More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1004 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
286 aa  580  1e-164  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
286 aa  290  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
288 aa  256  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.2 
 
 
286 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.09 
 
 
293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.19 
 
 
285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.81 
 
 
278 aa  226  3e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
292 aa  224  9e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
282 aa  218  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.97 
 
 
276 aa  217  2e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
276 aa  215  5e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  44.87 
 
 
284 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  44.49 
 
 
280 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.01 
 
 
276 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  42.48 
 
 
280 aa  214  9.999999999999999e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  44.87 
 
 
284 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
280 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 
282 aa  211  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
282 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
281 aa  210  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  42.97 
 
 
280 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
282 aa  208  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.58 
 
 
295 aa  208  9e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
277 aa  207  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
279 aa  206  2e-52  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
276 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.58 
 
 
290 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
290 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 
283 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
274 aa  203  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
279 aa  204  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
276 aa  203  2e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  39.48 
 
 
278 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.69 
 
 
284 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
291 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.321588  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
291 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
290 aa  202  4e-51  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
291 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403602  normal  0.010149 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.94 
 
 
290 aa  202  4e-51  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.507857  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0244  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
291 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.864634 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl173  dehydrogenase  39.92 
 
 
278 aa  202  6e-51  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  39.71 
 
 
286 aa  201  8e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
293 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.426918 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.42 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
293 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.935944  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
281 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  39.07 
 
 
276 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 
284 aa  199  3.9999999999999996e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
280 aa  199  5e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.33 
 
 
289 aa  199  5e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
285 aa  199  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  40 
 
 
280 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
281 aa  196  5.000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
279 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5048  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.45 
 
 
279 aa  195  7e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.96036  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
282 aa  195  9e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
279 aa  193  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.016311  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  37.09 
 
 
276 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.03 
 
 
279 aa  192  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 
277 aa  192  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1180  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
279 aa  191  1e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  40 
 
 
277 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
303 aa  190  2e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.72 
 
 
276 aa  190  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
279 aa  190  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.14 
 
 
283 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0757  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  39.52 
 
 
282 aa  189  4e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0227485  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.13 
 
 
279 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.81 
 
 
284 aa  189  5.999999999999999e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
279 aa  189  5.999999999999999e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
279 aa  189  5.999999999999999e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
292 aa  188  7e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0160935 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.3 
 
 
282 aa  188  7e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
283 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1152  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.38 
 
 
258 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
271 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
277 aa  186  3e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0647025  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  36.6 
 
 
276 aa  186  5e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  39.54 
 
 
279 aa  186  5e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.18 
 
 
276 aa  186  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.73 
 
 
281 aa  184  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.966352 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.81 
 
 
274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  0.0715195 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.69 
 
 
282 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
279 aa  183  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000868521 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.06 
 
 
296 aa  183  3e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00149437 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0756  short chain dehydrogenase  35.58 
 
 
274 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.92 
 
 
284 aa  182  6e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.49 
 
 
299 aa  182  7e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0762  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
274 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0776  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
274 aa  182  7e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 
287 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  36.12 
 
 
277 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  36.12 
 
 
277 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2139  short chain dehydrogenase  38.78 
 
 
284 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.980351 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  35.74 
 
 
277 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  34.7 
 
 
275 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  37.81 
 
 
279 aa  179  4.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4299  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
291 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
285 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.239273 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  34.55 
 
 
285 aa  178  1e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>