More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4578 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
264 aa  533  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.83 
 
 
247 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  73.49 
 
 
252 aa  374  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.76 
 
 
247 aa  372  1e-102  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.99 
 
 
252 aa  338  4e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
252 aa  311  9e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
253 aa  274  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 
248 aa  270  1e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.51 
 
 
245 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.1 
 
 
245 aa  265  8e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.4 
 
 
248 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.22 
 
 
246 aa  257  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
246 aa  253  2.0000000000000002e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 
244 aa  246  2e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.82 
 
 
244 aa  246  2e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.25 
 
 
246 aa  245  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  51.24 
 
 
247 aa  245  6e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
246 aa  245  6.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  53.25 
 
 
246 aa  244  6.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.44 
 
 
244 aa  244  8e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.28 
 
 
244 aa  242  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.92 
 
 
245 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  51.05 
 
 
244 aa  238  5.999999999999999e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  48.82 
 
 
255 aa  238  9e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
240 aa  238  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
244 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.85 
 
 
317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
245 aa  228  7e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
246 aa  226  2e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.6 
 
 
248 aa  226  2e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.76 
 
 
246 aa  226  2e-58  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.87 
 
 
244 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
255 aa  224  9e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
245 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  47.74 
 
 
245 aa  223  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 
246 aa  222  4e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 
246 aa  222  4e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.57 
 
 
244 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.19 
 
 
247 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
240 aa  218  8.999999999999998e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.31 
 
 
246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
247 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.23 
 
 
237 aa  208  7e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
248 aa  192  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
259 aa  189  5.999999999999999e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  43.15 
 
 
257 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  43.15 
 
 
257 aa  186  3e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
231 aa  182  4.0000000000000006e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
231 aa  182  4.0000000000000006e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
247 aa  180  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
247 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
249 aa  179  4e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
247 aa  179  4e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  40.56 
 
 
247 aa  179  4.999999999999999e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  44.03 
 
 
239 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  44.26 
 
 
239 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
254 aa  177  2e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.08 
 
 
230 aa  174  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
252 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.9 
 
 
239 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.12 
 
 
250 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8706  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
255 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  40.42 
 
 
1270 aa  167  1e-40  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.3 
 
 
239 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  37.94 
 
 
258 aa  165  8e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.7 
 
 
243 aa  164  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.76 
 
 
242 aa  164  2.0000000000000002e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.36 
 
 
184 aa  164  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000317715  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
261 aa  163  3e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
254 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
256 aa  162  4.0000000000000004e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.55 
 
 
258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
241 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  38.11 
 
 
1367 aa  161  1e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
257 aa  160  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
243 aa  159  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
243 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
239 aa  155  8e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0250  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.76 
 
 
240 aa  155  9e-37  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.183431  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06330  oxidoreductase  36.89 
 
 
243 aa  155  9e-37  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.646831  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
251 aa  154  1e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.6 
 
 
261 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
253 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
239 aa  152  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
261 aa  152  7e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 
239 aa  152  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
261 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.34 
 
 
253 aa  150  3e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0197  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.56 
 
 
254 aa  149  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.08 
 
 
258 aa  149  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
257 aa  149  6e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 
240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00293136  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
248 aa  146  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1376  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  36.33 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39 
 
 
238 aa  145  5e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.83 
 
 
239 aa  145  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>