More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3078 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3078  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
255 aa  485  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.485877  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.86 
 
 
257 aa  263  2e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6224  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.2 
 
 
255 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000552131  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
264 aa  152  5e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.065151 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
261 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  36.84 
 
 
261 aa  150  3e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.25 
 
 
252 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.22334  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
262 aa  146  3e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
257 aa  146  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
253 aa  145  6e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0435  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  43.21 
 
 
238 aa  144  2e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
246 aa  143  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
251 aa  143  3e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
250 aa  142  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
261 aa  142  5e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.385793 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
247 aa  142  7e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
248 aa  142  7e-33  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  42.11 
 
 
255 aa  141  8e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
248 aa  142  8e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.933884  hitchhiker  0.00557136 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
259 aa  142  8e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.192229  normal  0.191447 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.76 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0843841 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
250 aa  140  1.9999999999999998e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
255 aa  140  3e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
251 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.78 
 
 
250 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.87 
 
 
246 aa  139  6e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
248 aa  139  6e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.25 
 
 
251 aa  138  7.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 
257 aa  138  7.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.8 
 
 
247 aa  138  8.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3399  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
251 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.265476  normal  0.579067 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
254 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
257 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0415  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
257 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.560297 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0948  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.56 
 
 
249 aa  137  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000118605  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
254 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.62 
 
 
246 aa  137  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
251 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9124  gluconate 5-dehydrogenase  36.69 
 
 
256 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.991877  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.2 
 
 
251 aa  137  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.282866  normal  0.301564 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
259 aa  137  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0332234  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
254 aa  137  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.95 
 
 
246 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.62 
 
 
246 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
252 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2361  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
258 aa  137  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.11166  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
251 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
258 aa  137  2e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.86 
 
 
250 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
252 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
265 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5189  gluconate 5-dehydrogenase (5-keto-D-gluconate 5- reductase)  46.92 
 
 
261 aa  136  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846982 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.4 
 
 
256 aa  135  4e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.31 
 
 
252 aa  136  4e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.62 
 
 
246 aa  135  5e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
246 aa  135  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  40.08 
 
 
252 aa  135  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36670  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  42.08 
 
 
252 aa  135  7.000000000000001e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.84 
 
 
246 aa  135  8e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1133  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
247 aa  135  9e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  35.86 
 
 
250 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.95 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0630  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.27 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
255 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0797  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.24 
 
 
244 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  38.82 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.21 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  37.14 
 
 
256 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1100  short chain dehydrogenase  43.14 
 
 
256 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1811  short chain dehydrogenase  43.14 
 
 
256 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.780661  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1794  short chain dehydrogenase  43.14 
 
 
256 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.503189  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2073  short chain dehydrogenase  43.14 
 
 
256 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.844507  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0363  short chain dehydrogenase  43.14 
 
 
256 aa  133  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 
246 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3987  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
261 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.745234  normal  0.0404538 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
260 aa  133  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.01 
 
 
252 aa  133  3e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.25 
 
 
246 aa  133  3e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
245 aa  133  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3448  short chain dehydrogenase  37.45 
 
 
246 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0809  short chain dehydrogenase  43.14 
 
 
256 aa  133  3e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
253 aa  132  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.8 
 
 
246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
252 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  34.94 
 
 
261 aa  132  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
261 aa  132  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.68 
 
 
247 aa  132  5e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
251 aa  132  5e-30  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.41 
 
 
250 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0458  short chain dehydrogenase  42.75 
 
 
256 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.75 
 
 
272 aa  132  6e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.36 
 
 
249 aa  132  6e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>