa  244  6.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
247 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
264 aa  238  9e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  48.55 
 
 
252 aa  237  1e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
247 aa  233  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.63 
 
 
253 aa  231  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.06 
 
 
246 aa  224  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  49.79 
 
 
246 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
245 aa  220  1.9999999999999999e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.68 
 
 
246 aa  214  8e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.8 
 
 
246 aa  213  9.999999999999999e-55  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  45.08 
 
 
255 aa  214  9.999999999999999e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.92 
 
 
317 aa  210  1e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.79 
 
 
245 aa  209  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.32 
 
 
246 aa  209  3e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 
247 aa  204  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  46.89 
 
 
239 aa  203  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.05 
 
 
246 aa  202  5e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.31 
 
 
250 aa  199  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.11 
 
 
248 aa  199  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  44.81 
 
 
239 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  44.58 
 
 
247 aa  196  3e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.74 
 
 
239 aa  192  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
248 aa  192  3e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
246 aa  192  3e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.12 
 
 
246 aa  192  3e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
246 aa  181  7e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.35 
 
 
184 aa  179  4.999999999999999e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000317715  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
243 aa  176  3e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.17 
 
 
239 aa  172  2.9999999999999996e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.34 
 
 
243 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.28 
 
 
249 aa  172  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.08 
 
 
239 aa  170  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
249 aa  169  4e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
241 aa  168  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  41.98 
 
 
247 aa  164  8e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
256 aa  164  1.0000000000000001e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
259 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
239 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
257 aa  163  3e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  37.7 
 
 
1270 aa  162  6e-39  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0250  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.51 
 
 
240 aa  161  7e-39  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.183431  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
246 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
252 aa  159  3e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
254 aa  158  9e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 
231 aa  158  9e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.24 
 
 
231 aa  158  9e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.75 
 
 
261 aa  157  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
261 aa  157  2e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  38.17 
 
 
257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.15 
 
 
242 aa  155  6e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  38.17 
 
 
257 aa  155  7e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.98 
 
 
230 aa  155  8e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 
261 aa  153  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06330  oxidoreductase  36.82 
 
 
243 aa  152  2.9999999999999998e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.646831  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
258 aa  151  8e-36  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
257 aa  151  1e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
242 aa  149  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.162516  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.02 
 
 
258 aa  149  4e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  36.69 
 
 
1367 aa  146  3e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.48 
 
 
253 aa  144  1e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.89 
 
 
250 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
258 aa  142  5e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
241 aa  141  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
255 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
243 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.138701 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 
261 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
252 aa  139  6e-32  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
250 aa  137  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
254 aa  136  2e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
254 aa  135  5e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
267 aa  135  5e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.89 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>