More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2461 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
242 aa  500  1e-141  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.162516  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  48.1 
 
 
239 aa  236  2e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.84 
 
 
241 aa  232  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.22 
 
 
243 aa  232  5e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.26 
 
 
243 aa  231  8.000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  47.68 
 
 
239 aa  230  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  46.41 
 
 
239 aa  227  1e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 
243 aa  226  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.9 
 
 
241 aa  218  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.57 
 
 
239 aa  214  9e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.3 
 
 
239 aa  211  9e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.46 
 
 
239 aa  209  4e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.92 
 
 
239 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0250  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.83 
 
 
240 aa  206  4e-52  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.183431  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0256  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.66 
 
 
239 aa  205  5e-52  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
246 aa  201  6e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1571  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  40.59 
 
 
243 aa  201  6e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
243 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.138701 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
248 aa  161  1e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
248 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
244 aa  150  2e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  39 
 
 
246 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
240 aa  149  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
252 aa  146  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.54 
 
 
244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
256 aa  146  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
245 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
240 aa  144  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 
246 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
264 aa  142  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
254 aa  141  9e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
246 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
248 aa  139  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 
253 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
246 aa  138  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.14 
 
 
245 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.18 
 
 
250 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  37.82 
 
 
245 aa  137  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0977  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  33.2 
 
 
248 aa  137  1e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.616956  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
252 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  36.07 
 
 
257 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  36.07 
 
 
257 aa  136  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.92 
 
 
250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  35.22 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
253 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.89 
 
 
244 aa  136  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
246 aa  135  4e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
257 aa  135  4e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
247 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.13 
 
 
237 aa  135  8e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
242 aa  132  3.9999999999999996e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
317 aa  132  5e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
244 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
244 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  32.38 
 
 
252 aa  132  6e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
244 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02915  serine 3-dehydrogenase  34.16 
 
 
251 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
249 aa  130  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
271 aa  129  6e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2127  Serine 3-dehydrogenase  34.57 
 
 
255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.247906  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.37 
 
 
249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0278  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
250 aa  127  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.241835 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
246 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  33.47 
 
 
255 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.17 
 
 
248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
230 aa  126  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0122  oxidoreductase  34.16 
 
 
253 aa  126  3e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.49595  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
244 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1418  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.66 
 
 
248 aa  124  1e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000653973  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
253 aa  124  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0197  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.69 
 
 
254 aa  123  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.5 
 
 
272 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
246 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.77 
 
 
246 aa  123  3e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
226 aa  123  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00421455  normal  0.304991 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
252 aa  122  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
251 aa  122  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
267 aa  122  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
254 aa  122  5e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
251 aa  122  6e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
256 aa  122  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00292404 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 
254 aa  121  9e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0796  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.13 
 
 
281 aa  121  9e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.35999 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
280 aa  121  9e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.92 
 
 
250 aa  120  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
247 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.17 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
249 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  35.29 
 
 
280 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
267 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.110488 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2536  short chain dehydrogenase  31.38 
 
 
241 aa  119  6e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  35.48 
 
 
286 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>