More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4325 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
241 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  77.73 
 
 
246 aa  371  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.75 
 
 
239 aa  351  4e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  68.91 
 
 
239 aa  348  3e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  66.95 
 
 
243 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  66.39 
 
 
239 aa  337  9.999999999999999e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.21 
 
 
243 aa  335  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.138701 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.53 
 
 
243 aa  335  2.9999999999999997e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.83 
 
 
243 aa  330  9e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.13 
 
 
239 aa  318  6e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.87 
 
 
239 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  61.76 
 
 
239 aa  307  8e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.29 
 
 
239 aa  301  5.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1571  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  53.5 
 
 
243 aa  279  3e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.49 
 
 
241 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.9 
 
 
242 aa  231  8.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.162516  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0250  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  45.57 
 
 
240 aa  222  4.9999999999999996e-57  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.183431  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0256  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.64 
 
 
239 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.04 
 
 
248 aa  201  8e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
240 aa  176  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
248 aa  175  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
244 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
252 aa  173  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  45.11 
 
 
246 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
247 aa  171  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
252 aa  171  9e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.46 
 
 
253 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
246 aa  170  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
249 aa  169  3e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
244 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  41.43 
 
 
252 aa  167  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
252 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
248 aa  164  8e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 
246 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
264 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
246 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.18 
 
 
244 aa  162  7e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.49 
 
 
244 aa  160  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
259 aa  160  2e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.95 
 
 
237 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.85 
 
 
246 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
247 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
244 aa  158  6e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
244 aa  158  6e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.26 
 
 
245 aa  156  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
245 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.24 
 
 
317 aa  155  5.0000000000000005e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
244 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
240 aa  154  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
250 aa  152  4e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
254 aa  152  5e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 
244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  38.24 
 
 
1367 aa  152  5.9999999999999996e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
257 aa  150  1e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  39.83 
 
 
247 aa  151  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  37.76 
 
 
1270 aa  149  4e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
256 aa  149  4e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
247 aa  149  5e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
247 aa  148  7e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
247 aa  148  8e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
247 aa  148  8e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0085  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.85 
 
 
250 aa  148  9e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
245 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
255 aa  147  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.75 
 
 
242 aa  147  1.0000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
261 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
246 aa  146  3e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  37.86 
 
 
255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
249 aa  145  8.000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  38.08 
 
 
245 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
258 aa  144  1e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.42 
 
 
246 aa  144  2e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.18 
 
 
253 aa  142  4e-33  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  36.36 
 
 
257 aa  142  4e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
254 aa  142  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  36.84 
 
 
257 aa  142  5e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.06 
 
 
250 aa  142  6e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
252 aa  141  7e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.32 
 
 
258 aa  140  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
255 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
249 aa  140  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
248 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.08 
 
 
254 aa  139  3e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1418  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.91 
 
 
248 aa  138  6e-32  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000653973  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
251 aa  138  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
256 aa  138  7.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.85 
 
 
246 aa  137  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
253 aa  137  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
257 aa  137  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8710  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  40.11 
 
 
258 aa  135  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
267 aa  135  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.48 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5631  putative short-chain dehydrogenase  38.71 
 
 
253 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0977  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  38.24 
 
 
248 aa  134  9.999999999999999e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.616956  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.11 
 
 
291 aa  132  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64840  putative short-chain dehydrogenase  38.49 
 
 
253 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000142595  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
253 aa  132  5e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>