More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2315 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 213 aa  439  9.999999999999999e-123  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  56.56 
 
 		 221 aa  247  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.46 
 
 		 217 aa  228  5e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  37.95 
 
 		 247 aa  149  3e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.73 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 		 228 aa  132  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  41.31 
 
 		 219 aa  128  6e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 		 232 aa  124  7e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  34.21 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 		 231 aa  123  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 		 232 aa  122  3e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 		 231 aa  121  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.93 
 
 		 231 aa  121  8e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  37.16 
 
 		 221 aa  121  9e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  38.07 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  38.07 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  35.59 
 
 		 229 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 		 223 aa  116  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 		 233 aa  115  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  37.37 
 
 		 193 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.78 
 
 		 221 aa  112  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  35.16 
 
 		 219 aa  112  6e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.41 
 
 		 223 aa  111  7.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  33.48 
 
 		 234 aa  111  8.000000000000001e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.2 
 
 		 214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 		 233 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  33.18 
 
 		 221 aa  109  3e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 		 223 aa  108  6e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.98 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.7 
 
 		 231 aa  106  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  32.02 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.02 
 
 		 232 aa  105  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  35 
 
 		 221 aa  105  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.11 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.95 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  32.44 
 
 		 229 aa  101  9e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  32.89 
 
 		 231 aa  100  1e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  34.25 
 
 		 221 aa  100  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  33.33 
 
 		 221 aa  100  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 		 206 aa  99.8  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  33.33 
 
 		 221 aa  99.4  4e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 		 235 aa  98.6  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  36.28 
 
 		 221 aa  96.3  3e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 		 238 aa  95.9  5e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  33.94 
 
 		 221 aa  92.4  5e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 		 237 aa  91.7  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 		 228 aa  91.7  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 225 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0980  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 		 238 aa  89.4  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  31.16 
 
 		 226 aa  89.7  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  31.16 
 
 		 226 aa  89.7  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 225 aa  89.4  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4186  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 		 222 aa  89.4  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  29.68 
 
 		 226 aa  89.4  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  34.09 
 
 		 225 aa  89.4  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  34.09 
 
 		 225 aa  89.4  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  34.09 
 
 		 225 aa  89.4  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 		 255 aa  89  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  31.7 
 
 		 237 aa  88.6  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 		 224 aa  88.2  8e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  30.65 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  30.14 
 
 		 226 aa  86.7  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 		 237 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.735027 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 		 225 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  32.27 
 
 		 225 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 		 233 aa  86.3  3e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.138611  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 225 aa  86.3  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.49 
 
 		 233 aa  85.5  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3073  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.96 
 
 		 250 aa  85.1  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.38 
 
 		 260 aa  84.3  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  30.36 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.62 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2801  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 		 248 aa  83.6  0.000000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  30 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  30.99 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32277  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 		 256 aa  81.6  0.000000000000007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.741112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.07 
 
 		 233 aa  81.6  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.07 
 
 		 235 aa  81.6  0.000000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1996  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.97 
 
 		 279 aa  81.3  0.000000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000141613  normal  0.0207226 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0343  short chain dehydrogenase  33.64 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  29.85 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.73 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.69 
 
 		 244 aa  80.1  0.00000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01089  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.27 
 
 		 244 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000046254  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  29.15 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01097  hypothetical protein  30.27 
 
 		 244 aa  80.5  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000400605  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 		 240 aa  80.5  0.00000000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2554  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.27 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.3114e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2034  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.27 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  decreased coverage  0.000000561813 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.27 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000339194  hitchhiker  0.00000190522 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2231  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.27 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000399569  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1472  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.27 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000346671  hitchhiker  0.00000000000000508287 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2778  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.08 
 
 		 234 aa  79.7  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1215  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.27 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  7.480399999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1214  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.27 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000193485  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32278  putative short chain dehydrogenase  31.33 
 
 		 255 aa  79  0.00000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 		 237 aa  79.3  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.10295  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0670  short chain dehydrogenase  31.75 
 
 		 241 aa  79  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.620328  normal  0.485565 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>