More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3961 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3961  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
236 aa  493  9.999999999999999e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.28 
 
 
224 aa  305  3e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0425184  normal  0.202978 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  55.74 
 
 
235 aa  281  8.000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00806787 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
234 aa  231  1e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.79 
 
 
229 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0481676 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 
233 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 
248 aa  143  2e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.31881  normal  0.311726 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.93 
 
 
238 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.49 
 
 
261 aa  115  5e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.05 
 
 
241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.87 
 
 
244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0933  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 
243 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
238 aa  109  5e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4069  short chain dehydrogenase  31.08 
 
 
239 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0596677  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0676  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.51 
 
 
253 aa  107  1e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.153885 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0693  sepiapterin reductase  31.84 
 
 
241 aa  108  1e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.101959  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 
223 aa  107  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.84 
 
 
239 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.53 
 
 
238 aa  107  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  33.68 
 
 
279 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1820  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
243 aa  105  5e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1763  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
243 aa  105  7e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.14 
 
 
239 aa  104  1e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.39 
 
 
242 aa  104  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.39 
 
 
242 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.39 
 
 
242 aa  104  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.39 
 
 
242 aa  104  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.39 
 
 
242 aa  104  1e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.14 
 
 
239 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.14 
 
 
239 aa  104  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 
252 aa  104  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.14 
 
 
239 aa  104  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.14 
 
 
239 aa  104  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.63 
 
 
238 aa  103  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.81 
 
 
287 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05911  short chain dehydrogenase  29.49 
 
 
244 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0911  short chain dehydrogenase  29.36 
 
 
242 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2536  short chain dehydrogenase  28.51 
 
 
241 aa  103  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05611  short chain dehydrogenase  29.06 
 
 
244 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.713488  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
243 aa  103  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.52 
 
 
284 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0733  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 
243 aa  103  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1484  short chain dehydrogenase  26.69 
 
 
238 aa  102  4e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0301161  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.41 
 
 
268 aa  102  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0057  short chain dehydrogenase  31.69 
 
 
287 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.551816 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0938  short chain dehydrogenase  29.36 
 
 
242 aa  102  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.81 
 
 
246 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05381  short chain dehydrogenase  29.96 
 
 
235 aa  102  6e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.13 
 
 
279 aa  102  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.03 
 
 
250 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4325  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.24 
 
 
241 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0535  short chain dehydrogenase  29.49 
 
 
244 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1596  short chain dehydrogenase  28.39 
 
 
245 aa  101  1e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.32 
 
 
256 aa  101  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.12 
 
 
293 aa  100  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
240 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.256418  normal  0.85584 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.43 
 
 
261 aa  99.4  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.32 
 
 
262 aa  99.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.251558  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 
272 aa  99.8  4e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  32.11 
 
 
283 aa  99.8  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
241 aa  99.4  5e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.119808  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  30.65 
 
 
280 aa  98.6  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0184  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.15 
 
 
239 aa  98.6  7e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.39 
 
 
246 aa  98.6  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0596  sepiapterin reductase  27.87 
 
 
243 aa  98.6  7e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
246 aa  98.6  7e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.411552  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  31.94 
 
 
303 aa  98.6  7e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
243 aa  98.6  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  31.28 
 
 
236 aa  98.6  8e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
239 aa  98.6  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.88 
 
 
306 aa  98.2  9e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.23 
 
 
230 aa  98.2  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
249 aa  97.8  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4244  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.2 
 
 
264 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.23 
 
 
227 aa  97.8  1e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0180181  normal  0.277757 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0373  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.14 
 
 
256 aa  97.8  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 
295 aa  97.8  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.29 
 
 
254 aa  97.8  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.63 
 
 
292 aa  98.2  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  31.54 
 
 
257 aa  97.1  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  29.08 
 
 
280 aa  97.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.31 
 
 
233 aa  97.4  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2359  short chain dehydrogenase  29.84 
 
 
277 aa  97.1  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.08 
 
 
257 aa  97.1  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0992  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.2 
 
 
264 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.85 
 
 
291 aa  96.3  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  33.16 
 
 
274 aa  96.7  3e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  30 
 
 
286 aa  95.9  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05991  short chain dehydrogenase  27.9 
 
 
254 aa  96.3  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6478  short chain dehydrogenase  29.84 
 
 
277 aa  96.3  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0193628  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.81 
 
 
251 aa  95.9  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.04 
 
 
266 aa  95.9  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 
298 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
272 aa  95.5  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
272 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05911  short chain dehydrogenase  27.16 
 
 
240 aa  95.5  7e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.884282  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  30.69 
 
 
258 aa  95.5  7e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  31.12 
 
 
257 aa  95.1  8e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4667  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
234 aa  95.1  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.69 
 
 
258 aa  94.7  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>