More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6492 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
282 aa  566  1e-160  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.23 
 
 
282 aa  555  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.38 
 
 
276 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.05 
 
 
289 aa  268  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
291 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
291 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.321588  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.09 
 
 
291 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403602  normal  0.010149 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.73 
 
 
293 aa  259  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.426918 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.36 
 
 
293 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.935944  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0244  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.27 
 
 
291 aa  258  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.864634 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52 
 
 
290 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.76 
 
 
292 aa  249  3e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4299  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.27 
 
 
291 aa  248  7e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.55 
 
 
282 aa  245  6.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.36 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.016311  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
278 aa  231  7.000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
295 aa  228  1e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  44.78 
 
 
285 aa  227  1e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.63 
 
 
293 aa  226  3e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  47.74 
 
 
280 aa  224  1e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.96 
 
 
296 aa  223  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  44.61 
 
 
274 aa  223  3e-57  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0756  short chain dehydrogenase  44.91 
 
 
274 aa  223  4e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
282 aa  222  6e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0762  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
274 aa  221  8e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0776  short chain dehydrogenase  44.53 
 
 
274 aa  221  8e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.29 
 
 
281 aa  218  6e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  43.21 
 
 
286 aa  217  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
280 aa  217  2e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.93 
 
 
279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
286 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  43.02 
 
 
282 aa  214  9e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  42.81 
 
 
284 aa  214  9e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  46.74 
 
 
280 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
290 aa  214  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
274 aa  212  4.9999999999999996e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  0.0715195 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  44.73 
 
 
280 aa  212  5.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
286 aa  211  9e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
303 aa  211  1e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.28 
 
 
288 aa  209  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
272 aa  208  6e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  42.09 
 
 
284 aa  208  7e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  45.26 
 
 
280 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
290 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
290 aa  207  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.507857  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.46 
 
 
284 aa  206  4e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  43.51 
 
 
283 aa  205  7e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
285 aa  202  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
280 aa  202  6e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
282 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
279 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.79 
 
 
279 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  41.39 
 
 
278 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.79 
 
 
280 aa  200  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
277 aa  199  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
272 aa  199  5e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  41.24 
 
 
276 aa  198  7e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.44 
 
 
276 aa  198  7e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.97 
 
 
282 aa  198  7e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
279 aa  198  9e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000868521 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
280 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
287 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.28 
 
 
283 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  43.12 
 
 
276 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
283 aa  196  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.406068  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.79 
 
 
284 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.12 
 
 
275 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.84 
 
 
276 aa  195  7e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
286 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0057  short chain dehydrogenase  38.6 
 
 
287 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.551816 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
285 aa  193  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6368  short chain dehydrogenase  44.74 
 
 
279 aa  193  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
283 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.01 
 
 
279 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  41.45 
 
 
279 aa  190  2e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  41.09 
 
 
278 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 
279 aa  190  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0757  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  39.68 
 
 
282 aa  190  2e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0227485  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.49 
 
 
292 aa  190  2.9999999999999997e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0160935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
276 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.76 
 
 
276 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5048  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.58 
 
 
279 aa  188  7e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.96036  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
277 aa  188  8e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0647025  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.24 
 
 
283 aa  188  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.451559  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
282 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
281 aa  187  1e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
280 aa  187  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
276 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl173  dehydrogenase  37.59 
 
 
278 aa  186  3e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
283 aa  186  5e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
279 aa  184  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  40.51 
 
 
277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
272 aa  184  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  38.91 
 
 
284 aa  183  2.0000000000000003e-45  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
273 aa  183  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2139  short chain dehydrogenase  42.59 
 
 
284 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.980351 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  39.64 
 
 
277 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
278 aa  182  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0773345 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.99 
 
 
274 aa  182  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>