More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_39280 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_39280  short chain dehydrogenase  100 
 
 
230 aa  449  1e-125  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.41 
 
 
227 aa  276  2e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0180181  normal  0.277757 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7025  short chain dehydrogenase  63.88 
 
 
229 aa  266  2e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1778  oxidoreductase, short chain dehydrogenase  66.08 
 
 
228 aa  258  4e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.248871 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.74 
 
 
226 aa  224  9e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.68 
 
 
225 aa  208  6e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6051  short chain dehydrogenase  50.22 
 
 
221 aa  206  3e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0202908  normal  0.993323 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0854  short chain dehydrogenase  50 
 
 
225 aa  202  4e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0159157 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0974  short chain dehydrogenase  50 
 
 
230 aa  198  5e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0177058  normal  0.671199 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25540  short-chain alcohol dehydrogenase  52.63 
 
 
255 aa  195  5.000000000000001e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.24 
 
 
232 aa  182  3e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.91873  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5476  short chain dehydrogenase  48.66 
 
 
222 aa  175  5e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0679291  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5763  short chain dehydrogenase  48.66 
 
 
222 aa  175  5e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5387  short chain dehydrogenase  48.66 
 
 
222 aa  175  5e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 
251 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.75 
 
 
231 aa  160  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.484115 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1729  short chain dehydrogenase  45.5 
 
 
227 aa  153  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.95 
 
 
280 aa  134  9e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.61 
 
 
254 aa  132  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00230  short-chain alcohol dehydrogenase  43.69 
 
 
223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3934  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.5 
 
 
261 aa  109  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0703421 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  37.04 
 
 
247 aa  108  7.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
238 aa  108  8.000000000000001e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
252 aa  108  1e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.43 
 
 
279 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
249 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 
286 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 
270 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  38.17 
 
 
277 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.33 
 
 
285 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  36.71 
 
 
1270 aa  100  2e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
289 aa  100  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
287 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
274 aa  99  5e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.7 
 
 
230 aa  98.6  6e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 
280 aa  99  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
286 aa  98.2  8e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  36.73 
 
 
272 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1049  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
272 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
270 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
285 aa  97.4  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5892  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
240 aa  98.2  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  0.684579 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  37.91 
 
 
280 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  37.08 
 
 
270 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
277 aa  97.4  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.19 
 
 
283 aa  96.7  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
231 aa  97.4  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 
276 aa  97.1  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
231 aa  97.4  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
276 aa  96.7  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
259 aa  96.3  3e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0323  clavaldehyde dehydrogenase  34.04 
 
 
245 aa  96.3  4e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.869868 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4141  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.59 
 
 
243 aa  95.9  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.19 
 
 
246 aa  95.9  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
288 aa  95.9  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
279 aa  95.5  6e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
248 aa  94.4  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
284 aa  94.7  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
276 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
285 aa  93.6  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
263 aa  93.6  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.196422  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.43 
 
 
291 aa  94  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38260  short-chain alcohol dehydrogenase  35.64 
 
 
305 aa  94  2e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.913124  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.11 
 
 
276 aa  93.6  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.26 
 
 
279 aa  93.6  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.96 
 
 
276 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 
244 aa  93.2  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 
274 aa  93.2  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 
276 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 
281 aa  93.2  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2884  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
273 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
282 aa  92.8  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635531 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  37.36 
 
 
280 aa  92.8  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 
261 aa  92.8  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
286 aa  92.4  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
286 aa  92.4  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 
283 aa  92.4  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.406068  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.17 
 
 
254 aa  92.4  5e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.14 
 
 
279 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6402  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.77 
 
 
277 aa  92  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000182624  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  38.64 
 
 
274 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
234 aa  92.4  6e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05398  oxidoreductase protein  39.71 
 
 
250 aa  92  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.979699 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_36881  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  31.68 
 
 
308 aa  92  7e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.804236  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
244 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.56 
 
 
279 aa  91.7  8e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
240 aa  91.7  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.256418  normal  0.85584 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.51 
 
 
236 aa  91.7  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06330  oxidoreductase  28.27 
 
 
243 aa  91.3  1e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.646831  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
272 aa  91.3  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
272 aa  91.3  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
261 aa  91.3  1e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
229 aa  91.3  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09357  short-chain dehydrogenase/reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G02370)  33.7 
 
 
258 aa  90.1  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00364064 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0244  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
291 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.864634 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
303 aa  90.1  2e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
241 aa  90.9  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
291 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.95 
 
 
247 aa  90.9  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
291 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403602  normal  0.010149 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>