More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5554 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
295 aa  601  1.0000000000000001e-171  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.42 
 
 
292 aa  482  1e-135  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.94 
 
 
293 aa  419  1e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.43 
 
 
278 aa  397  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.91 
 
 
290 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  45.9 
 
 
274 aa  243  3.9999999999999997e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4299  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.33 
 
 
291 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.52 
 
 
293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.426918 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
272 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
293 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.935944  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  42.7 
 
 
285 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.78 
 
 
296 aa  234  1.0000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.321588  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0244  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.74 
 
 
291 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.864634 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
291 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403602  normal  0.010149 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.73 
 
 
286 aa  229  5e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.89 
 
 
276 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
282 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0756  short chain dehydrogenase  42.7 
 
 
274 aa  227  2e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.31 
 
 
279 aa  226  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.016311  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 
282 aa  226  3e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0762  short chain dehydrogenase  42.7 
 
 
274 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0776  short chain dehydrogenase  42.7 
 
 
274 aa  226  3e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
282 aa  224  9e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.97 
 
 
274 aa  223  3e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  0.0715195 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  44.12 
 
 
303 aa  223  4e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
280 aa  219  3.9999999999999997e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.04 
 
 
281 aa  219  5e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  43.73 
 
 
283 aa  219  6e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  43.96 
 
 
280 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 
289 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
281 aa  216  4e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.58 
 
 
286 aa  216  5e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
281 aa  215  5.9999999999999996e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243534  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.68 
 
 
288 aa  215  9e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  43.22 
 
 
280 aa  215  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  42.7 
 
 
279 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0757  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  42.4 
 
 
282 aa  212  5.999999999999999e-54  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0227485  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6770  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
276 aa  212  7e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
282 aa  211  9e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.16 
 
 
272 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
273 aa  210  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  43.07 
 
 
276 aa  210  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.66 
 
 
272 aa  210  2e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743458 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  44.4 
 
 
280 aa  210  2e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.99 
 
 
287 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  43.48 
 
 
280 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.98 
 
 
286 aa  205  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
276 aa  205  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
276 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.35 
 
 
282 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
276 aa  204  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  38.95 
 
 
282 aa  203  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  41.09 
 
 
286 aa  204  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0057  short chain dehydrogenase  40.22 
 
 
287 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.551816 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
279 aa  203  3e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
274 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  42.34 
 
 
277 aa  202  8e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.35 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
279 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.2 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  43.01 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  41.61 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  43.01 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.84 
 
 
285 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
280 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.61 
 
 
282 aa  199  5e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2359  short chain dehydrogenase  40.94 
 
 
277 aa  199  6e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  40.51 
 
 
284 aa  199  6e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
299 aa  199  6e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
276 aa  198  7.999999999999999e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
275 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6478  short chain dehydrogenase  41.61 
 
 
277 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0193628  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  41.43 
 
 
276 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.24 
 
 
279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  41.45 
 
 
279 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.79 
 
 
290 aa  196  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  39.71 
 
 
278 aa  196  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  40.98 
 
 
284 aa  195  6e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.22 
 
 
276 aa  193  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
280 aa  194  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  40.97 
 
 
277 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  39.05 
 
 
284 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  41.97 
 
 
277 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
277 aa  191  1e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0647025  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6368  short chain dehydrogenase  41.61 
 
 
279 aa  190  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
283 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
283 aa  189  4e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.406068  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.52 
 
 
283 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  38.69 
 
 
274 aa  188  1e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.65 
 
 
284 aa  187  2e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 
273 aa  187  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.01823 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
273 aa  186  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  41.24 
 
 
278 aa  185  8e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2139  short chain dehydrogenase  41.24 
 
 
284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.980351 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
275 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
279 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
279 aa  185  1.0000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>