More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5892 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
240 aa  478  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  79.58 
 
 
245 aa  389  1e-107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.68 
 
 
246 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.29 
 
 
244 aa  295  3e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.87 
 
 
245 aa  289  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.51 
 
 
244 aa  288  6e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.18 
 
 
245 aa  279  3e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.82 
 
 
240 aa  276  2e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.76 
 
 
244 aa  275  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.72 
 
 
244 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.72 
 
 
244 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.29 
 
 
245 aa  271  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.86 
 
 
244 aa  270  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.14 
 
 
244 aa  270  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.9 
 
 
247 aa  261  6e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.56 
 
 
244 aa  259  3e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.63 
 
 
237 aa  243  9.999999999999999e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.05 
 
 
248 aa  237  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.56 
 
 
252 aa  236  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.32 
 
 
252 aa  234  6e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.63 
 
 
247 aa  232  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.63 
 
 
246 aa  231  1e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.42 
 
 
248 aa  228  4e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.15 
 
 
247 aa  228  6e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
253 aa  222  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  47.7 
 
 
252 aa  221  8e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.43 
 
 
247 aa  221  8e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.01 
 
 
247 aa  220  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.01 
 
 
247 aa  220  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.61 
 
 
264 aa  218  7e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.28 
 
 
246 aa  217  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.1 
 
 
246 aa  212  2.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.78 
 
 
255 aa  212  4.9999999999999996e-54  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.7 
 
 
248 aa  210  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  44.81 
 
 
255 aa  207  1e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.77 
 
 
317 aa  205  6e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  43.93 
 
 
247 aa  202  3e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.13 
 
 
245 aa  199  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
246 aa  199  3.9999999999999996e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0101774  normal  0.961149 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.99 
 
 
245 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  47.58 
 
 
246 aa  195  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
246 aa  193  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.28 
 
 
246 aa  192  4e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.71 
 
 
250 aa  190  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
246 aa  190  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
246 aa  190  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.54 
 
 
248 aa  185  5e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.38 
 
 
249 aa  179  2.9999999999999997e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  44.4 
 
 
239 aa  178  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  43.85 
 
 
239 aa  172  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 
254 aa  171  6.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.82 
 
 
256 aa  170  2e-41  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
257 aa  169  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
257 aa  168  6e-41  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.49 
 
 
239 aa  168  7e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.86 
 
 
231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.3 
 
 
261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
261 aa  161  9e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.93 
 
 
239 aa  160  2e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  39.5 
 
 
247 aa  160  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
259 aa  159  3e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06330  oxidoreductase  38.68 
 
 
243 aa  159  3e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.646831  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
249 aa  159  4e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.68 
 
 
252 aa  158  6e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  38.62 
 
 
257 aa  157  1e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
254 aa  157  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  38.62 
 
 
257 aa  156  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
258 aa  157  2e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.83 
 
 
242 aa  155  7e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.02 
 
 
258 aa  154  1e-36  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
241 aa  151  7e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
184 aa  151  8e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000317715  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  37.5 
 
 
1367 aa  150  1e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
239 aa  149  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
269 aa  149  3e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
258 aa  148  7e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
253 aa  148  8e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.542817  normal  0.89387 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 
239 aa  148  9e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.37 
 
 
250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.07 
 
 
253 aa  146  2.0000000000000003e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.14 
 
 
261 aa  146  3e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  37.71 
 
 
1270 aa  145  4.0000000000000006e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.75 
 
 
230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
254 aa  145  4.0000000000000006e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
242 aa  144  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.162516  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
243 aa  144  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.39 
 
 
243 aa  143  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0250  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.29 
 
 
240 aa  143  3e-33  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.183431  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0977  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  35.77 
 
 
248 aa  142  4e-33  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.616956  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
239 aa  141  9e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1571  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  35.54 
 
 
243 aa  140  1.9999999999999998e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
253 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>