More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2942 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
272 aa  559  1e-158  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1307  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.54 
 
 
275 aa  392  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.274606 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.4 
 
 
272 aa  352  2.9999999999999997e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.36 
 
 
272 aa  344  1e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743458 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3292  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.99 
 
 
268 aa  314  9e-85  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.392753  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.22 
 
 
274 aa  295  7e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.236839  normal  0.0715195 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1025  short chain dehydrogenase  53.11 
 
 
274 aa  294  9e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.150864  normal  0.667254 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  51.82 
 
 
285 aa  292  4e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0756  short chain dehydrogenase  51.29 
 
 
274 aa  286  2e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.624051 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0762  short chain dehydrogenase  51.29 
 
 
274 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0776  short chain dehydrogenase  51.29 
 
 
274 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  49.45 
 
 
283 aa  270  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.56 
 
 
273 aa  269  4e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.180623  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4138  short chain dehydrogenase  46.84 
 
 
303 aa  259  3e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.452621  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1248  short chain dehydrogenase  46.35 
 
 
282 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6368  short chain dehydrogenase  48.34 
 
 
279 aa  240  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0057  short chain dehydrogenase  44.66 
 
 
287 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.551816 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.28 
 
 
273 aa  235  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0135056  normal  0.0706675 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
295 aa  230  2e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.579466 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.67 
 
 
292 aa  230  2e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3333  short chain dehydrogenase  46.32 
 
 
280 aa  224  1e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2674  short chain dehydrogenase  45.76 
 
 
286 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.570073  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4560  short chain dehydrogenase  43.91 
 
 
280 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0967831  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.44 
 
 
293 aa  212  4.9999999999999996e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.01 
 
 
278 aa  211  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.314719  normal  0.674601 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.64 
 
 
276 aa  209  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  43.17 
 
 
280 aa  208  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.69 
 
 
279 aa  204  9e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6492  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.01 
 
 
282 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
282 aa  203  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.889604  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5502  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.95 
 
 
282 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7087  short chain dehydrogenase  42.26 
 
 
284 aa  199  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  42.26 
 
 
284 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.65 
 
 
282 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.749773 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1176  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
286 aa  198  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0918561 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  39.71 
 
 
276 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0885  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.21 
 
 
305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.392142 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
290 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
280 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.962145  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1840  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
279 aa  196  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.205485  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.22 
 
 
282 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3982  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
287 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000201148  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.59 
 
 
279 aa  196  3e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.016311  normal  0.275605 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2331  short chain dehydrogenase  45.35 
 
 
285 aa  195  8.000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000899921 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  40.29 
 
 
280 aa  195  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1178  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 
286 aa  194  9e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
290 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.29 
 
 
277 aa  193  2e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.875416  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  38.6 
 
 
276 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2504  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 
285 aa  192  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.103253 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
290 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.07 
 
 
290 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.507857  normal  0.72851 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
281 aa  191  1e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0526  short chain dehydrogenase  41.85 
 
 
279 aa  190  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.928222  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2810  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
284 aa  189  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.329601  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
277 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.48 
 
 
276 aa  189  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.56422  normal  0.0351935 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.6 
 
 
282 aa  189  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6770  short chain dehydrogenase  39.56 
 
 
276 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
291 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.321588  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
291 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
291 aa  188  9e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403602  normal  0.010149 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.35 
 
 
285 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4299  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
291 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0757  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  39.92 
 
 
282 aa  187  2e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0227485  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.44 
 
 
296 aa  187  2e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3278  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
276 aa  185  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28535  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.03 
 
 
274 aa  185  6e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.12295  normal  0.414584 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  39.26 
 
 
284 aa  185  9e-46  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.98 
 
 
279 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851419  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4746  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.935944  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5291  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.75 
 
 
293 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.426918 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0244  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.38 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.864634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
280 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12080  short-chain alcohol dehydrogenase  38.93 
 
 
266 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.75 
 
 
289 aa  183  3e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4539  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
276 aa  182  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.91 
 
 
281 aa  182  4.0000000000000006e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
279 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1177  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0954699 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1825  short chain dehydrogenase  38.83 
 
 
278 aa  182  7e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.356255  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2139  short chain dehydrogenase  40.52 
 
 
284 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.980351 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1368  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
283 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  38.04 
 
 
277 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.77 
 
 
279 aa  180  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1946  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
299 aa  180  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2239  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
280 aa  178  7e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.59 
 
 
286 aa  177  1e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.55 
 
 
281 aa  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00884029  normal  0.105583 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1950  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.71 
 
 
284 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.417893  normal  0.0791039 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 
279 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32520  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  38.38 
 
 
278 aa  176  4e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3745  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
279 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.01 
 
 
276 aa  176  5e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3237  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
274 aa  175  6e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.996911 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0984  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
283 aa  174  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.27 
 
 
276 aa  174  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7039  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 
275 aa  173  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0246661  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
283 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 
274 aa  172  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0106192 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>