More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2507 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2507  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  100 
 
 
238 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.74 
 
 
238 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000415229  normal  0.0198269 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.07 
 
 
238 aa  334  5.999999999999999e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2089  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.23 
 
 
238 aa  291  5e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.425137  normal  0.30388 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4630  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.25 
 
 
239 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.712696  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.34 
 
 
233 aa  267  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.143238  normal  0.918847 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
231 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1643  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 
229 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
230 aa  122  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1617  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.84 
 
 
229 aa  119  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2391  oxidoreductase-like  36.11 
 
 
206 aa  103  3e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.569722  hitchhiker  0.00384612 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.43 
 
 
244 aa  75.5  0.0000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.46714  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.05 
 
 
235 aa  72  0.000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
238 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.37 
 
 
259 aa  68.9  0.00000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0536617  normal  0.0222073 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.88 
 
 
275 aa  68.2  0.0000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0334  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.21 
 
 
268 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 
272 aa  66.6  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.605078  normal  0.514892 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1494  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.72 
 
 
239 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000128809  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3904  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.47 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.164626 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.8 
 
 
268 aa  65.5  0.0000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5037  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.86 
 
 
238 aa  64.7  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.293143  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.57 
 
 
266 aa  64.3  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.45 
 
 
535 aa  63.2  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.61705 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
281 aa  63.2  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.255746 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2186  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.76 
 
 
241 aa  62.8  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2044  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
242 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.252391  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1995  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
239 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.591310000000001e-44 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1819  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
242 aa  62.4  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1793  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
242 aa  62.4  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.512815  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1775  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
242 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1958  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
242 aa  62.4  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4049  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.45 
 
 
238 aa  62.4  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3364  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
239 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.115947  hitchhiker  0.00000000000000894376 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1964  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
239 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.130885  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.1 
 
 
266 aa  62.4  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0379  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.54 
 
 
262 aa  62.4  0.000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2065  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.61 
 
 
239 aa  62.4  0.000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000861938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1826  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.75 
 
 
239 aa  62  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2711  short chain dehydrogenase  31.16 
 
 
268 aa  62  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4217  2,3-dihydroxy-2,3-dihydrophenylpropionate dehydrogenase  31.52 
 
 
268 aa  62  0.000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.651239 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
240 aa  61.2  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 
233 aa  61.6  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.66 
 
 
223 aa  61.6  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3041  short chain dehydrogenase  30.81 
 
 
268 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.631041  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2026  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.11 
 
 
227 aa  60.5  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.293852 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1164  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.14 
 
 
238 aa  60.8  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.581079 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21780  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.27 
 
 
242 aa  60.1  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.53 
 
 
242 aa  59.7  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4202  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.08 
 
 
344 aa  59.3  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18610  short chain dehydrogenase  32.95 
 
 
263 aa  59.3  0.00000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.56588  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.91 
 
 
256 aa  59.3  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.936397  normal  0.224474 
 
 
-
 
NC_006680  CNK02860  2,4-dienoyl-CoA reductase (NADPH), putative  24.78 
 
 
273 aa  58.5  0.00000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.33 
 
 
223 aa  58.5  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.209414  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3352  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 
262 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.589811  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0818  short chain dehydrogenase  28.5 
 
 
242 aa  58.2  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2074  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.39 
 
 
238 aa  58.2  0.0000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0668  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.8 
 
 
234 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2037  short chain dehydrogenase  32.31 
 
 
253 aa  57  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.317524  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.46 
 
 
257 aa  57.4  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3311  short chain dehydrogenase  30.65 
 
 
268 aa  57  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0701949  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1671  Short-chain alcohol dehydrogenase  24.17 
 
 
260 aa  57.8  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.321944  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.41 
 
 
248 aa  57.4  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.31881  normal  0.311726 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.75 
 
 
250 aa  57  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.27 
 
 
251 aa  57.4  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3934  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 
261 aa  56.6  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0703421 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2307  short chain dehydrogenase  32.31 
 
 
253 aa  57  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.04 
 
 
240 aa  56.6  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.67 
 
 
213 aa  56.6  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15900  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.34 
 
 
241 aa  56.6  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.166031  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1926  short chain dehydrogenase  32.31 
 
 
253 aa  57  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.641553  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1769  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.98 
 
 
245 aa  57  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2571  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  26.47 
 
 
239 aa  57  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0716578  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0544  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.48 
 
 
242 aa  56.2  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0512  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.81 
 
 
248 aa  56.6  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1246  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.13 
 
 
248 aa  56.2  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.245208  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3335  hypothetical protein  28.96 
 
 
249 aa  56.2  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.255614 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.83 
 
 
253 aa  56.6  0.0000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0854  short chain dehydrogenase  32.97 
 
 
225 aa  56.2  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0159157 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
239 aa  55.8  0.0000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.300792  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2263  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.07 
 
 
249 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412485  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.95 
 
 
256 aa  55.8  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  27.72 
 
 
268 aa  55.8  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3021  short chain dehydrogenase  29.65 
 
 
268 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3329  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.56 
 
 
256 aa  55.8  0.0000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.227726  hitchhiker  0.00265893 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.88 
 
 
230 aa  55.5  0.0000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.19 
 
 
279 aa  55.5  0.0000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.34 
 
 
269 aa  55.5  0.0000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3521  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.51 
 
 
268 aa  55.1  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.18 
 
 
261 aa  55.1  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  25.27 
 
 
251 aa  54.7  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0851667  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  25.97 
 
 
221 aa  54.7  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1623  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  26.76 
 
 
244 aa  55.1  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000163996  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06941  short-chain dehydrogenase/reductase  25.21 
 
 
237 aa  54.7  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.492424  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17071  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily  26.9 
 
 
236 aa  54.3  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.267297 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.93 
 
 
247 aa  54.3  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_36881  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  26.77 
 
 
308 aa  53.9  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.804236  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2428  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.39 
 
 
249 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  26.09 
 
 
247 aa  53.9  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
266 aa  54.3  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.461648 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>