More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4141 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 
243 aa  497  1e-140  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.18 
 
 
243 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.95 
 
 
243 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.853199  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  83.61 
 
 
239 aa  409  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4057  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.93 
 
 
239 aa  401  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.77 
 
 
239 aa  397  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  69.75 
 
 
239 aa  352  2.9999999999999997e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05303  oxidoreductase  67.65 
 
 
239 aa  348  6e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000420  oxidoreductase short-chain dehydrogenase/reductase family  68.49 
 
 
239 aa  346  2e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.637186  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.95 
 
 
241 aa  322  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4937  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  63.87 
 
 
239 aa  322  4e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.396795  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0916  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.68 
 
 
246 aa  305  4.0000000000000004e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.7 
 
 
243 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.138701 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1571  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  52.92 
 
 
243 aa  254  7e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2695  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.84 
 
 
241 aa  243  3e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2461  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 
242 aa  232  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.162516  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0250  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  43.64 
 
 
240 aa  219  3e-56  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.183431  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0256  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.73 
 
 
239 aa  214  9.999999999999999e-55  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
248 aa  195  5.000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.83 
 
 
248 aa  175  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
244 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.34 
 
 
240 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.7 
 
 
244 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
248 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
252 aa  168  7e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
244 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
246 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
264 aa  164  8e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
245 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.33 
 
 
249 aa  161  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
244 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
247 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
252 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  39.68 
 
 
252 aa  159  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
247 aa  159  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.8 
 
 
246 aa  159  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
259 aa  159  4e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  40.65 
 
 
246 aa  158  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
246 aa  158  7e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 
244 aa  158  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
249 aa  158  8e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0588  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
247 aa  156  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.622721  normal  0.233653 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
244 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2737  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
245 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
252 aa  155  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
245 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.880926  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  38.87 
 
 
255 aa  154  1e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 
246 aa  152  4e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
242 aa  149  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  36.78 
 
 
1270 aa  149  4e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  38.49 
 
 
247 aa  149  4e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.92 
 
 
237 aa  148  6e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.71 
 
 
317 aa  146  3e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
247 aa  146  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
247 aa  145  5e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248634 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 
256 aa  145  6e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.247071  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0188  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
247 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.212596  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
252 aa  144  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
254 aa  144  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
240 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
254 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2416  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
255 aa  142  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0691518 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3769  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.75 
 
 
247 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  36.59 
 
 
245 aa  138  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8710  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  38.1 
 
 
258 aa  137  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.68 
 
 
246 aa  137  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  34.9 
 
 
257 aa  136  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.25 
 
 
257 aa  135  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0676  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
254 aa  135  4e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00917144  normal  0.0792915 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
261 aa  135  5e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268545  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  34.9 
 
 
257 aa  135  7.000000000000001e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
280 aa  135  7.000000000000001e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4316  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
267 aa  134  9.999999999999999e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.691417  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
240 aa  134  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.256418  normal  0.85584 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  33.86 
 
 
258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1086  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  34.55 
 
 
247 aa  133  1.9999999999999998e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.144372  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
248 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  34.69 
 
 
1367 aa  132  5e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.17 
 
 
279 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
242 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
279 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.14693  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  35.68 
 
 
284 aa  130  1.0000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.95 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.47 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
231 aa  129  3e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.6 
 
 
250 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
231 aa  129  3e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1575  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
246 aa  129  4.0000000000000003e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
233 aa  129  5.0000000000000004e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00179  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G11240)  33.33 
 
 
313 aa  128  7.000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.983253  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
279 aa  128  8.000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>