More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4573 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
280 aa  568  1e-161  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.54 
 
 
279 aa  285  5.999999999999999e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000868521 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.1 
 
 
280 aa  260  2e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
281 aa  257  2e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.36 
 
 
279 aa  248  7e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.24 
 
 
277 aa  240  2e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0647025  normal  0.205798 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.88 
 
 
285 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.239273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.58 
 
 
276 aa  229  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl173  dehydrogenase  43.12 
 
 
278 aa  228  6e-59  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
283 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.55 
 
 
280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.12 
 
 
283 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.366194  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3905  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
282 aa  218  7e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.635531 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
279 aa  215  8e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
283 aa  207  1e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.451559  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.22 
 
 
292 aa  207  2e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.82 
 
 
275 aa  204  9e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.41 
 
 
283 aa  201  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
281 aa  199  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  40.36 
 
 
280 aa  200  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.21 
 
 
276 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
293 aa  197  2.0000000000000003e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
282 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
277 aa  196  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  40.22 
 
 
276 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  41.28 
 
 
286 aa  195  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
282 aa  194  1e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.36 
 
 
280 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  40.58 
 
 
276 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.64 
 
 
282 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
282 aa  193  3e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
287 aa  191  8e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
276 aa  191  9e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
283 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.09 
 
 
276 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl172  dehydrogenase  35.69 
 
 
279 aa  189  5.999999999999999e-47  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
278 aa  188  7e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.35 
 
 
295 aa  187  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
285 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
279 aa  187  1e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
279 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2694  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 
280 aa  186  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.140446  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  39.36 
 
 
284 aa  185  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
274 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
273 aa  182  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.01823 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
296 aa  182  6e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00149437 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
275 aa  182  7e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  39.22 
 
 
284 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
299 aa  181  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  40.71 
 
 
280 aa  181  1e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
285 aa  181  1e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 
282 aa  179  7e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
281 aa  177  1e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.966352 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0971  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.3 
 
 
287 aa  177  1e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  37.77 
 
 
280 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  38.49 
 
 
279 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.55 
 
 
288 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
286 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1567  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
284 aa  176  5e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
277 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  37.96 
 
 
274 aa  174  9.999999999999999e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2139  short chain dehydrogenase  38.57 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.980351 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
276 aa  173  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  37.41 
 
 
276 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.73 
 
 
284 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 
280 aa  171  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
286 aa  171  1e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
283 aa  171  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 
275 aa  170  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 
277 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 
277 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  37.55 
 
 
278 aa  169  3e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4161  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
279 aa  170  3e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 
277 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 
272 aa  168  8e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0930  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
279 aa  167  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.68 
 
 
292 aa  167  2e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0160935 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  35.61 
 
 
277 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  35.61 
 
 
277 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
276 aa  166  5e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6478  short chain dehydrogenase  35.61 
 
 
277 aa  165  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0193628  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
273 aa  165  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.84 
 
 
284 aa  165  8e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  37.2 
 
 
285 aa  165  8e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
303 aa  165  9e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0244  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
291 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.864634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.73 
 
 
273 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.76 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.321588  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7039  short chain dehydrogenase  33.69 
 
 
275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0246661  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.76 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.76 
 
 
291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403602  normal  0.010149 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
281 aa  163  3e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.18 
 
 
290 aa  163  3e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 
286 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.43 
 
 
284 aa  162  4.0000000000000004e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2359  short chain dehydrogenase  34.52 
 
 
277 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
279 aa  162  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
293 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.426918 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.72 
 
 
293 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.935944  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>