More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5104 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 284 aa  543  1e-154  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37020  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  60.73 
 
 		 279 aa  293  3e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0169  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.69 
 
 		 285 aa  183  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  38.16 
 
 		 276 aa  169  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20980  putative short chain dehydrogenas  40.88 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.696574  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  40.29 
 
 		 276 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  37.97 
 
 		 278 aa  160  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.59 
 
 		 291 aa  159  3e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  38.83 
 
 		 277 aa  160  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.23 
 
 		 769 aa  158  9e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.508035  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 289 aa  157  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  39.1 
 
 		 279 aa  156  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  38.81 
 
 		 287 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 		 283 aa  155  9e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.88 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  37.94 
 
 		 275 aa  152  4e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  39.48 
 
 		 279 aa  152  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  32.58 
 
 		 273 aa  152  7e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.22 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0506  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 		 281 aa  150  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.72 
 
 		 283 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.45 
 
 		 272 aa  149  4e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 		 285 aa  149  8e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  32.37 
 
 		 286 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 		 276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  36.9 
 
 		 277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  37.17 
 
 		 271 aa  146  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  32.71 
 
 		 283 aa  145  8.000000000000001e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2528  short chain dehydrogenase  37.36 
 
 		 277 aa  145  9e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.589688 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 		 280 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 279 aa  145  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  33.21 
 
 		 275 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.94 
 
 		 271 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  32.33 
 
 		 283 aa  142  5e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  34.1 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 		 272 aa  142  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1977  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1902  short chain dehydrogenase  35.36 
 
 		 280 aa  141  9.999999999999999e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  38.57 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.13 
 
 		 282 aa  141  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  31 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 		 271 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  35.45 
 
 		 258 aa  139  3.9999999999999997e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.21 
 
 		 281 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.88 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 		 272 aa  138  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.430451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  36.78 
 
 		 277 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  28.77 
 
 		 291 aa  138  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_53846  1-Acyl dihydroxyacetone phosphate reductase ribitol 2-dehydrogenase  35.09 
 
 		 291 aa  137  1e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.67 
 
 		 278 aa  137  2e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  28.47 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 		 277 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1219  peptidoglycan-binding LysM  32.62 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.370987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  32.08 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6077  oxidoreductase  35.36 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  35.98 
 
 		 256 aa  137  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 		 256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 256 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  34.59 
 
 		 269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 269 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  29.15 
 
 		 272 aa  137  3.0000000000000003e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 		 277 aa  137  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 269 aa  136  4e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  28.42 
 
 		 291 aa  136  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  36.09 
 
 		 256 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.2 
 
 		 285 aa  136  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 256 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  37.28 
 
 		 272 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 269 aa  136  5e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 		 276 aa  135  7.000000000000001e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 275 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  33.83 
 
 		 258 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 256 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 256 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 256 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  34.59 
 
 		 256 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  34.08 
 
 		 284 aa  135  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 		 272 aa  135  9e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  28.77 
 
 		 291 aa  135  9e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  34.21 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 		 277 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.191089 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 		 267 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2103  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.93 
 
 		 311 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.935977 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 		 256 aa  134  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.19 
 
 		 268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  34.21 
 
 		 258 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 		 285 aa  133  3e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  34.7 
 
 		 272 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.84 
 
 		 271 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.98 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 		 338 aa  133  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>