More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2943 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
282 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.36 
 
 
280 aa  325  4.0000000000000003e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.27 
 
 
296 aa  321  7e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00149437 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.35 
 
 
281 aa  321  9.000000000000001e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.61 
 
 
277 aa  290  2e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.12 
 
 
285 aa  282  3.0000000000000004e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.27 
 
 
276 aa  281  6.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.91 
 
 
276 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.54 
 
 
280 aa  277  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.09 
 
 
274 aa  275  5e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.27 
 
 
279 aa  272  5.000000000000001e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.29 
 
 
283 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.46 
 
 
279 aa  268  7e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
281 aa  259  3e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
283 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  48.39 
 
 
286 aa  255  6e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.29 
 
 
275 aa  249  3e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.76 
 
 
279 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  47.33 
 
 
280 aa  246  4e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.16 
 
 
279 aa  241  9e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1152  putative Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 
258 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 
282 aa  229  5e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.52 
 
 
284 aa  226  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
285 aa  227  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  45 
 
 
284 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  46.01 
 
 
280 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  45 
 
 
284 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.31 
 
 
287 aa  223  3e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  44.2 
 
 
280 aa  222  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.96 
 
 
292 aa  222  4.9999999999999996e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.96 
 
 
283 aa  221  8e-57  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366194  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
277 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0647025  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  44.2 
 
 
276 aa  219  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
282 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
280 aa  218  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
283 aa  218  7.999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.85 
 
 
276 aa  218  1e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.91 
 
 
279 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000868521 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
285 aa  217  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.239273 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.06 
 
 
279 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.16 
 
 
299 aa  216  4e-55  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.65 
 
 
276 aa  216  4e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  43.27 
 
 
276 aa  215  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.81 
 
 
280 aa  216  5e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
282 aa  214  9e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.6 
 
 
286 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
282 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635531 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.76 
 
 
281 aa  211  1e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.966352 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 
286 aa  211  1e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
278 aa  209  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
284 aa  209  3e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.16 
 
 
282 aa  209  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
288 aa  208  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2139  short chain dehydrogenase  41.07 
 
 
284 aa  207  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.980351 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  43.57 
 
 
280 aa  207  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  41.79 
 
 
279 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  44.64 
 
 
283 aa  206  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.12 
 
 
276 aa  205  6e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
293 aa  205  7e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 
276 aa  205  9e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
284 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  41.01 
 
 
276 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  40 
 
 
275 aa  202  4e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
276 aa  202  4e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.84 
 
 
279 aa  202  5e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.016311  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
281 aa  202  6e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
277 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
277 aa  202  6e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
295 aa  201  9e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 
290 aa  201  9.999999999999999e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  41.07 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  39.49 
 
 
278 aa  201  9.999999999999999e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.12 
 
 
273 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
277 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.07 
 
 
275 aa  199  3e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2359  short chain dehydrogenase  40 
 
 
277 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7039  short chain dehydrogenase  39.49 
 
 
275 aa  198  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0246661  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0762  short chain dehydrogenase  41.48 
 
 
274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  42.07 
 
 
274 aa  198  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0776  short chain dehydrogenase  41.48 
 
 
274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0756  short chain dehydrogenase  41.48 
 
 
274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl173  dehydrogenase  40.07 
 
 
278 aa  196  2.0000000000000003e-49  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0057  short chain dehydrogenase  41.64 
 
 
287 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.551816 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0757  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  40.81 
 
 
282 aa  196  4.0000000000000005e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0227485  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
286 aa  195  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  41.76 
 
 
282 aa  195  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.49 
 
 
291 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.49 
 
 
291 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.321588  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.49 
 
 
291 aa  194  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403602  normal  0.010149 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
280 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 
283 aa  194  1e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.451559  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0244  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.49 
 
 
291 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.864634 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
279 aa  194  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
292 aa  193  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0160935 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4299  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
291 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.73 
 
 
274 aa  194  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0106192 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  44.76 
 
 
285 aa  193  2e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.77 
 
 
273 aa  193  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.01823 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>