More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0477 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0477  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 246 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0510  extracellular solute-binding protein  56.12 
 
 		 245 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  57.85 
 
 		 253 aa  259  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  58.3 
 
 		 243 aa  258  7e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4955  hypothetical protein  54.69 
 
 		 245 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5004  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.69 
 
 		 245 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.828614  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  54.17 
 
 		 245 aa  251  7e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4828  extracellular solute-binding protein  57.01 
 
 		 232 aa  246  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425372  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5010  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  54.85 
 
 		 251 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  54.27 
 
 		 251 aa  242  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0840  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein, putative  37.05 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0730433  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0823  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.457883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.31 
 
 		 243 aa  142  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2470  solute-binding family 1 protein  31.42 
 
 		 245 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.162983  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0100  extracellular solute-binding protein family 3  31.7 
 
 		 251 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.246862  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1011  hypothetical protein  35.32 
 
 		 248 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3312  hypothetical protein  30.71 
 
 		 264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000132852  normal  0.0735869 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1423  putative polar amino acid transport system substrate-binding proetin  33.65 
 
 		 254 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0156729  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3169  hypothetical protein  30.71 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000178583  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1202  extracellular solute-binding protein family 3  30.8 
 
 		 264 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000133475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2571  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 		 269 aa  109  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0744474  hitchhiker  0.0010566 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3168  hypothetical protein  30.29 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000679304  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3070  extracellular solute-binding protein  34.91 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1085  hypothetical protein  29.58 
 
 		 264 aa  104  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1461  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 251 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.617285  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3481  hypothetical protein  29.68 
 
 		 264 aa  102  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  30.87 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1085  hypothetical protein  30.08 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0391886  normal  0.830979 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1151  hypothetical protein  30.08 
 
 		 264 aa  100  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000453875  normal  0.246745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1077  hypothetical protein  30.43 
 
 		 298 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225792  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3985  hypothetical protein  28.99 
 
 		 262 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.817581 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 		 245 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2202  amino acid ABC transporter periplasmic protein  24.3 
 
 		 265 aa  88.6  8e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3146  extracellular solute-binding protein family 3  29.9 
 
 		 288 aa  86.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1200  hypothetical protein  29.49 
 
 		 274 aa  85.9  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.285337  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 		 247 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 		 262 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0342  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.97 
 
 		 247 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.649622  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4852  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 262 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.157097  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 262 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4979  periplasmic binding protein, putative  27.13 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1583  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.98 
 
 		 253 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0436102  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 262 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2960  extracellular solute-binding protein  31.15 
 
 		 262 aa  71.2  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.374689  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0459  amino acid ABC transporter periplasmic protein  32.83 
 
 		 255 aa  70.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3063  amino acid ABC transporter periplasmic protein  25.12 
 
 		 264 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.898818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  23.35 
 
 		 258 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  24.41 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4441  amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.07 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  24.42 
 
 		 259 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  23.94 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 266 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1026  amino acid ABC transporter  23.95 
 
 		 270 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 266 aa  67  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  24.2 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  25.7 
 
 		 266 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 266 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 		 256 aa  65.5  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 266 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00601  probable ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.24 
 
 		 265 aa  64.7  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1879  ABC transporter  26.72 
 
 		 263 aa  64.7  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  25.23 
 
 		 266 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 		 272 aa  63.9  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0719  hypothetical protein  31.21 
 
 		 251 aa  63.9  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0507397  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0341  hypothetical protein  28.38 
 
 		 357 aa  64.3  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.07 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1802  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.202097  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2795  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0537  hypothetical protein  23.74 
 
 		 263 aa  63.2  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.07 
 
 		 320 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  24.69 
 
 		 247 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.84 
 
 		 264 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.84 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  26.07 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.84 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5282  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 270 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  25.84 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  26.07 
 
 		 315 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0247  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.0000000342463  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1185  extracellular solute-binding protein family 3  30.96 
 
 		 257 aa  61.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.148046 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 253 aa  61.6  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  22.86 
 
 		 259 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1070  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 		 281 aa  61.2  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.703712 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3523  extracellular solute-binding protein, family 3  26.25 
 
 		 257 aa  60.8  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3796  extracellular solute-binding protein  30.89 
 
 		 283 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.814508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4158  extracellular solute-binding protein family 3  23.87 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 241 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1054  extracellular solute-binding protein family 3  25.83 
 
 		 257 aa  59.3  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0164866  hitchhiker  0.000017747 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 264 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.89 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3302  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 265 aa  58.9  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0258  hypothetical protein  28.7 
 
 		 247 aa  58.9  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3508  amino acid ABC transporter  21.72 
 
 		 250 aa  58.5  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 266 aa  58.2  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  23.72 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1052  amino acid ABC transporter  25.56 
 
 		 303 aa  58.2  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4365  hypothetical protein  23.46 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>