More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4069 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_4069  short chain dehydrogenase  100 
 
 
239 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0596677  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1171  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.15 
 
 
238 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.399765 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0818  short chain dehydrogenase  47.64 
 
 
242 aa  202  3e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
233 aa  195  6e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10628  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
239 aa  188  8e-47  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.10817  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.76 
 
 
238 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.644121  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2590  short chain dehydrogenase  39.39 
 
 
236 aa  176  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3826  short chain dehydrogenase  37.23 
 
 
234 aa  173  1.9999999999999998e-42  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.273342  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  39.83 
 
 
236 aa  157  1e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2639  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.59 
 
 
238 aa  157  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.37123  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.48 
 
 
223 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 
244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000989308  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.52 
 
 
249 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311099  normal  0.357873 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.52 
 
 
251 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.52 
 
 
259 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0150364  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.91 
 
 
223 aa  146  3e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
249 aa  145  5e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.012898 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.56 
 
 
238 aa  145  8.000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.3 
 
 
251 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.383425 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.3 
 
 
249 aa  144  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476786  normal  0.058074 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.67 
 
 
249 aa  144  9e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
261 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0587036  normal  0.882414 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.9 
 
 
259 aa  143  3e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000516058  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.6 
 
 
241 aa  142  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
239 aa  139  3e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
225 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.31851  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.16 
 
 
256 aa  139  3e-32  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
223 aa  139  3e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.209414  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.67 
 
 
238 aa  140  3e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.28 
 
 
225 aa  137  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.570082  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
241 aa  137  1e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.116852  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.28 
 
 
225 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.71 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
258 aa  136  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1991  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.72 
 
 
251 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1390  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.72 
 
 
251 aa  135  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.399104  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
239 aa  135  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.785555  normal  0.162372 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1014  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.72 
 
 
251 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1302  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.72 
 
 
251 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3043  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.72 
 
 
251 aa  135  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2278  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.72 
 
 
251 aa  135  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3172  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.72 
 
 
251 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
249 aa  134  9.999999999999999e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.964587  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  41 
 
 
254 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.18 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0276  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.07 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
264 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
264 aa  132  3e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  38.21 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
256 aa  132  5e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
256 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 
256 aa  132  5e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.2 
 
 
238 aa  132  6e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.06 
 
 
248 aa  132  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
247 aa  132  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1523  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
269 aa  131  9e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4667  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
234 aa  130  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  39.27 
 
 
255 aa  131  1.0000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 
239 aa  130  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.84 
 
 
266 aa  130  2.0000000000000002e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 
274 aa  129  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0476258  hitchhiker  0.000204678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.68 
 
 
263 aa  129  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  43.23 
 
 
254 aa  129  3e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.95 
 
 
254 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
249 aa  129  4.0000000000000003e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.863639  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
252 aa  129  6e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
261 aa  128  6e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  41.62 
 
 
254 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  41.62 
 
 
254 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
330 aa  128  8.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.74 
 
 
263 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.37 
 
 
272 aa  128  8.000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
257 aa  128  9.000000000000001e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.77 
 
 
266 aa  128  9.000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.14 
 
 
249 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  41.62 
 
 
254 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3492  short chain dehydrogenase  44.39 
 
 
256 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.55 
 
 
258 aa  127  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.549001  normal  0.44275 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
233 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
339 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3000  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
241 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.25 
 
 
260 aa  126  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 
240 aa  126  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00293136  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  38.34 
 
 
303 aa  126  3e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2585  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.92 
 
 
256 aa  126  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0102816  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.88 
 
 
255 aa  126  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.485877  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
260 aa  126  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2147  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.04 
 
 
253 aa  126  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.760058  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
261 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.78 
 
 
235 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.7 
 
 
261 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.69 
 
 
246 aa  125  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.59 
 
 
286 aa  125  5e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.068211 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
252 aa  125  6e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
245 aa  125  8.000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.76 
 
 
239 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>